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RSS订阅原创 列表解析式中if-else的使用
两种格式：result = [ x for x in data if condition]result = [ x if condition else x2 for x in a] #如果满足条件则取值x，否则取值x2栗子：>>> a = [1,2,3,4,5,6,7,8,9]>>> b = [x for x in a if x > 5]>>> c = [x if x > 5 else "!" for x in a...
2020-12-18 16:07:08
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转载 json文件格式详解
json文件格式详解 JSON(JavaScriptObjectNotation)是一种轻量级的数据交换格式。易于人阅读和编写。同时也易于机器解析和生成。它基于JavaScriptProgrammingLanguage,StandardECMA-2623rdEdition-December1999的一个子集。JSON采用完全独立于语言的文本格式，但是也使用了类似于C语言家族的习惯（包括C,C++,C#,Java,JavaScript,Perl,Python等）。...
2020-12-15 12:24:46
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原创 RNA-seq (2)：使用htseq-count进行reads计数
背景资料：http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1750&highlight=rna-seq参考文章：https://mp.weixin.qq.com/s/RolngZkua6GJboHQMfP52w一、背景知识有了一个注释好了的参考基因组之后，就可以根据位置信息统计每个基因特征区域(genomic features)上的mapped reads。使用由从头组装软件Cufflinks产生的注释文件能够让你来定
2020-12-09 15:39:33
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原创 RNA-seq (1)
本文背景资料（感谢Jimmy大神）：RNA-seq基础入门传送门-转录组-生信技能树 (biotrainee.com)fastq-dump参数参考文章（有些已经过时啦！！）：SRA批量下载及转为Fastq格式 - 简书 (jianshu.com)一、数据转换需要转换的sra文件：for i in `seq 56 62`;do nohup fastq-dump --gzip --split-files -O ../raw_data/ SRR35899$i.sra; done &
2020-12-08 19:57:23
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原创 GEO小白初探，先瞎写一通，以后再改
一般文章中都会给出GSE，如在GEO中搜索:GSE81916。往下面翻翻，就会有一个samples属性：我的理解就是GSE就是一项实验的代号，然后这个实验包含很多样本(samples)。例如这个GSE中就有15个样本。随便点进去一个样本，往下翻，就会看到关联的SRA链接：继续点击该链接（SRX for experiments)，进入到该sample的具体处理页面，包括测序的结果（RUN）：继续往下点就可以下载啦。或者你可以直接在搜索GSE后的界面点击SRP(SRP fo.
2020-12-03 16:18:42
1486
原创 使用xlrd,xlwt读写excel
xlrd读取excel内容假设有文件名叫test.xlsx，有工作表Sheet1，表内容如下：import xlrd#要读取的excel名字excel_name = "test.xlsx"wb = xlrd.open_workbook(excel_name)#指定工作表sheet = wb.sheet_by_name("Sheet1")#获取有内容的行、列数目row_num, col_num = sheet.nrows, sheet.ncols#这里用row_values来
2020-11-28 14:55:47
233
1
转载 configure,make,make install
configureConfigure是一个可执行脚本，它有很多选项，在待安装的源码路径下使用命令./configure–help输出详细的选项列表。其中，prefix选项是配置安装的路径，如果不配置该选项，安装后可执行文件默认放在/usr/local/bin，库文件默认放在/usr/local/lib，配置文件默认放在/usr/local/etc，其它的资源文件放在/usr/local/share，比较凌乱。如果配置prefix，如：./configure --prefix=/usr/local
2020-11-20 15:39:22
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原创 Introduction to RNA-seq Data Analysis
基本流程差异基因表达分析流程（DIFFERENTIAL EXPRESSION ANALYSIS WORKFLOW）The following example workflow assumes that a reference genome is available.
2020-11-20 14:36:45
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原创 （c++ primer)unit6-函数
1 参数传递1.1 非引用形参1.1.1 指针形参#include<iostream>using namespace std;int gcd(int* v1, int* v2){ while (*v2) { int temp = *v2; *v2 = *v1 % *v2; *v1 = temp; } return *v1;}int main...
2019-08-11 23:09:34
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原创 （c++ primer）unit5-表达式
1 逗号操作符逗号表达式是一组由逗号分隔的表达式，这些表达式从左向右计算。其结果是最右边表达式的值。而如果最右边操作数是左值，则逗号表达式的值也是左值。istream& read(istream& in){ string s; while (in>>s, !in.eof()) { /* operate */ } return in;...
2019-08-11 16:07:02
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转载 《活法》
“工作马马虎虎，只想在兴趣和游戏中寻觅快活，充其量只能获得一时的快感，绝不能尝到从心底涌出的惊喜和快乐，但来自工作的喜悦并不像糖果那样——放进嘴里就甜味十足，而是需要从苦劳与艰辛中渗出，因此当我们聚精会神，孜孜不倦，克服艰辛后的成就感，世上没有哪种喜悦可以类比。”“更何况人类生活中工作占据了较大的比重，如果不能从劳动中、工作中获得充实感，那么即使从别的地方找到快乐，最终我们仍然会感到空虚和缺憾...
2019-08-03 22:20:31
223
原创 （c++ primer)Unit4-数组和指针
4.1 数组数组是由类型名、标识符和维数所组成的复合数据类型。int array[4] = {0, 1, 2, 3};4.1.1 数组的定义和初始化1.数组的维数：必须是值大于等于1的常量表达式。2.数组的初始化：与c语言相同3.数组的赋值：不允许数组之间的直接复制和赋值4.2 指针的引入4.2.1 指针的定义指针：指针保存的是一个对象在内存中的地址。...
2019-08-01 14:18:28
251
原创 记忆化递归
题目描述我们要求找出具有下列性质数的个数(包含输入的自然数nn):先输入一个自然数nn(n \le 1000n≤1000),然后对此自然数按照如下方法进行处理:-不作任何处理;-在它的左边加上一个自然数,但该自然数不能超过原数的一半;-加上数后,继续按此规则进行处理,直到不能再加自然数为止.输入输出格式输入格式：11个自然数nn(n \le 1000n≤1000)...
2019-08-01 10:51:42
106
原创 三连击
P1618 三连击（升级版）题目描述将1，2，…，9共9个数分成三组，分别组成三个三位数，且使这三个三位数的比例是A:B:C，试求出所有满足条件的三个三位数，若无解，输出“No!!!”。//感谢黄小U饮品完善题意输入输出格式输入格式：三个数，A B C。输出格式：若干行，每行3个数字。按照每行第一个数字升序排列。输入输出样例输入样例#1：复制1 2 ...
2019-08-01 10:51:24
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原创 模拟：：：P1540 机器翻译
P1540 机器翻译题目背景小晨的电脑上安装了一个机器翻译软件，他经常用这个软件来翻译英语文章。题目描述这个翻译软件的原理很简单，它只是从头到尾，依次将每个英文单词用对应的中文含义来替换。对于每个英文单词，软件会先在内存中查找这个单词的中文含义，如果内存中有，软件就会用它进行翻译；如果内存中没有，软件就会在外存中的词典内查找，查出单词的中文含义然后翻译，并将这个单词和译义放入内存，...
2019-08-01 10:51:11
88
原创 BFS问题（路径长度）
P1443 马的遍历题目描述有一个n*m的棋盘(1<n,m<=400)，在某个点上有一个马,要求你计算出马到达棋盘上任意一个点最少要走几步输入输出格式输入格式：一行四个数据，棋盘的大小和马的坐标输出格式：一个n*m的矩阵，代表马到达某个点最少要走几步（左对齐，宽5格，不能到达则输出-1）输入输出样例输入样例#1：复制3 3 1 1输出样例...
2019-08-01 10:50:58
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原创 P1781 宇宙总统（strcmp）
P1781 宇宙总统题目背景宇宙总统竞选题目描述地球历公元6036年，全宇宙准备竞选一个最贤能的人当总统，共有n个非凡拔尖的人竞选总统，现在票数已经统计完毕，请你算出谁能够当上总统。输入输出格式输入格式：president.in第一行为一个整数n,代表竞选总统的人数。接下来有n行，分别为第一个候选人到第n个候选人的票数。输出格式：president.ou...
2019-08-01 10:50:42
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原创 P1056 排座椅
1.26 做上一题改了半天没弄出来，这题也没什么心情。。。心态有点差---就看了大神的解法，理解一下然后就根据那个思路写完了，总感觉不是自己做的，有时间再做下P1056 排座椅题目描述上课的时候总会有一些同学和前后左右的人交头接耳，这是令小学班主任十分头疼的一件事情。不过，班主任小雪发现了一些有趣的现象，当同学们的座次确定下来之后，只有有限的D对同学上课时会交头接耳。同学们在教...
2019-08-01 10:50:29
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原创 (c++ primer)Unit3-标准库类型
c++定义的基本类型基础上两种重要的标准库类型：String、Vector。3.1 命名空间的using声明之前程序中所使用的std::cin，通过使用::操作符（作用域操作符）来说明右操作数可以在左操作数的命名空间中找到。可以通过using声明来不使用前缀而使用命名空间中的名字。using std::cin;warning：1.每个名字都需要使用一次using声明 ...
2019-07-31 23:41:17
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原创 (c++ primer)unit2-变量和基本类型
1.变量1.1变量初始化变量定义指定了变量的类型和标识符（变量名，identifier），也可为对象提供初始值。c++有两种初始化变量的方法：复制初始化(copy-initialization)；直接初始化(direct-initialization)。int ival(1024); //direct-initializationint ival = 1024; //...
2019-07-25 23:38:34
166
原创 (c++ primer)Unit 1
1.标准输入输出 标准库iostream定义了四个基本的IO对象。 istream类型的有： cin（标准输入） ostream类型的有：cout（标准输出）； cerr（标准错误）：通常用来输出警告和错误信息给程序的使用者； ...
2019-05-22 22:39:19
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原创 TED 你有拖延症吗
thesisplan things outbump it upkick it upgearpulling not one but two-nighterssprint across campusdove in slow motionprocrastinationpreplexedhypothesisrationalinstant gratificat...
2019-03-12 11:43:38
728
原创 最短路径问题
1.只有5行的Floyd-Warshall算法#include <stdio.h>int main(){ int e[10][10], k, i, j, n, m, t1, t2, t3; int inf = 99999999; scanf("%d %d",&n, &m); for(i = 1; i <= n; i++)...
2019-02-10 22:22:35
250
转载 字符串
P1012 拼数题目描述设有nn个正整数(n≤20)(n≤20)，将它们联接成一排，组成一个最大的多位整数。例如：n=3n=3时，33个整数1313,312312,343343联接成的最大整数为：3433121334331213又如：n=4n=4时，44个整数77,1313,44,246246联接成的最大整数为：74246137424613输入输出格式输入格式：第一行，...
2019-02-09 21:42:45
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原创 城市地图--图的深度优先遍历
城市地图给出出发点城市1，求到终点城市5的最短路径。（这题书上说也可以用BFS实现，但我想了一晚上没做出来....）输入输出样例输入样例#1： 5 8 1 2 21 5 102 3 32 5 73 1 43 4 44 5 55 3 3输出样例#1： 9#include <stdio.h...
2019-02-09 11:41:50
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原创 最少转机--图的广度优先遍历
标题: 最少转机 标签: 搜索 广度优先搜索 详情: 小哼和小哈一同坐飞机去旅游，他们现在位于1号城市，目标是5号城市，可是1号城市并没有到5号城市的直航。不过小哼已经收集了很多航班的信息，现在小哼希望找到一种乘坐方式，使得转机的次数最少，如何解决呢？ 输入格式: 第一行的有两个整数n m s...
2019-02-09 11:40:46
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原创 无向图的遍历
输入格式：第一行两个数字n,m（空格隔开），表示顶点数以及边数下面的m行，为边的两个顶点，同样以空格隔开，以dfs为例：输入输出样例输入样例#1： 7 61 22 33 41 55 71 6输出样例#1： 1 2 3 4 5 7 6 DFS：#include <stdio.h>int book[101], sum, n, e[10...
2019-02-08 21:05:58
447
原创 宝岛探险（DFS/BFS）
标题: 宝岛探险 标签: 搜索 深度优先搜索 广度优先搜索 详情: 小哼通过秘密方法得到一张不完整的钓鱼岛航拍地图。钓鱼岛由一个主岛和一些附属岛屿组成，小哼决定去钓鱼岛探险。下面这个10*10的二维矩阵就是钓鱼岛的航拍地图。图中数字表示海拔，0表示海洋，1~9都表示陆地。小哼的飞机将会降落在(6,8)处，现在需要计算出小哼降落所在岛的面积（即有多少个格子）。...
2019-02-07 10:00:08
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原创 DFS问题初探
今天刷洛谷的题，做到函数与递归这一块（P1036 选数）。真的很头疼，一直很难理解递归的代码，更不用说自己去写了， 但有些题目基本也只能用递归来写，不得不硬着头皮研究一下。如果理解有不对，或者大神有比较好的理解递归程序的方法，欢迎在下面留言哦。谢谢。先上一个全排列：P1706 全排列问题题目描述输出自然数1到n所有不重复的排列，即n的全排列，要求所产生的任一数字序列中不允许出现...
2019-01-22 21:43:29
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原创 (Django)19.1.3编辑条目
目标：创建一个页面，让用户能够编辑现有的条目。1.URL模式edit_entrylearning_logs/urls.pyfrom django.conf.urls import urlfrom . import viewsurlpatterns = [ --snip-- # to edit the page # 代码/(?P<entry_id&...
2018-11-26 22:55:49
296
原创 (Django)19.1.2添加新条目
除了添加新的主题，我们也可以添加新的条目。为此我们需要在forms.py中添加一个新的类。 1.用于添加新条目的表单forms.pyfrom django import formsfrom .models import Topic, Entryclass TopicForm(forms.ModelForm): --snip--class EntryForm(for...
2018-11-26 22:18:01
493
原创 (Django)19.1.1添加新主题
本节目的：能够添加新主题.方法和前面几乎一样：定义URL，编辑视图函数，编写一个模板。一个主要的差别便在需要导入包含表单的模块forms.py。1.用于添加主题的表单我们使用ModelForm创建表单，它根据我们在第18章定义的模型中的信息自动创建表单。在models.py同级目录下创建forms.py。froms.pyfrom django import forms...
2018-11-26 18:04:41
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原创 (Django)18.4创建其他网页
18.4.1模板继承1.父模板在index.html的目录中创建一个名为base.html的父模板，让每个网页都继承这个模板，而不必在没有网页中都重复修改这些通用元素。目前每个网页中都只有顶端的标题。base.html<p><!--模板标签，由大括号和百分号表示，生成要在网页中显示的信息。本例中{% url 'learning_logs:index' %}生成...
2018-11-22 12:39:51
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原创 Perl学习笔记（第三章.列表与数组）
1.列表与数组1.列表与数组的关系：列表是指标量的有序集合，而数组是存储列表的变量。2.Perl中对于数组的访问和C语言一样，下标也是从0计数。数组变量的名称以字符@开头。2.列表直接量列表直接量可以由圆括号内用逗号隔开的一串数据表示，而这些数据就称为列表元素。例如：(1, 3, 5) #包含1、3、5这三个元素的列表("fred",4.5) #两个元素，"fred"和...
2018-11-11 16:47:50
380
原创 Perl学习笔记（第二章）
1.字符串1.单双引号内的字符串直接量----单引号内的字符串指的是一对单引号(')圈引的一串字符，单引号内的字符（除了单引号和反斜线字符外）都表示它们自己。'fred' #总共4个字符：f、r、e、d'' #空字符（没有字符）'hellothere' #hello、换行符、there（总11个字符）'\'\\' #单引号和反斜线（共两个字符）----双引号内的字...
2018-11-05 18:35:41
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原创 BeautifulSoup用法详解
注：本文代码以网站http://www.pythonscraping.com/pages/page3.html为例1.获取网页HTML内容，传到BeautifulSoup对象。import requestsfrom bs4 import BeautifulSoupurl = 'http://www.pythonscraping.com/pages/page3.html'respon...
2018-11-03 13:01:05
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原创 Python实现简单验证码的转文字
声明：本文章中的验证码爬取和识别仅用作试验！1.首先就是验证码的爬取，这里我爬取的是学校oj的注册验证码。背景基本没有噪声，容易处理。2.在获得验证码图片的二进制数据后，我们使用以下代码实现对图片的本地保存：def save_img(content): ''' os.getcwd()方法用于返回当前的工作目录; md(content).hexdigest()根...
2018-10-26 20:17:40
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原创 第三章 使用字符串
3.2设置字符串的格式：精简版#类似C语言的printf，在%的左边指定一个字符串，在右边指定要设置其格式的值(元组和字典，主要是元组）>>>format="hello,%s .%s enough for ya?">>>values=('world','Hot')>>>format % values'hello,world.Hot...
2018-09-12 10:42:00
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原创 第二章—列表和元组
目录2.2通用的序列操作2.3 列表：python的主力2.4元组：不可修改的序列2.2通用的序列操作2.2.1索引>>>greeting='hello'>>>greeting[0]'h'#-1是最后一个元素的值>>>greeting[-1]'o'#可以直接对字符串进行索引操作>>&...
2018-09-10 09:34:45
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