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原创 【Python-基础】列表合集
1.可以将<class ‘pandas.core.series.Series’>转换为列表。将其他数据类型转换成列表。
2024-04-17 22:59:05 225 1
原创 【解决error】ModuleNotFoundError: No module named ‘cv2‘
【代码】【解决error】ModuleNotFoundError: No module named ‘cv2‘
2024-04-15 16:54:35 187
原创 【解决error】pytorch中使用torch.utils.data.TensorDataset时报错TypeError: ‘int‘ object is not callable
原代码:解决方法传入的参数必须是tensor类型的,所以把x_train与y_train转换为tensor类型在执行这个函数就不报错了,修改后的代码:参考博客https://www.cnblogs.com/wyhluckdog/p/11842285.html感谢大佬的分享,本博客只用作学习笔记,侵删!
2024-03-26 21:30:48 236
原创 【划分数据集】stratifiedShuffleSplit分层抽样
由于我的实验是多分类,因此在划分独立测试集时,需要按照不同分类下数据总数提取10%。
2024-03-21 22:38:11 96
原创 【恒源智享云】在云服务器上安装tensorflow_gpu教程
如果显示版本号了,那就是已经安装了。一般,创建好实例后,恒源智享云已经配置好cuda、anaconda、python了。whl文件的选择需要对应tensorflow版本、python版本,且因为是在服务器上运行,所以选择linux版本的。
2024-03-21 16:55:13 877
原创 【解决error】ImportError: cannot import name ‘Adam‘ from ‘keras.optimizers‘
【代码】【解决error】ImportError: cannot import name ‘Adam‘ from ‘keras.optimizers‘
2024-03-21 15:52:23 379
原创 【解决error】AttributeError: module ‘numpy‘ has no attribute ‘object‘.
将numpy版本修复到仍然支持使用 np.object 的最后一个版本1.23.4。
2024-03-21 15:45:53 339
原创 【解决error】ModuleNotFoundError: No module named ‘sklearn‘
【代码】【解决error】ModuleNotFoundError: No module named ‘sklearn‘
2024-03-16 00:34:13 332
原创 【交叉验证】LeaveOneOut()
将数据集划分N份,其中n-1份用于train,剩下的1份用于val。将这一过程重复n次,所有的数据都能被用作val,最终得到的模型的性能指标的平均值就是模型的性能。
2024-03-16 00:15:12 355
原创 【算法-特征选择】reliefF算法实现
2477×59427维度的矩阵,行为样本,列为基因,矩阵中每个值为基因在对应样本中的表达量。:2477×1维度的向量,行为样本,列为标签,向量中每个值为样本的标签值。
2024-03-14 11:41:12 524
原创 【Python-Pandas】判断data.Frame中是否有NaN值
在进行表达矩阵预处理过程中,需要对缺失值进行处理,因此,首先需要判断表达矩阵中是否存在缺失值。如果输出False,则表示没有缺失值。
2024-03-11 21:50:58 462
原创 【解决ERROR】OSError: libopenslide.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
详见:
2024-03-08 12:16:55 667 1
原创 【恒源智享云】histolab安装教程
关于conda虚拟环境的教程,详见: 【恒源智享云】conda虚拟环境的操作指令关于conda虚拟环境的教程,详见: 【恒源智享云】conda虚拟环境的操作指令python文件内容如下:如果没有报错,则安装成功!到此结束。如果运行python文件出现如下错误:可以运行以下几条指令:解决error啦!ERROR解决部分来自:https://blog.csdn.net/qq_36717487/article/details/117201316感谢大佬的分享,本博客只用作学习笔记,侵删!
2024-03-08 12:11:44 487 1
原创 【TCGA】GDC Transfer Tool-UI settings(踩坑)
如果不改变设置中的Destination folder,下载后的文件会自动存放在C盘中。众所周知,C盘东西多了,会影响系统的开关机以及运行。所以,我们可以自己设置存放路径。如图,可以修改红色框中的路径:But!!!在下载了一天后,我发现我没有在我设置的路径下看到任何一个WSI文件,而且电脑也很卡,所以我去C盘找了下,果然C盘一团浆糊啊!!!这说明,我改路径,根本没有用!
2024-03-05 14:28:48 348 2
原创 【Python-Pandas】删除未命名列Unnamed
问题起源:由于在上一步中的to.csv函数中,我没有设置删除索引,导致输出的tsv文件中自带了未命名的一列索引,如图:但是这个索引在我的实验中,并不需要(严谨一点,目前不需要)。所以,我希望能够在不改变原来数据类的情况下,删除这个未命名列。
2024-03-04 23:33:50 553
原创 【恒源智享云】在云服务器上批量下载WSIs-GDC Transfer Tool(client)
前面的步骤可以参考:但是在最后一步时,选择红色部分下载后是一个压缩包。
2024-03-03 14:23:43 798
原创 【Python-OS】os.path.join()的使用
从输出可以看到,os.path.join()返回了一个路径。这个路径由path和"gdc_manifest_20240302_021034.txt"合成。因此,os.path.join(path1,path2)的作用将path2合并到path1之后,组成一个path1+path2的字符串。
2024-03-02 10:45:33 328
原创 【Python-OS】os.listdir()的使用
对照上图,发现,输出内容确实是文件名,而且是/LearningPY/data/WSI路径下的所有文件名。因此,os.listdir(path)的作用是输出path路径下的所有文件名。首先,来看输出内容,我们可以发现输出的是一个列表,列表中好像是一串文件名。
2024-03-02 10:33:54 512
原创 【TCGA】批量下载WSIs(GDC Transfer Tool-UI)
TCGA官网链接:https://portal.gdc.cancer.gov/由于目前TCGA改版了,如果不太适应新版本界面的,可以点击红色部分,回到第一版。下滑找到 “Data Transfer Tool”并点击。进入"Data Transfer Tool"子页面后,下滑找到 “GDC Transfer Tool page”并点击。进入“GDC Transfer Tool page”子页面后,下滑找到对应系统的下载文件列表。
2024-03-01 19:09:11 828 3
原创 【论文复现-tmi2022】anaconda3安装openslide模块
其中,具体的数值是上一步解压缩的二进制文件的bin文件夹的绝对路径。
2023-11-22 17:06:12 113 1
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