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RSS订阅原创 CoverM contig mean 和 trim_mean 方法原理
- `calculated_coverage` 计算方式为: `total_count / total_bases` - `mean`: - 其中每条 contig 两侧长达 `contig_end_exclusion` 的片段不在计算平均值的范围内 - `trimmed_mean`: - 在 `mean` 的基础上, 覆盖度最高的 `max%` 和最低的 `min%` 部分的 base 不在计算平均值的范围内
2024-01-21 19:37:46
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原创 Coelho2021_GMGCv1 计算丰度的方法
本文计算基因丰度时, 是基于 minimap 的 mapping 结果, 随后通过自定义的脚本 () 计算一个 reads 对应的全部 gene, 最后再进行唯一匹配和非唯一匹配的矫正.
2022-11-29 19:21:06
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原创 megahit 如何生成 fastg 文件
contig2fastg 可以读取 gzip 格式压缩后的 fasta 文件, 且输出被输入参数唯一确定.从节省磁盘空间的角度, 完全可以只保留压缩后的 fasta 中间文件, 临时生成 fastg 文件.生成的 fastg 文件中主要信息是序列的起点和终点, 且只记录其后续的序列, 前导序列由反向互补序列来记录.fastg 中的序列信息不包含中括号等额外图信息, 可以直接作为 fasta 序列.
2022-10-05 19:39:17
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原创 CoverM 相对丰度计算方法分析
- relative_abundance 计算方法: 1. 计算每个基因组的测序深度 2. 以全部基因组测序深度之和作为总丰度, 对每个基因组 (细胞) 计算比例 3. 按比对率校正群落已知类群的丰度.
2022-10-05 19:34:12
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原创 在集群作业中激活 conda 环境
在 slurm 集群上提交一个任务, 如果直接激活 conda 环境, 往往会报错:CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.To initialize your shell, run $ conda init <SHELL_NAME>Currently supported shells are: - bash - fish -
2022-05-17 15:19:45
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原创 如何在 bash 里面写 python
如何在 bash 里面写 python在生物信息学领域, linux 是最常用的生产环境. 本文讨论如何在 bash 中使用 python, 以充分利用 python的可扩展性和语法糖, 避免同时需要编辑 python 和 bash 两个脚本bash 向 python 输入变量bash 可以直接通过调用变量, 将变量的内容放入字符串, 如$ foo=fooo; echo $foofooo单行 python对于简单的功能, 可以直接通过 python -c 完成注意: 需要用双引号将内容括住
2021-09-22 17:27:39
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原创 DAS Tool 介绍
DAS Tool 是一种自动化的处理方法, 集成了多个 binning 算法的结果, 从而从单个 assembly 结果中获取优质的, 非冗余的 bins. 与其他方法相比, 其可以从土壤基因组中重建更多接近完整的基因组12
2020-05-24 16:50:33
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原创 sra-tools 新 feature
fastq-dump 新 feature– 2020-3-26 18:02:21 –最近重装了 conda 环境, 于是重新安装了 sra-tools.使用时发现 fasterq-dump 的功能已经转移到 fastq-dump 中了, 于是踩了很多坑, 特此记录~]$ fasterq-dump -e 16 --split-3 /■/■/../SRR■.sra2020-03-26T07:...
2020-03-26 18:03:13
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原创 gitignore仅允许特定文件上传
gitignore仅允许特定文件上传git 作为一个优秀的源代码版本控制系统, 对如 PDF, Office 软件管理没有意义. 同时, 也没有必要管理代码编译后产生的文件, 而这些文件名称变化多样, 无法一一写入 .gitignore 文件中.经过各种查找, 发现以下方式可以使 git 仅读取特定类型的文件创建全局忽略文件随便进入一个 git 环境, 输入git config --gl...
2020-03-02 22:15:38
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原创 管理 Conda 建立的 Python 虚拟环境
管理 Conda 建立的 Python 虚拟环境下载安装下载 Anaconda安装 Anaconda新建虚拟环境更改新虚拟环境的位置.虚拟环境的切换向虚拟环境中添加包下载 pygame 安装包`conda install` 命令安装包通过已下载的包安装删除虚拟环境换了新电脑 (Windows 10), 打算用 Anaconda 管理自己的包.下载安装下载 Anaconda我使用UU云加速的...
2020-02-06 13:38:45
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原创 MinGW-W64 在 Windows10 新电脑上的安装
MinGW-W64 在 Windows10 新电脑上的安装按照其他教程的要求下载资源.验证电脑是否能运行 gcc.exe用 7-Zip 解压 .7z 文件, 直接进入, SHIFT + 鼠标右键 选择进入 powershell, 输入 gcc 并回车, 发现不能运行.下载 Visual Studio 2019下载并安装 vs2019, 按要求重启电脑, 再次进入 powershell 并...
2020-01-20 12:46:44
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原创 deepin 系统 安装 Windows
自己在 MateBook 14 Linux版上安装 Windows 10获得 Windows 10 的 iso 文件通过学校正版软件管理系统下载校外下载安装包把已有的安装包复制到新电脑上挂载 iso 文件创建文件夹将 iso 文件挂载到 `/mnt/iso` 上制作引导U盘安装 Windows使用 _rufus_ 制作启动U盘在 Matebook 14 上安装结束安装获得 Windows 10 ...
2020-01-19 20:59:39
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原创 python 处理 .csv 文件, 按某列合并两个表
python 处理 .csv 文件, 按某列合并两个表查了很多博客, 终于找到了比较好的方法, 不需要傻乎乎的遍历了.问题描述:aim.csv 文件中记录了一些 ID, source.csv 文件中记录了更多的 ID 和这些ID 对应的 key. 两个文件中的 ID 不完全相同我希望能够(1)根据 source.csv 对 aim.csv 文件中的每一行 ID 添加相应的 key; (2)...
2019-10-28 14:03:24
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原创 Win7, VS2019下, PyHook3安装
参考链接:Windows PyHook3安装和使用, windows下安装PyHook3pythoncom的安装好像不用, 具体
2019-09-06 16:03:11
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原创 Win7, VS2019下, pywin32安装
Win7, VS2019下, pywin32安装安装 **pywin32**系统是Win7, 使用VS2019, python环境为Anadonda(可以从 python环境 选项卡中找到, 其他python环境应该都差不多).安装 pywin32到这个页面: mhammond/pywin32目前更新到 Release 224, 选取合适的文件下载即可: pywin32-224.win-...
2019-09-06 12:37:55
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空空如也
使用 PyHook3 时为什么有时会出现延迟?
2019-09-06
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