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RSS订阅原创 下载国外数据速度太慢，可尝试这样解决
最近发现一个非常棒的RNAseq教程，链接在这里。在Linux用wget下载测试数据，那速度一看吓一跳，动不动1kb/s，甚至几十b/s。后来尝试了换各种网，家里wifi，联通，电信，更换vp（此处省略1个字母）代理都不行，然后尝试阿里云服务器下载怎么样。下载速度有240kb～300kb/s，不错，提高了几百倍，满足了。...
2020-02-06 23:55:45
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原创 Mac中docker的安装与使用
安装perl写的软件简直是一场灾难！这两天帮组里的人安装一个寻找转座子的软件，由于这个软件是由perl写的，而且这个软件的依赖关系贼多，搞定一个又来一个，一直僵持了5个小时，最后，I quit.主要原因是我不会perl。。去软件主页看，居然有docker版本，哈哈！一直知道docker很有用，正好借此机会学习下。Docker简介由于我只是用docker，所以对docker只有简单的理解。简...
2019-12-17 15:58:15
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原创 转录组测序（RNA-seq）详细建库步骤与原理
1.实验设计考虑生物体中总RNA=（～90%）rRNA+ （1～2%）mRNA+（8～9%）其他RNA对于真核生物，可通过 oligo dT磁珠富集mRNA来进行建库而如果想研究lncRNA、全转录组或原核生物转录组，可以通过去除rRNA的方法进行建库建库另一个要考虑的方面：链特异性与非特异性（stranded or un-stranded）建库过程本文以Illumina的NEBNe...
2019-12-08 23:02:20
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原创 转录组系列——RNA-seq数据分析软件的安装
如果有人看，请跳过纯吐槽：最近脑子比较乱，忙的还不是自己喜欢做的东西，还发生了一些事，所以比较丧。之前还给老板保证了若这一年做不出成果就不毕业了，现在想想，只想对自己呵呵。数据还没挖出来，坑倒先挖了一个。反思一下，还是自己太急于求成，对数据理解的不够深，只会跑跑流程，嗯，那就重头来过吧。顺便治治拖延症了，先给自己立个flag：周更！环境准备我的是Mac，自带Unix环境。用Mac终端神器hom...
2019-12-01 21:46:59
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原创 外网连接内网电脑
需求：实验室有一台服务器，但用的是校园网，想平时可用另一台电脑（Mac）远程连接服务器，跑跑数据啥的原理：校园网是内网，外网看不见内网IP，因此正常用SSH连接不了内网主机。但内网可与外网通信，因此我们可以先用内网主机SSH连接外网，然后在外网主机用反向SSH连接内网。操作步骤：由于我们自己的电脑未必有外网IP，因此我们需要一个固定的外网IP，可搞个云服务器啥的（阿里云，腾讯云等，学生价...
2019-08-10 23:20:38
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原创 Mac个性化配置
vim配置：vim .vimrc #创建.vimrc配置文件编辑.vimrc 1 set nu 2 colorscheme darkblue #darkblue为vim主题，其他Google 3 syntax on ls颜色字体配置：vim ～/.bash_prifile加入以下内容：export LS_OPT...
2019-06-25 23:37:45
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原创 virtualenv的安装与使用
virtualenv的安装与使用virtualenv 的作用：为单个项目创建独立的python虚拟环境virtualenv的使用 ：1.通过如下命令安装virtualenv$ sudo pip install virtualenv2.创建虚拟环境：创建默认虚拟环境：$ virtualenv env27此命令表示创建一个名为env27的虚拟环境。每个虚拟环境都包含一个独立的e...
2019-06-13 05:38:16
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空空如也
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