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RSS订阅转载 使用SUIT进行小脑体积分割与皮层计算
在官网下载软件包后解压，然后把解压包放进SPM12 toolbox 内，并把文件名更改为suit，即可在spm软件的toolbox内打开软件。此处输入文件为rT1，即经过原点矫正、方向及分辨率矫正后的文件，如果不做这一步，会出现分割空白文件错误。size代表每个被试在28个小脑ROI上的平均灰质体积（这里的数值是小数，表示的是灰质体积比例）rT1:进行了原点矫正，reoritation及更改分辨率后的文件。c_rT1:进行了分割后的文件，只剩下小脑及脑干。rT1_seg1:小脑灰质mask，红色部分。
2024-01-12 16:39:15
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翻译 In ubuntu 20.04 Error using images.internal.morphop
搬运自：https://ww2.mathworks.cn/matlabcentral/answers/1734270-in-ubuntu-20-04-error-using-images-internal-morphop。
2023-11-30 18:09:19
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原创 WSL2 安装GNOME桌面 ubuntu20.04
的内容，然后按下键盘上的“Ctrl”键和“O”键保存更改。在弹出的选项中确认文件名并按下“Enter”键。之后按下键盘上的“Ctrl”键和“X”键退出nano编辑器。在nano编辑器中输入或粘贴你要添加到文件。
2023-05-17 10:42:04
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原创 如何通过linux终端批量提取freesurfer处理过的mri的euler value
这段代码将遍历所有子目录，并基于左、右表面的欧拉值生成一个CSV形式的欧拉数表。每行记录包含三列信息，分别为：数据库 ID、左表面欧拉数、右表面欧拉数。2.检查坐侧和右侧表面文件是否存在，如果存在，使用 mris_euler_number 命令计算该表面的欧拉数；否则标记为 “NA”。以下是在Linux系统上使用Bash脚本批量提取FreeSurfer处理过的MRI数据欧拉数的方法。3.输出格式化字符串，将结果保存到名为 euler_values.csv 的CSV文件中。
2023-04-22 16:06:07
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原创 基于Freesurfer提取LGI时，需要使用Matlab，startup.m获取及放置
Important! Firstly, MATLAB is required to use the -localGI feature.Also, you will need their Image Processing Toolbox. Secondly, usage ofthe -localGI feature assumes that a subject has already been processedby the freesurfer {{{recon-all -s -all}}} st.
2022-01-26 13:21:49
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原创 WSL2虚拟机Ubuntu18.04中安装Matlab2018b
1.安装WSL2和Ubuntu18.04，参考链接2.安装图形界面3.安装Matlab2018b，参考链接3.1需要挂载ios才能够安装，挂载方式参考链接3.2
2022-01-26 13:13:55
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原创 PermissionError: [Errno 13] Permission denied: 写入路径为系统路径导致错误 ubuntu终端 python
使用freesurfer进行LGI提取时出现如题的问题，根据Traceback，为写入时出现的问题，发现报错原因为写入地址是当下工作路径，为系统地址（/mnt/c/windows/system32），改为其他地址后问题解决
2022-01-26 01:21:59
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转载 WSL2虚拟机Ubuntu添加图形化界面VcXsrv + xfce4 + xubuntu
VcXsrv + xfce4 + xubuntu 安装VcXsrv 首先下载VcXsrv, 直接根据安装程序一直默认安装即可，可以换一下安装路径。 在WSL2里安装xfce4 笔者使用的WSL版本是Ubuntu 18.04（注意要在该系统下安装图形化界面！！笔者在Debian上安装失败），Ubuntu版需要自己编译安装很多包，...
2022-01-25 22:33:45
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原创 MRI原始数据分类（sort）软件包dicomsort的使用方法
这里写自定义目录标题欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入欢迎使用Markdown编辑器MRI原始数据整理时需要对序列文件进行分类，GitHub上一个repository：dico
2022-01-15 16:35:06
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转载 Linux系统下的ANTs的安装【转载】
Cmake 安装 下载地址：https://cmake.org/download/ cd /homemkdir Cmakecd Cmakecd camke-3.15.1123 下载到想安装的文件夹后对其利用：tar zxvf cmake-3.15.1.tar.gz ，进行...
2021-12-30 15:16:37
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原创 Freesurfer在WIN10子系统中安装遇到的问题
1.更新sudo apt-get update出现***Failed to fetch***的错误，替换国内清华源，更改DNS（nameserver:8.8.8.8）后成功2.出现Error while loading shared libraries：libqt5widgets.so.5:cannot open shared object file：No such…错误后，sudo apt-get install libqt5widgets5即可3.根据官网的步骤安装后，:~$ freeview时出现
2021-12-16 11:40:05
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原创 基于Docker使用HeuDiConv整理MRI数据（BIDS）
基于Docker使用HeuDiConv整理MRI数据（BIDS）基于Docker使用HeuDiConv整理MRI数据（BIDS）1.在Win10pro安装Docker，参考Docker在Win10中的安装及相关配置2.组织好待整理的数据：-project -Dicom -sub-01 -T1 -Func -sub-02 -...2.打开Linux终端：打开Windows Powershell，输入bash运行3.获取HeuDiConv镜像：docker pull ni
2021-10-29 09:41:29
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原创 IndexError: dimension specified as 0 but tensor has no dimensions
File “/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/torch/nn/functional.py”, line 2214, in nll_lossif input.size(0) != target.size(0):IndexError: dimension specified as 0 but tensor has no dimensions原因：validation dataset 样本数量与batchsize不是整除的关系解决：调整为整除关系，不再报错
2021-02-01 15:22:29
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转载 Test-time augmentation, or TTA
Test-time augmentation, or TTA for short, is an application of data augmentation to the test dataset.博客介绍及代码实现
2020-11-21 21:27:24
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原创 自定义matplotlib字体，更改默认字体
##1.将全局字体改为Times New Roman：import matplotlib.pyplot as pltplt.rc('font',family='Times New Roman')
2020-11-05 16:50:50
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原创 核函数理解梳理
核函数是一种计算技巧，即通过一种巧妙的方式计算高维空间向量的内积，在这个过程中并不关注低维空间具体是如何向高维空间映射的实例详解（知乎）常见核函数举例如何理解核函数可以扩展无限维...
2020-05-29 22:00:31
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原创 安装历史版本pytorch（含GPU驱动版本查询及与cudatoolkit对应关系）
一、打开cmd，输入nvidia-smi即可查看驱动升级下载地址：https://www.nvidia.com/Download/index.aspx?lang=en-us二、查找适合驱动的cudatoolkit版本（见table1）：https://docs.nvidia.com/cuda/cuda-toolkit-release-notes/index.html三、安装与cudatoolkit对应的pytorch：https://pytorch.org/get-started/previous-v
2020-05-26 18:38:06
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原创 ConnectionError: HTTPConnectionPool(host='localhost', port=8097)
ConnectionError: HTTPConnectionPool(host=‘localhost’, port=8097): Max retries exceeded with url: /env/main (Caused by NewConnectionError(’<urllib3.connection.HTTPConnection object at 0x00000240001A2C48>: Failed to establish a new connection: [WinErro
2020-05-12 22:21:14
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原创 如何安装pybrisque
pip install pybrisque会出现安装失败的情况，主要原因是相关的库libsvm安装过程中出现了问题，可以先安装好libsvm然后再安装pybrisque安装libsvm的方法可以参考：https://blog.csdn.net/weixin_43867497/article/details/103326919...
2019-11-30 18:24:21
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翻译 libsvm安装方法
#libsvm安装方法https://stackoverflow.com/questions/12877167/how-do-i-install-libsvm-for-python-under-windows-7欢迎使用Markdown编辑器你好！ 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Markdown编辑器, 可以仔细阅读这篇文章，了解一下Mark...
2019-11-30 17:26:24
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原创 如何用Stata进行数据清理
变量选择，变量转换，生成虚拟变量等链接两组变量合并成一个变量：gen var_new = min(var1 var2)缺失值一般为最大值，故使用min
2019-03-21 23:00:29
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原创 Stata使用小知识
Stata使用小知识@TOC欢迎使用Markdown编辑器你好！ 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Markdown编辑器, 可以仔细阅读这篇文章，了解一下Markdown的基本语法知识。新的改变我们对Markdown编辑器进行了一些功能拓展与语法支持，除了标准的Markdown编辑器功能，我们增加了如下几点新功能，帮助你用它写博客：全新的界...
2019-03-21 16:46:25
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原创 线性回归算法梳理
1. 机器学习的一些概念 有监督、无监督、泛化能力、过拟合欠拟合(方差和偏差以及各自解决办法)、交叉验证有监督是指训练模型的数据需要有标签；无监督是指训练模型的数据无标签；泛化能力是指在测试集上训练好的模型是否在其他数据集上同样有好的表现能力；过拟合是指模型在训练集上表现良好，在测试集上表现较差，也就是说模型的泛化能力差；欠拟合则是指模型在训练集和测试集上的表现都不好；方差刻画了算法本...
2019-03-02 20:54:14
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