- 博客(168)
- 资源 (6)
- 问答 (1)
- 收藏
- 关注
RSS订阅
原创 用limma包进行多组差异表达分析
写在前面：最近在使用limma包进行差异表达分析，参考了网上许多教程都觉得说的云里雾里，很不清楚。经过我自己一段时间非常痛苦的钻研，弄明白了，解决了我的实际需求。于是决定将我的分析经验写下来，分享给需要的人。首先加载前期预处理好的表达矩阵。（我的原始表达矩阵文件已附在文后，大家有需要可以下载实践）setwd("E://Rworkplace")data<-read.table...
2020-03-15 00:20:16
32671
28
原创 R语言 |一些常用的数据整理的技巧（二）
参考：https://blog.csdn.net/kunxitoothache/article/details/109897918。假设上述文件的名称为test.pbs。主要要注意的是“peak”NR的应用；
2024-04-22 16:50:46
266
原创 GitHub登不上：修改hosts文件来解决（GitHub520，window）
4.搜索框输入cmd。打开cmd，输入ipconfig /flushdns。GitHub网站一直登不上去，后来参考上述网站的链接解决。3.将上述内容，复制到hosts文档的最后。2.打开window的下述目录下的文档。5.重新打开GitHub网站，顺利打开。1.复制下面的内容。
2024-03-04 15:15:30
1274
4
原创 磁盘清理 | 已经卸载的软件还出现在应用和功能里怎么办？
最近磁盘满了，需要删除一些平时不常用的软件，但是发现一个问题。就是已经删除的软件，仍然会出现在“应用与功能”中。作为一个强迫症，我想要有一个比较清爽的电脑，解决掉这些残留。注：我目前卸载软件都是通过以下步骤卸载的。即控制面板 ==> 程序 ==> 卸载程序来处理的。安装完成之后，解压到合适的位置。这样就可以把残留的内容全部删掉，就不再会在 [应用与功能] 这边显示了。然后，接下来，点击特定的你想要彻底删除的软件，选择“强制删除”。安装Geek Uninstaller,删除卸载残留。
2023-10-21 16:25:38
5247
3
原创 cannot coerce class ‘“igraph“’ to a data.frame
参考链接：https://lists.nongnu.org/archive/html/igraph-help/2018-02/msg00019.html。
2023-01-12 12:31:05
1570
1
原创 tar: Exiting with failure status due to previous errors
tar: Exiting with failure status due to previous errors
2022-10-21 10:11:33
518
原创 R语言画图 |geom_violin()
参考链接http//www.sthda.com/english/search/search.php#results。（2）通过使用RcolorBrewerpackag解决了set1颜色集中颜色不够的问题。（1）通过设置factor的level顺序，人为规定画图的顺序。
2022-07-17 18:30:12
614
原创 R语言绘图 | geom_bar（）使用示例
在做项目的过程中，一般会有一些重复使用的代码，这个时候，就会想把他包装成函数。每次套用的时候，只需要改变输入就可获得相应的结果。
2022-07-17 15:23:36
1416
原创 WGCNA与基因模块时空表达分析
分析目标：（1）梳理WGCNA的基本流程。（2）功能注释（3）对相应的基因模块进行时空表达特征评估一、WGCNA分析（基因共表达分析）我们有4000+个感兴趣的基因，希望通过这一步得到的结果是：按照基因之间的表达特征的相似性，将其分为若干基因模块（module）。本次实验使用的数据集（1）GSE25219-GPL5175数据集：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE25219（2）GSE25219-GPL5175样本注.
2022-05-05 16:49:10
2191
原创 R基础学习 | 处理数据的技巧整理
这里总结一下，今天老师上课的内容。我觉得跟着老师，我能学到好多东西。我要消化。我突然觉得自己很卑微，因为有那么多东西需要学习的。但是复习的侧重点在：什么是自己知道的？什么是自己不知道的？缺什么补什么？R基础知识整理（查漏补缺）S1：identicalidentical(a,i) #既检验数值又检验数据类型i==m== 仅仅是数值的比较；identical 则同时包括数值和属性的比较；S2: stringasFactor=FALSEdf3 <- data.frame(a=.
2022-03-25 21:37:16
2002
原创 单细胞基础分析 | 基因细胞类型特异性富集分析
本文目标是：通过分析单细胞的数据，根据已有的细胞分型，去看我们感兴趣的基因集在这些细胞类型中的富集情况。单细胞数据和bulk数据会有些不同，可能一些具体的技巧需要注意一下。1。切换到R4环境，加载RDS数据。conda activate r4R #进入到Rdata<-readRDS("merge_obj.rds") # 加载原始数据library(Seurat)#加载Seurat包levels(data) #查看数据集的level [1] "L5 IT" "L4 IT".
2022-03-21 17:25:21
1410
1
原创 生物信息学分析 | 物种间的同源基因的批量注释
项目需求：现在以及大鼠的基因若干，想要转换成人类对应的同源基因的名及ID，怎么对应？解决策略：（几行代码就可以快速解决，感谢R）#安装好R包install.packages("homologene")library(homologene)homologene::taxData#Rattus norvegicus:10116 #Homo sapiens:9606###############################################################.
2022-03-18 13:58:13
753
原创 生物信息学 | 富集分析
主要目标：理解这个代码的主要的思路。想分析一下老师的这个富集分析的主要的思路是什么？一行一行的理解这个代码。# Get cell type mean of each genecellTypeMean <- t(apply(dat, 1, function(v) { tapply(v, droplevels(factor(cellSubtypes, levels=subtypeOrder)), mean)}))}（1） droplevels（）是什么意思> x <- c.
2022-03-17 19:01:50
1028
原创 affymatrix探针转换 | GPL5175探针对应的基因转换
一般情况下，有一些比较成熟的对应平台的注释数据集的R包。但是这个注释平台，我在Bioconductor上找了一圈都没有找到。只能通过最原始也最可靠的方法，从GEO数据集上去下载这部分的注释文件。以下展示全过程。我要检查的数据平台是：GPL5157。数据集的注释集链接为：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL5175这个注释数据集比较难弄的地方在于，它的基因集注释的不太好。没有比较直接的可供提取的genesample的信息；在ge.
2022-03-17 18:26:17
4647
4
原创 R语言报错 | Error in scan(file = file）， line 5503 did not have 12 elements
一般是读取txt文件的时候遇到上述问题，原因是读取table的时候，不同的行有空格，导致列数不同，无法对齐。Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, :line 5503 did not have 12 elements解决方法一般有三步：（1）跳过注释行。probe_test<-read.table("GPL5175-probe-annonation.txt",commen
2022-03-17 11:25:19
15214
7
原创 出错记录：Error: package or namespace load failed for ‘DESeq2’：没有这个DLL ‘BiocParallel’：是不是没有为此架构安装？
出错记录：Error: package or namespace load failed for ‘DESeq2’ in library.dynam(lib, package, package.lib): 没有这个DLL ‘BiocParallel’：是不是没有为此架构安装？解决策略：强制重装缺失的那个R包。BiocManager::install("BiocParallel",force = TRUE)...
2022-03-15 16:19:46
3647
原创 单细胞基础分析 | 对细胞按照基因marker进行分型（ACC脑区）
因项目的需求，需要对数据进行简单的分类，然后找差异表达基因。虽然我自知自己在这个过程中的很多方面并不理解透彻，很糊涂的去做。但是我愿意去尝试完成。现在开始跟着Seurat上面的教程一点点的来做。参考链接：https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html1、加载分析必须的包library(Seurat)library(dplyr)library(patchwork)2、加载10XGenomics 数据data<-.
2022-03-12 16:16:41
8446
原创 代码文件备份 | 3-10：对arraymatrix数据进行初步筛选与分组差异表达分析
data<-read.table("GSE25219-GPL5175_series_matrix.txt",comment.char = "!",header = T)row.names(data)<-data[,1]data<-data[,-1]label<-read.table("label.txt")region<-read.table("region.txt")year<-read.table("year.txt")meta.data<-rbi
2022-03-11 00:01:10
323
原创 R语言 | R语言分析琐碎
首先，文件夹下应该存在三个文件，分别命名为：barcodes.tsv.gzmatrix.mtx.gzfeatures.tsv.gz然后使用Seurat包中的，Read10X方法读取。library(Seurat)data<-CreateSeuratObject(Read10X("./"),"ACC")如上，即读取成功！如何跳过注释行（如#），读取.txt文件。使用参数：comment.chardata<-read.table("GSE25219-GPL5175_ser.
2022-03-10 23:53:48
1387
1
原创 R语言绘图 | 安装包报错：‘configure‘ exists but is not executable、whether the C++ compiler supports the long lo
Error in library.dynam(lib, package, package.lib) : shared object ‘stringi.so’ not foundCalls: <Anonymous> ... loadNamespace -> namespaceImport -> loadNamespace -> library.dynamExecution haltedERROR: lazy loading failed for package ‘res
2022-03-05 21:29:10
1129
原创 R语言画图 | 如何看已知基因list的细胞类型特异性表达？
自己学东西，觉得举步维艰。网上的资源太多了，反而让人很容易陷入一种焦躁和慌乱中。不知道从哪里理出头绪来。是碎片化的，不成体系的。自己需要对信息进行过滤，整合成自己的方法。目标：加载作者的处理过的有细胞类型标签的数据，对数据进行差异表达分析，找到特定的组织中差异表达的基因。注明以下使用到的数据来源：http://development.psychencode.org/files/processed_data/scRNA-seq/Sestan.fetalHuman.Psychencode.Rdata.
2022-03-03 22:31:31
1075
原创 no applicable method for ‘depth‘ applied to an object of class “NULL“
报错信息：pheatmap(data)Error in UseMethod("depth") : no applicable method for 'depth' applied to an object of class "NULL"解决方法：再试一遍。
2022-03-02 18:56:43
6737
7
原创 R语言学习 | 想要用分隔符“|”分割字符，却出错？问题在哪里？
"|"符号在正则表达式中可以表示为“或”的含义，因此当字符串中出现该字符，而我们还想要用该字符进行分隔时，需要注意使用转义字符，且为两个斜杠。\\gene<-str_split_fixed(gene_name,"\\|",n=2)gene [,1] [,2] [1,] "ENSG00000000003" "TSPAN6" [2,] "ENS.
2022-03-02 16:36:31
1651
原创 R语言学习 | 如何提取指定行名的行？
想要实现的目标如题。善用属于符号：%in%,以及不要忘记XX$V1。我想要提取数据框cpm2中行名在vector interest中的行，使用如下指令解决。interest<-read.table("result_coding_gene_id_2.txt")data<-cpm2[which(rownames(cpm2)%in%interest$V1),]interestV11 ENSG000000004602 ENSG000000010843 ENSG0000000.
2022-03-02 16:26:57
16929
原创 R语言绘图 | 堆叠图的绘制
目标：绘制每一种亚类的堆叠图，使呈现效果更好。是时候要挑战一下自己的舒适区了。传统的barplot实在是不行了。1。首先综述一下目前用到了实现这一功能，用的是哪些package。library(ggplot2) #似乎ggplot2就能实现这一效果。2。其次创建输入数据矩阵。data<-data.frame(Sample<-c(rep('control1',3),rep('control2',3),rep('control3',3),rep('treat1',3),rep('.
2021-12-10 21:50:34
4331
原创 如何比较两个文件的内容，去除一个文件中，在两个文件中有overlap的部分？
后来尝试下来，使用daff包可行。data1<-read.table("L2-3-IT.txt") #待比较A文件data2<-read.table("L2.txt") #待比较B文件install.packages("daff")library(daff)d<-diff_data(data1,data2)render_diff(d)将结果保存为xlsx格式，放到excel中进行简单筛选即可。...
2021-12-07 09:11:47
656
原创 比对 | 对于比对结果一些细节的理解？
1。为什么明明全部是151M,mapping quality却为0?以序列“A00928:207:HYLCHDSXY:2:1466:11415:24330”为例，进行分析。(base) [xxzhang@mu02 V1C]$ grep "A00928:207:HYLCHDSXY:2:1466:11415:24330" result_T45.samA00928:207:HYLCHDSXY:2:1466:11415:24330 99 chr16 29568232 0
2021-11-24 21:49:25
695
原创 近期写文章的规划
每次遇到一个具体的问题，都不好意思开口说自己是这个专业的。只知道一点，但是了解的并不是很多。觉得是自己很大的一个不足。（1）一方面是本科期间这方面涉猎的并不是特别多。GWAS和WGCNA都没有很广泛的涉及。（2）另一方面，自己当初学的并不是特别的精深，只知其然，不知其所以然。（3）增强自己数理化计算机的本领。自己所在的这个实验室，有各方面的专业的人才，很适合我自己的发展。老师也是多边形的战士，所以要充分利用好身边的这部分资源。下面要有一个写作的计划。1。关于单细胞多组学方面的文章。2。WGC.
2021-11-01 21:10:01
154
1
原创 经验总结 | R语言批量读取目录下的文件然后按照行名对其进行整合成为data.frame
参考链接：https://www.jianshu.com/p/3f1f27fdd35b发现这哥们写得和我目前的需求是一致的，于是按照它的思路看一下。我的目录文件：path <- "F://张秀秀//过程性文件//10//26//count"fileNames <- dir(path) filePath <- sapply(fileNames, function(x){paste(path,x,sep='/')}) data <- lapply(filePath, f
2021-10-31 23:14:50
2482
1
原创 win10任务栏以及开始菜单点击无反应的故障修复
1。通过某种方式，进入电脑的安全模式。进入安全模式需谨慎，因为需要填写账户下的密码，此密码是window账户的密码，并非一般登录的密码，一定要记得。2。进入安全模式之后，再通过某种方式进入命令行方式。在命令行方式下输入指令：bcdedit /deletevalue {default} safeboot重新进入普通模式，即可。最后记住一句话：若是用户在win10系统下遇到故障不知道怎么解决，可以通过进入安全模式解决。不要信网上的，重启资源管理器等，没啥用。也不要被网上的一些严重到要重装系
2021-10-29 17:24:53
2001
原创 Python读取文件的方式及基本区别
这个之前想过要整理，但是一直没有集中的时间。1。使用read（）读取整个文件barcode_name = "barcode_test.txt"fb = open(barcode_name)txtname = fb.read()print(isinstance(txtname,str))print(txtname) TrueAAACAAGCAAACCAGCAAACAAGCAAACCAGCAAACAAGCAAACGCGTAAACAAGCAAGGCCTGAAACAAGCACAACAT.
2021-10-10 11:08:06
1103
原创 实验记录 | 如何拆分scATAC-seq数据成为单个细胞？（1、解决barcode问题）
在师兄的帮助下，我得到了师兄筛选过的细胞的barcode的数据，那么接下来我想根据这些barcode，将来源于同一个barcode的细胞的reads提取出来，这个还是一个蛮有技术含量的事情的，因为上次我有使用过perl的脚本进行提取，最后的实验结果很糟糕，故而这件事情一直搁置到现在，没有继续去做（我的脚本的编写能力还是有待于加强，可能是刚刚喝了奶茶，和老妈弟弟聊了好多闲话，很开心，觉得在某种程度上休息够了，对于工作也是一种非常快乐和积极的状态了）。0。前期失败尝试回顾...
2021-10-07 16:00:21
972
windowBuilder 的structure界面显示不出来
2018-09-13
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人