vincentluo91-CSDN博客

原创 Ubuntu下安装MySQL

Ubuntu下安装MySQL1.在线root权限安装，安装过程中会设置密码：sudo apt-get updatesudo apt-get install mysql-serversudomysql_secure_installation参考：https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-install-

2017-08-24 19:52:36 490

原创用jupyter notebook同时写python 和 R

1.jupyter notebook之前是叫ipython notebook，升级后，不仅支持Python，还支持其他很多语言，如R,scala,go...2.Rstudio里面可以使用R markdown, 类似jupyter-notebook功能。但要想使用Jupyter新建Rscript, 先要安装IRkernel：进入R, 运行：install.packages('devtoo

2017-08-07 12:49:02 7946

转载 10大Python数据可视化库

浏览一下Python程序库目录你会发现无论要画什么图，都能找到相对的库——从适用于眼球移动研究的GazeParser，到用于可视化实时神经网络训练过程的pastalog。有许多库只完成非常特定的任务，也有许多可以用于更广泛的领域。今天我们会介绍一下10个适用于多个学科的Python数据可视化库，其中有名气很大的也有鲜为人知的。在这里我们提醒一下大家如果想轻松的在本地运行Python，可以使

2017-07-14 21:46:50 7474

转载使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据

做基因组数据分析，可能经常从NCBI的GEO/SRA或者EBI的ENA数据库下载高通量的数据，动辄几十G的数据用wget下载实在太纠结，这时就要用到神器-Aspera了。使用Aspera，最简单的方法当然就是使用浏览器插件Aspera Connect了，跟迅雷、Flashget的用法差不多，直接单击Aspera支持的下载地址，就自动切换到Aspera的窗口开始下载了。当我们登录到自

2017-06-12 11:20:21 3795

转载 linux下.vimrc文件配置

linux下.vimrc文件配置set nocompatible //不要使用vi的键盘模式，而是vim自己的 set syntax=on //语法高亮 set noeb //去掉输入错误的提示声音　 set confirm //在处理未保存或只读文件的时候，弹出确认 set autoindent set cindent //自动缩进 set tabst

2017-05-23 15:44:05 841

转载 VCF格式详解

1. 什么是VCF？VCF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文本文件。在GATK软件中得到最好的支持，当然SAMtools得到的结果也是VCF格式，和GATK的VCF格式有点差别。2. VCF的主体结构先给出一个VCF文件的范例：##fileformat=VCFv4.0 ##FILTER= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMA

2017-05-23 15:38:09 10294

原创 linux下如何杀掉D状态进程

D状态（disk sleep）进程用kill -9命令是不管用的，最简单的方法就是reboot, 除此还可以修改内核，将其进程状态转化为别的状态，然后kill掉。新建文件夹, cd进去，新建killd.c 文件，代码如下：#include <linux/init.h> #include <linux/kernel.h> /*Needed by all modules*/#include <l

2017-05-22 12:56:08 14735 5

原创如何在无图形界面的操作系统上使用图形界面软件如sublime text，以及显示图形？

通过ssh远程登陆没有图形界面的服务器，如何运行有图形界面的程序如sublime，firefox，直接显示图形结果（调用R画图）？如果客户端是windows，可以安装Xming, 或者Xmanager软件(推荐，里面包含了xshell, xftp等一系列远程操作工具，很方便)如果客户端是Macos，可以安装xQuartz, 这是Mac下的X11终端程序, 通过命令 ssh -p 22 -X us

2017-05-19 17:28:05 2827

原创 Problems when installing R and Rstudio in Ubuntu:

Problems when installing R and Rstudio in Ubuntu:1. download R source code.2. uncompress; then ./configure, but error occurs, just because there are lack of some dependent packages.install t

2017-05-15 18:11:32 3089

原创 Anaconda中(Python2和Python3)的切换

Anaconda是Python的科学计算环境，集成了Python，jupyter(前身为ipython-notebook, 一个基于web的Python IDE, 方便与他人分享，协作), Spyder（IDE，支持cell运行和ipython), numpy,scipy,matplotlib等常用的科学计算包，使用起来很方便。Anaconda对应Python2 ，3 有两个版本anaconda2

2017-04-26 20:26:51 39401

转载 SAM/BAM格式文件操作软件samtools使用说明

SAM和BAM是序列比对之后常用的输出格式，比如tophat输出BAM格式，bowtie和bwa等都采用了SAM格式。BAM格式其实就是SAM格式的二进制格式，占用存储空间更小。samtools由中国学者开发，专门用于sam/bam格式文件的各种操作。1）查看BAM/SAM格式文件 $ samtools view [‐bhuHS] [‐t in.refList] [‐o ou

2017-03-21 11:59:05 9125

转载责任链模式/过滤器模式

重点内容此博文转载来源：http://z466459262.iteye.com/blog/702580看到Java web开发中的过滤器（filter），收藏一下这篇讲解过滤器设计模式的博文。//责任链---要么承担责任作出响应，要么向下传递请求。//责任链模式屏蔽了请求的处理过程，你发起一个请求到底是谁处理的，这个你不用关心，只要你把请求抛给责任链的第一个处理者，最终会返回一个处理结果（当然也可以

2016-11-25 14:17:06 2449

原创 IDEA如何自动/手动导入包

在编写代码时，IDEA可以自动导入需要的包，可以提高开发的效率。MacOS X环境下设置如下：preference→Editor→General→Auto Import 选中Optimize imports on the fly和Add unambiguous imports on the fly；点击apply 和OK键。 Optimize imports on the fly：自动去掉一些

2016-11-15 10:32:40 34847 2

原创 ubuntu下python2.7 安装模块ascii不能解码错误解决方案

ubuntu下python2.7 安装spp 模块（pip install spp）报错：Traceback (most recent call last): File "/usr/bin/pip", line 9, in <module> load_entry_point('pip==1.5.6', 'console_scripts', 'pip')() File "/usr/l

2016-11-09 21:47:37 1317

转载 Java中String字符串类的解析

Java中的类型分为基本类型和普通类型。基本类型就8个byte、 short、 int、 lang float、 doublebooleanchar而，String 是一个字符串类，是普通类型。类的定义方法：String str = new String ("hello");但是它也可以： String str = "hello";两种定义类的方法有

2016-11-08 19:21:53 692

原创 Linux 下使用 ssh 登录局域网其他电脑的方法

实现A电脑（Linux系统）使用ssh登陆内网的其他电脑，如B电脑。查询B电脑的内网IP 在终端（Terminal）中，输入ifconfig后回车，可查看到IP地址为：192.168.2.194 $ ifconfiglo0: flags=8049<UP,LOOPBACK,RUNNING,MULTICAST> mtu 16384 options=3<RXCSUM,TXCSUM>

2016-11-03 14:35:27 16522

原创 Mac OS X 下sublime text3中编译执行Java程序的环境配置

在Mac下使用Sublime时，如果要编译java文件，直接使用command+B命令就可以达到编译的效果，此时会在java源文件的目录下生成对应的.class文件，但并不能执行Java代码。如何才能直接编译并运行java代码呢？1.我用的版本是os x 10.10.5版本，该版本以自带jdk1.8，可不用自己去下载。2.查看java版本在终端里输入 /usr/libexec/java_home

2016-11-02 13:34:05 9287 4

原创使用Python+selenium+BeautifulSoup抓取动态网页的关键信息

程序目的：根据特定的SNP list，在千人基因组数据库中爬取CHB人群的等位基因频率信息。因为网页是动态的数据，嵌入了JavaScript代码，因此借助selenium来爬取信息。 Beautiful Soup是python的一个库，最主要的功能是从网页抓取数据。Beautiful Soup提供一些简单的、python式的函数用来处理导航、搜索、修改分析树等功能。它是一个工具箱，通过解析文

2016-10-27 16:39:57 14503

原创设计模式之二：策略模式

策略模式《大话设计模式》第二章以商场收银系统为例讲述了策略模式的应用。策略模式定义了一系列的算法，并将每一个算法封装起来，而且使它们还可以相互替换。策略模式让算法独立于使用它的客户而独立变化。结构组成抽象策略角色：策略类，通常由一个接口或者抽象类实现。具体策略角色：包装了相关的算法和行为。环境角色：持有一个策略类的引用，最终给客户端调用。应用场景多个类只区别在表现行为不同，可以使用Str

2015-10-31 17:30:46 478

原创设计模式之一：简单工厂模式，用python实现简易计算器

设计模式之一：简单工厂模式，用python实现简易计算器听说写技术博客对别人对自己都有好处，于是从这里开始写第一篇博客，记录自己的学习历程。由于编程功底很薄弱（对于代码的不足或错误，欢迎大家批评指正），最近自学Python，想做些小项目练练手，发现程杰写的大话设计模式这书不错，适合新手入门。开始这本书第一章学习，这里实现简单工厂模式。以实现图形界面的简易计算器为实例，能够计算+-/*% ( )等混合

2015-10-25 15:34:33 2273

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