rogerzhanglijie的专栏

原创 Insilico Medicine: 30天开发肝癌(HCC)新药

整体流程如下图2所示，由于目前对于肝癌缺乏有效的抑制剂，所以肝癌细胞作为研究的主要对象，通过分析肝癌相关的10个数据集和文本数据，PandaOmics提供了top 20的靶标，通过多维度过滤的方法，最终选定CDK20作为初始的靶标结构。利用Chemistry42平台从8918个分子中筛选出7个最可能的分子进行合成和生物实验，仅仅用了30天的时间便找到了第一个命中的分子ISM042-2-001（图3），基于预测到的结合模式进行了第二轮筛选，并找到了具有nmol水平的的小分子ISM042-2-048。

原创 DeepChem预测小分子溶解度

我们需要的第一件事是一个真实分子的测量溶解度的数据集。在本教程中，我们可以使用Delaney溶解度数据集(Delaney数据集是一个用于机器学习的分子溶解度数据集，其中包含了1128个小分子的化学结构式和相应的实验测得的溶解度数据。该数据集中的溶解度属性是以log(solubility)的形式报告的，其中溶解度以摩尔/升为单位进行测量。在药开发中，根据化学式预测小分子的溶解度，是开发药物小分子时要考虑的非常重要的性质：如果一种药物的溶解度不够，你可能无法将足够的药物输送到患者的血液中产生治疗效果。

原创 AI新药研发工具：deepchem

DeepChem是一个用于化学、药物设计和生物学的开源机器学习库，它由谢尔盖·科赫（Sergey Kornilov）和皮尔-路易吉·普罗萨泰罗（Pierre Baldi）等人创建。DeepChem的目标是利用机器学习和人工智能技术解决化学和生物学领域中的各种问题，例如分子描述符生成、化学反应预测、化合物筛选和生物活性预测等。这些工具和算法可以帮助化学家、药物研究人员和生物技术公司等从大量的化学数据中提取信息，并用于分析、预测和设计新的化合物。)上找到，并且可以通过Python API进行调用和使用。

原创 肿瘤早筛有望实现新的突破

肿瘤的发生与人类基因组的变化有密不可分的关系，其实，微生物和病毒的也和癌症发生有着千丝万缕的联系，例如胃癌的发生和EBV病毒感染直接存在关联关系，HPV感染也可能导致宫颈癌的发生。2020年3月11日，Nature期刊发表了一篇基于微生物与肿瘤发生的文章，美国加利福尼亚大学圣地亚哥分校的科研人员，整理了TCGA(癌症基因组数据库）33种癌症中的18116个样本的全基因组和全转录组的数据，利用...

转载 汉语词性对照表[北大标准/中科院标准]

词性编码词性名称注 解Ag形语素形容词性语素。形容词代码为 a，语素代码ｇ前面置以A。a形容词取英语形容词 adjective的第1个字母。ad副形词直接作状语的形容词。形容词代码 a和副词代码d并在一起。an名形词

转载 MetaMap程序是如何把生物医学文本有效地匹配到一体化医学语言系统的超级词表的

文摘：一体化医学语言系统（UMLS）是生物医学领域里面最大的词表，可以用在诸如年决策支持系统、病历管理、信息检索和数据挖掘之中。如何利用UMLS成为目前的重要话题。本文介绍了MetaMap程序是如何把生物医学的文本与UMLS中的超级词表（MetaThesaurus）相匹配，换言之，就是在生物医学文本中发现超级词表中的概念的方法。MetaMap使用知识密集型的方法：包括了符号、自然语言处理和计算

原创 Pymol获得蛋白中二级结构信息

open("potein.dat","w").writelines( ["Residue %s: %s\n"%(a.resi,a.ss) for a in cmd.get_model("protein" +" and n. ca").atom] )其中protein为pymol中加载的蛋白名称，前后需要保持一致。

转载 常用生物信息学格式介绍

前言fastafastqgff2gtf(gff2.5)gff3bedsam、bam vcf前言在各个行业都是有行业标准的，这样才能统一规范而方便后面的分析，在生物信息学领域中主要是各种大量序列数据、注释数据等，这些都是有特定的格式去表示，下面列举几种常见的格式。了解这些是进行后续生物信息学分析的必备知识

转载 R语言getopt包的使用

1:加载包library('getopt');2:spec = matrix(c('help' , 'h', 0, "logical",'infile' , 'i', 1, "character",'outfile' , 'o', 1, "character",'group.col' , 'g', 1, "integer",'

原创 Pymol高级作图技巧汇总

Pymol高级作图技巧汇总一、设置背景为透明在Pymol主菜单中选择setting->Edit All...，然后从搜索框中查找opaque_background, 将其设置为off

原创 PDF2WORD工具命令行使用方法

使用方法介绍：Usage: PDF2Word [Option] []-f : First page to be converted-l : Last page to be converted-z  : Set zoom ratio when conversion, the range is from 50 to 200-b : Space between charact

原创 Mongo DB 学习笔记（一）

MongoDB将数据目录存储在 db 目录下。但是这个数据目录不会主动创建，我们在安装完成后需要创建它。请注意，数据目录应该放在根目录下（(如： C:\ 或者 D:\ 等 )。为了从命令提示符下运行MongoDB服务器，你必须从MongoDB目录的bin目录中执行mongod.exe文件。可以将mongod.exe所在目录添加到windows的换将变量中。mongod.exe --db

转载 如何解决failed to push some refs to git

Github上传过程中出现如下错误：Administrator@PC-20150110FGWU /K/cocos2d/yc (master)$ git push -u origin masterTo [email protected]:yangchao0718/cocos2d.git ! [rejected]        master -> master (non-fa

原创 Python Reportlab 中Flowables 对象

Flowable对象定义的为“漂浮的元素”，元素的精确位置是由它前面的那些元素决定的，如paragraph, diagram.non-flowables包括(page numbering annotations)页码注释，headers,footers,fixed diagrams, logos等。canvas.line(x1,y1,x2,y2)canvas.drawCentr

转载 yii2实现邮件发送

原创 Centos yum 安装lamp PHP5.4版本

centos 6.51.yum安装和源代码编译在使用的时候没啥区别，但是安装的过程就大相径庭了，yum只需要3个命令就可以完成，源代码需要13个包，还得加压编译，步骤很麻烦，而且当做有时候会出错，源代码编译安装大概需要2个小时，好处在于可以自己配置地址等一些参数，yum安装半个小时搞定，一般不会出错，更新也很方便。 2.我的机器是centos release 5.9 64为

转载 Starting httpd: (98)Address already in use: make_sock: could not bind to address [::]:80 (98)Address

我在通过service httpd restart的时候，服服务器提示：Starting httpd: (98)Address already in use: make_sock: could not bind to address [::]:80 (98)Address already in use: make_sock: could not bind to address

转载 16s_rRNA分析软件

QIIME （Quantitative Insights Into Microbial Ecology）是一个专门针对于微生物群落的分析管道，可以进行OTU,以及多样性分析，等等。拥有处理16s rRNA所需要的软件并呈现相应的处理结果。所谓分析管道必是集成软件，QIIME也不例外。因此安装起来比较麻烦。而且根据网站（http://qiime.org/）上给出主流的安装说明，需要将分析软件一个一个

转载 Windows7,网络连接错误: 依赖服务或组无法启动

今天，Windows7启动时报错要求重启，但重启后网络连接不上，提示“依赖服务或组无法启动”， 手动“Network Location Awareness”提示“windows不能在本地计算机，启动 Network Location Awareness有关更多信息，查阅系统事件日志”，查看Windows系统日志有“Network Location Awareness 服务因 %%-10737412

转载 Yii2.0中文开发向导——RBAC(基于角色的访问控制权限)表结构原理分析 - yiifans

权限： 就是指用户是否可以执行哪些操作。 如：小张可以发帖、回帖、浏览，小红只能回帖、浏览 角色： 就是上面说的一组操作的集合。 如：高级会员有发帖、回帖、删贴、浏览的权限，普通会员只有回帖、浏览的权限。 比如小张是高级会员，那么他就可以执行发帖、回帖、删贴、浏览。而小红是普通会员，所以它就只能回帖、浏览。 另外角色还可以继承，中级会员除了普通会员的回帖、浏览功能外，还

转载 Linux中处理文件名中含有空格的问题

例如当前文件夹下有三个文件执行一下语句可以看到,带有空格的文件被当作两个部分,显然不合理我们在 for循环前面加这么一句[plain] view plaincopyIFS=$(echo -en "\n\b")  再执行可以看到,问题解决。

转载 yii2.0之GridView自定义按钮和链接用法

'dataProvider' => $dataProvider,        //'filterModel' => $searchModel,        'columns' => [            ['class' => 'yii\grid\SerialColumn'],            //显示的字段            //code的值      

转载 YII2.0 Activeform表单组件的使用方法

Activeform文本框:textInput();密码框:passwordInput();单选框:radio(),radioList();复选框:checkbox(),checkboxList();下拉框:dropDownList();隐藏域:hiddenInput();文本域:textarea(['rows'=>3]);文件上传:fileInput();提交

原创 yii2中验证码的添加

首先，在模型中添加验证码字段:public function rules(){return ['verifyCode', 'captcha'],} 其次，可以在函数attributeLabels中添加前台页面中验证码的字段名称：public function atrributeLabels(){return ['verifyCode'=>'Verification Code

原创 yii2中用户登录部分

首先：在项目中使用命令./yii   migrate/create   create_users_table在项目中的migrations目录中生成相应的创建表的文件use yii\db\Schema;use yii\db\Migration;use  yii\db\mysql;class m150225_074041_create_users_table exte

原创 在yii2中展示表关联的数据

方法一：在数据库中构建数据表的时候，首先把表之间的关联关系也定义进去；方法二：在模型中定义表之间的关联关系，如下： public function getAuthor(){        return $this->hasOne(Author::className(),['id'=>'author_id']); }此方法中的getAuthor为一对一的关系。

原创 yii2中使用Active Record模式

在db.php中配置相应的数据库信息：return [    'class' => 'yii\db\Connection',    'dsn' => 'mysql:host=localhost;dbname=yii2basic',    'username' => 'root',    'password' => '',    'charset' => 'utf8',]

原创 yii2框架中使用下拉菜单的自动搜索yii-widget-select2

github中源代码地址：https://github.com/kartik-v/yii2-widget-select2利用composer.phar安装此插件：php composer.phar require kartik-v/yii2-widget-select2 "*"引用方法：use kartik\select2\Select2;源代码： field($model, 'com

原创 yii2框架中引用bootstrap中的日期插件yii2-date-picker

最近在学习yii2 框架，发现框架很强大，而且结合了时下许多新的技术在里面。    简单记录一下yii2-date-picker插件的使用方法：    首先先了解一下github中的相关资源：https://github.com/2amigos/yii2-date-picker-widget    其次：在自己的项目中利用上面链接中的相关方法下载此资源，命令为：     php c

转载 在linux中使用phpize安装php扩展模块

介绍：linux系统中，php安装成功后，在bin目录下会生成一个名叫phpize的可执行脚本，这个脚本的用途是动态安装php扩展模块。使用phpize脚本安装php扩展模块的好处：在安装php时没有安装的扩展，可以在以后随时安装上，且不需要重新安装PHP。 安装步骤：1、切换到扩展模块目录在php源码包被解压后的目录中有个ext子目录，这里有近70多个主流的php扩展模块安装

原创 linux 中php以及nginx的重启命令

关闭phpkillall php-fpm php重启/usr/local/php/sbin/php-fpm &关闭nginx/usr/local/nginx/sbin/nginx -s stop   //关闭服务器重启nginx/usr/local/nginx/sbin/nginx  开启服务器

转载 CentOS+Nginx+PHP+MySQL详细配置(图解)

一、安装MySQL        目前web服务器已经很少有跑静态页面的，如果要跑动态网站那当然就离不开数据库，虽然在以前文章中有写MySQL是怎么安装的，但是感觉好久没装MySQL，现在只把步骤贴出来，就不做过多的讲解了#useradd mysql#tar zxvf mysql-5.0.40.tar.gz#cd mysql-5.0.40#./configu

原创 yii2框架的安装

这两天抽出了些时间来安装一下yii2,安装过程中遇到了各种问题。   一开始本打算将这个学习的框架搭建到微软私有云上，但试过几次之后总是出现各种bug,最后不得已在自己的电脑上安装成功！   首先，yii2需要php5.4以上的运行环境，为了简单，直接在自己的windows系统上安装了wamp2.5.   第二步：下载composer    官网下载地址：https://getco

转载 linux vim颜色的设置

因为要写脚本 使用vi编辑器必然不太友好，不会有颜色区分和显示内容，好吧，就选择使用vim 可是遇到颜色调试的问题，周折了很久才搞定。分享一下哈 环境一：直接登录linux（cent5.X cent6.X）系统（前提你安装了vimp这个编辑器软件）问题：vim fimename  #vim编辑文件的时候编辑的字符只有一种颜色，正常来说应该不同的语法成分会有不同的颜色呈现。

转载 KindEditor-编辑器配置参数属性

在《KindEditor-KindEditor简介》中提到了KindEditor编辑器的使用方法，通过使用KE.show(config)方法即可将编辑器添加到文档中。下面是一段源码：KE.show = function(args) {    KE.init(args);    KE.event.ready(function() { KE.create(args.id); });

转载 thinkphp字符截取函数msubstr()

ThinkPHP有一个内置字符截取函数msubstr()如下：msubstr($str, $start=0, $length, $charset=”utf-8″, $suffix=true) $str:要截取的字符串 $start=0：开始位置，默认从0开始 $length：截取长度 $charset=”utf-8″：字符编码，默认UTF－8 $suffix=true：

原创 google地图API的简单使用

function initialize() {    var myLatlng = new google.maps.LatLng(39.95745,116.32764);    var myOptions = {      zoom: 18,      center: myLatlng,      mapTypeId: google.maps.MapTypeId.ROADMAP

转载 简单页面布局实例

http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">http://www.w3.org/1999/xhtml">上中下三行布局，上下定高，中间栏自适应浏览器高度，且内容垂直居中* {margin:0;padding:0;}html,body,#box {height:100%;fo

转载 centos5.6升级php到5.3.8

一、先查看已安装的php mysql httpd版本yum list php mysql httpd二、删除已安装的php和mysqlyum remove删除不掉，所以先用rpm qa|grep php查看有哪些包已经被安装，然后用rpm -e xxx一个一个卸载。三、按照以下步骤安装1. 更新系统内核到最新.[root@linuxfei ~]#yum -y update

转载 解决rpmdb:Lock table is out of available locker entries问题

解决rpmdb:Lock table is out of available locker entries问题 如果运行一些程序后，远行yum命令出现 “rpmdb: Lock table is out of available locker entries...”的问题时, 你可以按照如下操作来修复它：  www.2cto.com  错误表现如下: