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原创 DLL load failed while importing _imaging: 找不到指定的模块。完美解决

ImportError: DLL load failed while importing _imaging: 找不到指定的模块。完美解决

原创 2021美赛A题元胞自动机解法（M奖）

距离比赛已经整整一年了，今天突然想整理一下以前比赛的代码，所以下面是回忆着写的，可能有错误的地方，欢迎大家指正。主要是建了下面3个模型，一一说明：Model I首先要建立多种真菌存在下的分解速率模型，这里我是考虑到单个菌落的分解速度以及菌落之间的竞争作用。这里多种菌落分为强弱菌种，建立的模型中强菌会逐渐覆盖掉弱菌。而决定菌种生长速度的，则是耐湿性和分解速率（根据题意）。然后我将真菌的相互作用分为了3个阶段：无影响、干扰和寄生，具体原因可见后面的reference。每个阶段都有对应的解析式，并且我用了一

原创 Deeplabcut常见问题汇总

Deeplabcut常见问题汇总too many values to unpack这个问题出现在使用deeplabcut.check_labels(path_config_file)原因是因为config.yaml文件中的skeleton中一个部位连接了两条线，这里是不能这样简写的，只能一条一条的写，像这样：skeleton：- - nose - left_jaw- - nose - right_jaw- - neck - left_jaw- - neck - right

原创 2021全国大学生电子设计竞赛C题

三端口 DC-DC 变换器（C 题）

原创 2021全国大学生电子设计大赛B题

原创 2021全国大学生电子设计竞赛A题

信号失真度测量装置（A 题）【本科组】一 任务设计制作信号失真度测量装置，对来自函数/任意波形发生器的周期信号（以下简称为输入信号）进行采集分析，测得输入信号的总谐波失真 THD（以下简称为失真度），并可在手机上显示测量信息。测量装置系统组成示意图如图 1 所示。二 要求基本要求（1）输入信号的峰峰值电压范围：300mV~600mV。（2）输入信号基频：1kHz。（3）输入信号失真度范围：5% ~ 50%。（4）要求对输入信号失真度测量误差绝对值  THD -THD x o ≤

原创 DEEPLABCUT+GPU傻瓜级安装教程+常见错误纠正

安装anaconda和pycharm在anaconda官网下载即可，pycharm在官网下载后破解。安装DEEPLABCUT环境在https://deeplabcut.github.io/DeepLabCut/docs/installation.html下载DEEPLABCUT包，然后在CMD中首先进入conda-environments文件夹，如：cd C:\Users\YourUserName\Desktop\DeepLabCut\conda-environments然后安装：conda

原创 MATLAB蛋白质双向电泳图谱分析

主要步骤USM 锐化二值化Canny边缘检测提取每个封闭区间的面积，若大于阈值，则认为是蛋白质蛋白质匹配USM 锐化// An highlighted blockA = imread('蛋白质局部2.bmp');%A = imread('porteinswim.bmp');A = rgb2gray(A);n = 3; % 3*3模板a = [-1 -1 -1;-1 8 -1;-1 -1 -1]; % USM算子 什么算法这里放什么算子就可以了，但是注意算子必须是3*3的%A(a:b,c

原创 蛋白融入金层的所有步骤

溶解蛋白如果提示gromos力场的警告，请直接忽略 -maxwarn就是按照gromacs基础部分溶剂蛋白，一直做到npt，一共跑4nsnpt生成拓扑这里我拿A链经过修补后且用Ca离子做平衡的文件做示例gmx_mpi pdb2mgx -f chain_A_all.pdb -o chain_A_all.gro -p chain_A_all_Ca.top -i chain_A_all_Ca.itp 制作溶解蛋白的水盒子gmx editconf -f chain_A_all.gro -o chai

原创 重复双层十二烷基磺酸钠分子层以及融入蛋白后的所有流程

制作水的夹层制作的xoy面积和文献一样5.217 nm平方，一共有4877个水分子gmx grompp -f em_water.mdp -c water_330.gro -p water_330.top -o water_330_em.tprgmx mdrun -v -deffnm water_330_em依次能量最小化、nvt、npt设计到的文件都是water_330标注的，这里粘几个mdp和重要的top，水是用solvate做的spc216.gro，然后top里面写spce#include

原创 一种可以成功重复夹层中水的静态介电常数的结构

涉及文件water_ceng文件夹中的messwater_npt_second.tpr具体过程就是水做了nvt和半箱压力耦合npt，约束H-bonds，然后再通过制作一个不存在settle作用的sol使用solvate添加到水分子层的两端，然后能量最小化、nvt、npt，一定不要有任何关于什么冻结的限制，否则会大大影响静态介电常数！关键步骤这里仅仅介绍如何制作level水gmx_mpi solvate -box 5.45040 5.68420 0.1 -cs mysol.gro -o water

原创 正确重复spce水的宏观介电常数计算

制作仿真盒子 gmx solvate -box 2.5 2.5 5 -cs spc216.gro -o water_39_test.gro再做topvi water_39_test.top#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"#include "oplsaa.ff/spce.itp"#include "oplsaa.ff/ions.itp"[ system ]; Namewater[ molecules ]; Compound

原创 纯水结构10.22400制作

溶解gro文件gmx solvate -box 10.2240 10.3320 10.00 -cs spc216.gro -o water_34.gro制作top文件vi water_34.top所以这样写#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"#include "oplsaa.ff/spce.itp"#include "oplsaa.ff/ions.itp"[ system ]; Namewater[ molecules ]; Compou

原创 溶解beta链和两边加分子层的结构

溶解蛋白做xy方向周期时的nvt之前一定要扩充z轴！！！出现结构不对称的原因是因为水层的xoy横截面积与分子层的横截面积不一样！！！gmx editconf -f chain_B.gro -o chain_B_33same_box.gro -c -box 10.2240 10.3320 10.00gmx solvate -cp chain_B_33same_box.gro -cs spc216.gro -p chain_B_33.top -o chain_B_33_water.gro离子平

原创 只溶一个蛋白beta，两边原子夹层的gromacs仿真

溶解蛋白做xy方向周期时的nvt之前一定要扩充z轴！！！gmx editconf -f chain_B.gro -o chain_B_226_box.gro -c -d 1.0 -bt cubic -box 10 10 10gmx solvate -cp chain_B_226_box.gro -cs spc216.gro -p chain_B.top -o chain_B_226_water.gro离子平衡vi chain_B_226.topgmx grompp -f ions.mdp -c

原创 制作仅在xy方向有周期性的夹层结构，且不使用约束平板

转载请注明出处！！！本篇是对这篇文章的改进，解决了xy方向的周期问题，具体原理请见上面的文章，本篇只简述过程。仿真过程用的是alpha-tubulin和beta-tubulin制作蛋白夹水层这里制作的收敛水层，要在z轴的负方向上给个余量，这样就可以成功进行nwall =2的模拟了。gmx editconf -f small_water_npt_center.gro -o small_water_npt_center.pdb然后还是用packmol做整体的结构vi center_224.inp

原创 蛋白夹层存在时xy方向周期的模拟

这是一次pbc=xy时成功nvt平衡的例子，用两个蛋白和一个水层进行模拟。做了两个相对原子质量为0.01（为了满足gromacs的仿真条件），电荷为0的原子组成的原子平板，为了满足pbc = xy的条件用packmol搭建结构gromacs自带的插入分子功能gmx insert-molecules能实现的用packmol都能实现。two_level.inptolerance 1.0filetype pdboutput two_level.pdbstructure chain_A.pd

原创 用未经离子平衡的蛋白制作夹层

制作蛋白夹水层使用这里制作的水层文件，这里用gromacs插入分子总是失败，所以改用packmol做了，然后成功的做出来了。small_test.inptolerance 2.0filetype pdboutput small_test.pdbstructure chain_A.pdb number 1 inside box 0. 0. 0. 55. 55. 55.end structurestructure small_water_npt.pdb number 1 in

原创 Gromacs用alpha-A链和beta-B链制作电荷平衡的测试蛋白

如果直接将蛋白质不经过任何处理就作为输入使用insert插入，在进行到最后nvt平衡的grompp这一步就会报错初始能量过高，所以这里尝试使用离子平衡和能量最小化的方法先处理蛋白，然后再插入整体结构。这里用chain-A和chain-B测试，具体结构是先将chain-A和chain-B溶于水，然后做离子平衡，将部分水替换成NA+后，每个单层蛋白质盖成电中性，然后按照这里的步骤按步骤进行。制作alpha-A链结构gmx pdb2gmx -f chain_A.pdb -o chain_A.gro -p c

原创 用gromacs搭建蛋白分子层，并制作相应的top和索引文件

用gromacs制作分子层，并进行之后的nvt模拟。在这里已经制作了能量收敛的水分子层，现在我们需要在合适的位置加上蛋白质盖子。融合蛋白质层和水分子层这里用gromacs搭建，原理是将水做为原始蛋白然后插入一层下蛋白，然后再将这个结构插入一层上蛋白，蛋白分子是用packmol搭建的仿真盒子，大小是55立方A°，packmol的单位是A°，而gromacs是纳米，转换的时候一定要注意。gmx insert-molecules -f water_test_npt_after_center.gro -ip

原创 Gromacs制作能量收敛的水分子层

制作可用于计算的介电常数的水分子层总的来说，需要用溶解的方式制作gro文件，然后自己制作top文件，如果直接用pdb2gmx和用packmol制作的由单体水分子构成的分子层会使得分子之间成H键。制作gro文件gmx solvate -box 11 11 2 -cs spc216.gro -o water_test.gro盒子的大小是配合蛋白的最小外接和盒子尺寸的。下面展示water_test.gro的前几行Generated by gmx solvate22188 1SOL

原创 用Gromacs重复文献计算TIP4P介电常数谱

重复文献Classical molecular dynamics simulation of microwave heating of liquids中对于TIP4P水介电常数的很多人刚开始做gromacs都是从重复文献开始，但是gromacs输入文件输出文件参数复杂，对于新手很不友好，需要弄清处理各个文件的意义，才能正确的使用gromacs，所以在此具体地展示如何根据文献中的参数对Gromacs的不同文件进行设置。这篇文献需要在外网获得，我直接放在资源里了，可以免费获得。明确重复对象首先找到文献中关

原创 使用Gromacs制作蛋白质夹层

Gromacs制作蛋白质夹层这里用的是拓扑库中已知的蛋白，所以不用x2top并且除了atom2type.n2t文件了。这里我先将把3j2u的链切成A和B两条，然后人工在packmol中测试其仿真盒子的最小大小，然后就在这个最小的盒子里放一个蛋白，按照13A、13B的方式排列，然后最后进行到NPT平衡。切链下载3j2u的pdb，然后用swiss-deep-view切成5条链，分别另存为pdb文件chain_A,chain_B,chain_C,chain_D,chain_K。用packmol搭建仿真盒子

原创 在gromacs中计算水的频率依赖的介电常数

Gromacs计算水的介电系数这里使用TIP4P这种水计算其静止介电系数与频率依赖的介电常数，相关输入文件使用version 2018.1的Gromacs自带的tip4p.gro和tip4p.itp文件。创建溶剂仿真盒子在linux终端中输入gmx solvate -cs tip4p.gro -o conf.gro -box 4.11 4.5 4.9 -p topol.top这里这个盒子的尺寸是正好有3000个TIP4P水分子修改.mdp的参数文件如果是要重复文献中的实验，则需要根据文献修改

原创 如何在Gromacs中添加自定义溶剂

如何在Gromacs中添加自定义溶剂在Gromacs中添加自定义溶剂准备自定义溶质的拓扑文件在Gromacs中添加自定义立场使用Gromacs生成水层的top文件将水溶于CH4修改top文件中molecules数量能量最小化NVT预平衡NPT预平衡MD成品模拟在Gromacs中添加自定义溶剂Gromacs中的默认溶剂一般只有水溶液，但有时候需要在Gromacs中将蛋白融入非水溶剂，例如将C的化合物融入有机溶剂，下面将介绍如何在Gromacs中自定义溶剂，并制作自己的仿真盒子进行MD模拟。具体实例将水融入