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原创 LAMMPS后处理——MATLAB子函数合集整理
本博客将会介绍一些集成后子函数，可直接调用，用于Lammps的后处理，子函数内容和功能会及时更新，请关注博客更新时间
2021-05-23 16:42:59
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原创 LAMMPS后处理以及编程技巧
在进行分子动力学模拟的时候，往往需要对于我们关心的热力学、动力学量以及体系结构信息等进行统计。主要介绍针对分子模拟的动力学过程（轨迹文件）进行后相关的处理分析（需要一定编程能力)......
2021-02-04 15:56:59
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原创 Lammps错误：domain too large for neighbor bins
Lammps错误：domain too large for neighbor bins
2023-12-20 14:18:47
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原创 液滴/液膜蒸发过程—in文件模拟-后处理分析-Ovito/Python绘图
液滴/液膜蒸发过程—in文件模拟-后处理分析-Ovito/Python绘图
2023-04-08 14:23:53
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原创 基于GPUMD的NEP机器学习势函数—二氧化硅融化
势函数作为分子动力学模拟中最终要的输入之一，其准确性很大程度上决定了模拟结果的可靠性，传统经验势无法很好地描述所有现象，而能进行准确预测的基于第一性原理计算的分子动力学计算量非常大，无法进行大体系长时间的计算。因此最近兴起的机器学习势函数正是解决这一问题的有效工具，它可以通过对第一性原理的计算结果进行学习，通过这个方法得到的势函数具有接近第一性原理的计算精度。这里介绍一种基于GPUMD的NEP机器学习方法。
2022-12-03 21:09:09
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原创 建模篇（上）：OPLSAA力场参数之快速建模—MS+Moltemplate
我们可以看到OPLSAA力场文件中，每一种原子对应以数字为编号的TYPE。我们根据自己的原子结构找到对应的TYPE编号。在MS中画出自己需要的分子结构。当然也可以从其他渠道获得PDB文件，读取到MS中。所以这里我们直接运行就行：（再次注意这里的只需要我们刚才生成的。根据手册执行命令，这里不再赘述 （注意，测试的data文件为。
2022-11-17 23:07:07
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原创 两相界面识别方法
我们通常在计算时，模拟体系内往往会出现，明显的两相，如固-液两相，气-液两相等等。当然，在分子尺度也很难定义什么是固体、什么是液体。例如无定型态，这在分子尺度是固态还是液态呢？当然，这个不是我们讨论的重点，我们的问题是怎么区分这些原子呢？即什么原子属于固体、液态原子？什么原子属于气态？这个方法只适用于两相区分明显的体系，如气液。
2022-11-10 21:24:42
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原创 Lammps反应力场信息
LAMMPS可以利用反应力场来做计算，但因事第三方代码而发展缓慢，特别是力场不是特别丰富，下面的链接包含了目前最新的反应力场的力场信息，参考文章等。
2022-11-08 09:04:52
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原创 Lammps模拟剪切作用下的位错滑移
Lammps模拟位错与障碍物作用。在lammps中实现周期性位错阵列模型模拟剪切作用下1/2刃位错与障碍物的交互作用
2022-10-11 20:44:50
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原创 Matlab制作含随机缺陷的纳米颗粒（任何输入Data）
根据选取的原子选择删除范围；附近的原子并且目标原子距离质心。、提取需要删除的原子数据；、随机选取几个原子；
2022-09-19 20:08:06
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原创 Matlab计算随模拟时间变化的热导率
每一帧都对应体系的一个温度状态。也就是每一帧都会存在一个热导率。例如：文献中 Thermal conductivity of glass fiber-reinforced silica aerogels using molecular dynamics simulations，给出的例子。那么如何计算这个随时间变化的热导率呢？...
2022-08-03 10:31:56
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原创 Matlab实现反应力场物产统计
相比于经典的动力学，即体系一开始模拟需要指定键、角等信息，这样实现化学反应的模拟。反应力场引入了键级的概念，去描述键的断裂和生成。Lammps中也提供了相关的命令输出指定时间内的反应产物，（fix reaxff/species ）那么如何有效的统计反应过程中，产物的变化呢？...
2022-07-11 20:56:06
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分子动力学无定型氧化硅in文件及data文件14.3nm（19万原子）
2022-06-09
分子动力学弯曲石墨烯分子模板制作
2022-03-02
液滴自驱动，液滴接触面积识别。液滴在移动过程中，识别接触原子的面积。
2022-03-02
lammps data文件读取matlab脚本
2020-09-27
分子动力学lammps数据分析、二次开发、拉伸摩擦、非平衡统计、自由能计算学习资料
2020-06-01
LAMMPS计算hydro_stress和von Mises stress 的脚本
2020-05-21
读取LAMMPS dump文件的matlab脚本
2020-05-19
最全VMD分子模拟资料整理
2020-02-10
Pandas 主要知识点.pdf
2019-08-15
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