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2022-05-30 22:42:12
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转载 gffread 常用使用自己速记
gffread gff3文件 -g 基因组文件 -x cds文件 -y pep 文件gffread gff3文件 -T -o gtf文件gffread gtf文件 -o gff文件大家常见的-o- 是 指定输出打印到屏幕，所以也可以写成gffread gtf文件 -o- > gff文件
2022-03-02 16:22:16
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原创 关于蛋白 domain建树的总结
最近第一次建树，发现用全长蛋白序列建树的支持度太差，所以就选择蛋白序列建树，网上搜了一圈发现蛋白序列建树只有预测蛋白序列，诸如网站pfam，或者SMART网站等。但是就是没有说怎么提取蛋白 domain序列我首先是看基因家族鉴定的文献，发现很多是用 domain建树。如果此时还是不好，那么树是什么样，就是什么样。首先要获取对应的转录家族序列，这一步简单，只要去pfamA看一下，但是一定要尽量细化到最下面的亚家族。这可以使用 BLAST看一下，有自己的基因组网站，最方便，直接查，否则就用planttfd
2020-06-30 22:18:11
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转载 Rosalind:Finding a Shared Motif
原始的输入文件：Rosalind_1GATTACARosalind_2TAGACCARosalind_3ATACA# Finding a Shared Motif# date:2020/5/29# 这是我转载别人的文章，但是原始的我就不费劲找了，我只想好好# 品一品这个脚本，以我小菜鸡的水平，我就是觉得写的很棒，# 如果是大神，您就略过哈###首先下面这一段函数没有什么难度，就是把原始文件里面的序列保存成列表的数据格式###def readfasta(filename,
2020-05-29 15:00:11
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原创 awk !a[$0]++ 的命令解析
昨天晚上遇到一个问题，需要将数据指定列在不打乱顺序的前提下删除重复元素，所以搜索到了这个命令awk '!a[$0]++' file但是我心里面一直很痒痒的，就是很想知道为什么他能够这么做。首先看的书籍《Linux 命令行与shell脚本编程大全》第三版，找到数组的定义，其实这也是我理解这个命令至今都无法明白的问题，但是其他的我都基本搞清楚了。首先我们观察命令 awk ‘!a[$0]++’ file有以下元素a[$0]!++其中！ 和 ++ 涉及到运算符优先的问题，查阅资料知道++运算
2020-05-23 00:39:25
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原创 真核生物的转录
被打开的染色质模板链的转录起始需要RNA聚合酶结合于启动子上，同时转录因子(TFs)也要结合与增强子上。凡是转录起始过程必须的蛋白质，只要它不是RNA聚合酶的组分，就可将其定义为转录因子。许多转录因子是通过识别DNA上的顺式作用位点而发挥其功能的，然而结合DNA并不是转录因子的唯一作用方式。转录因子还可通过识别另一种因子而起作用，或识别RNA聚合酶，或者只是和其他几种蛋白质一起组成起始复合体。判断...
2020-04-01 17:45:27
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原创 关于解决/lib64/libc.so.6的"GLIBC_"的问题
因为自己使用Orthofinder，提示缺少GLIBC_2.15的原因，所以安装GLIBC动态库。http://ftp.gnu.org/gnu/glibc/这个是GLIBC的动态库，根据命名下载对应的文件就好。下载解压这里需要在一个单独的目录操作，所以直接在解压后的目录下mkdir build 目录前期准备：这里需要根据解压之后的文件INSTALL来自己手动编译升级。...
2020-01-14 10:44:35
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转载 WGCNA如何从module中挖掘关键基因
https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/83747196认识到与表型数据相关的modules之后，还可以在modules中进一步筛选基因，为了方便筛选，对于每个基因定义了以下三个统计量。1.connectivity连接度，在之前的文章中，简单提过这个概念，类似于网络中节点的degree的概念，只不过在加权共表达网络中，由...
2019-12-30 20:52:41
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原创 解决samtools: /lib64/libz.so.1: version `ZLIB_1.2.3.3' not found (required by samtools)的问题
http://zlib.net/先去zlib官网去下载源码，下载安装./configuremakemake install DESTDIR=/home/my_name prefix=/softwareDESTIDIR&prefix用来安装在自己的文件夹下面的变量之后找到libz.so.1，直接使用 LD_PRELOAD偷梁换柱即可这里有一个小点注意第一次使用 L...
2019-12-14 23:46:47
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原创 解决类似/usr/lib64/libstdc++.so.6: version 'GLIBCXX_3.4.19' not found错误
知识盲点：find命令的灵活使用系统环境变量的了解非root权限解决/usr/lib64/libstdc++.so.6: version过低问题LD_PRELOAD的偷梁换柱之能解决类似/usr/lib64/libstdc++.so.6: version ‘GLIBCXX_3.4.19’ not found错误之前写过一篇文章https://blog.csdn.net/qq_392...
2019-12-13 15:11:21
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原创 关于多重假设检验的总结
多重假设检验与Bonferroni校正、FDR校正多重假设检验与校正、BH校正FDR 和 q-valueFDR-P值是什么东西总结起来就是pvalue是一切的基础，在做校正的时候qvalue，可以由常用的三个方法分别是Bonferroni校正，BH校正和FDR校正得到。Bonferroni校正非常严厉，直接在==pvalue的基础上除以n(比较次数）==差异基因得不到或者很少。BH校正...
2019-12-10 21:34:34
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转载 解决/usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found一类的问题
首先如果您是root账户，您只需轻轻的升级一下gcc就好了，否则，嗨嗨嗨上正菜无root账户安装gcc,我直接安装的是最新版，可以从清华的免费镜像来下载。#没有root权限如何安装gcc到用户目录，这里是gcc-9.2.0wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/gnu/gcc/gcc-9.2.0/gcc-9.2.0.tar.gz#解压ta...
2019-12-10 21:09:46
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转载 富集分析集锦
链接：https://www.jianshu.com/p/988d90484f77不管是转录组，还是芯片数据，或者其他有关基因的组学分析，每当数据分析到后面，要想得到结果，都躲不过这个富集分析，因为它是帮助我们从庞杂的组学数据中发掘规律重要的一环，对基因功能进行富集分析，就有可能发现在生物学过程中起关键作用的生物通路，并且帮助理解生物学过程的分子机制。现在的高通量测序带来的巨大数据量，让我们眼...
2019-12-10 21:03:13
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原创 NCBI下载链接出错
SRA浏览器查询的下载链接Runinfo的下载链接使用IDM批量下载的时候，使用Runinfo的下载链接死活都找不到。虽然下载链接多数都在尾部是".1",但是下载链接并不一定一定含有它才能找到文件，这只不过是提供排查的方法。...
2019-12-05 08:52:47
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转载 windows桌面图标显示不正常
http://www.xitongzhijia.net/xtjc/20190409/153615.html原因是因为图标是放在缓存里面的,每一次都是从缓存读取的1.查看隐藏文件2.win+r输入%localappdata%之后，删除iconcache.db3.在任务管理器后台重新启动服务即可...
2019-12-04 00:31:58
231
原创 pycharm更改项目名称
https://jingyan.baidu.com/article/d3b74d643374d31f77e60931.html我按照这篇提示操作提醒我java错误于是我把==.idea==文件删除直接重新导入工程
2019-12-03 23:03:14
2718
转载 R方 or R^2
在网络理论中，无尺度网络（Scale-free network，或称无标度网络）是带有一类特性的复杂网络，其典型特征是在网络中的大部分节点只和很少节点连接，而有极少的节点与非常多的节点连接。这种关键的节点（称为“枢纽”或“集散节点”）的存在使得无尺度网络对意外故障有强大的承受能力，但面对协同性攻击时则显得脆弱。现实中的许多网络都带有无尺度的特性，例如因特网、金融系统网络、社会人际网络等等。ht...
2019-11-15 10:09:10
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原创 WPS2019教育版和EndnoteX9关联
WPS2019教育版与EndNoteX9关联最近我要写开题报告，要求参考文献不少于30篇，插入参考文献当然需要使用EndNote正好电脑里有以前的EndNote的X9的版本，也就安装了，但是WPS一直和EndNote不能关联，我可是吃过安装软件的坑，这么宝贵的夜晚时间当然要用来干有趣的事情了，怎么可以用来折腾呢？所以我就查找了几篇资料，仔细阅览之后发现有这样的两种情况存在https://w...
2019-11-14 21:58:29
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原创 Trinity手动标准化
Trinityinisilico normalizeutil/support_scripts/nbkc_normalize.pl出现erro，我一开始以为我的路径不全的问题，原来是因为它确实已经有错误，已经更新了。附上链接地址。https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/blob/devel/util/support_scripts/nbk...
2019-11-10 15:31:58
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原创 Xpdf-read工具安装
下载地址：http://www.xpdfreader.com/download.html这里分为两个工具：一个是阅读器一个是编辑的工具我一直在安装阅读器的时候出错因为在接受证书同意的时候，我一直打的是一个y,但是认证的时候需要的是yes！以此为戒！...
2019-10-12 11:39:28
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转载 nohup与&
参阅《鸟哥的私房菜》知道 &命令是让任务在终端后台背景运行nohup可以让任务在远程服务器下工作还有参阅这篇博文https://blog.csdn.net/liupeifeng3514/article/details/79711694我知道nohup command > a 2>&1 &的意思也就是把命令的输出结果放到a的文件里，但是如果出现错...
2019-09-22 00:10:56
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原创 UBUNTU卸载命令
如果只是卸载目标的包sudo apt-get --purge remove filename但是如果想要卸载目标和依赖的包sudo apt-get --purge autoremove filename
2019-09-10 09:04:00
1202
原创 关于encode与decode
encode是为了将unicode编码转换成其他编码的字符串decode是为了将其他编码的字符串转换成unicode编码并且如果不指定编码方式的话，是在unicode和UTF-8之间转换...
2019-08-15 21:40:53
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原创 互信息建立基因网络（一）
之前一直摸不着头脑，现在我心里有点道道了。参考文章链接：http://xueshu.baidu.com/usercenter/paper/show?paperid=fabc085015e984a5fbac1c09876c539b&site=xueshu_se写在前面的话：我一直以为研究生有时候之所以很难，是因为没人带你玩了，要靠你自己去学习。既然是自己探索，基础就很重要。一句话，没有基...
2019-08-10 07:11:42
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原创 RNA-seq收获（1）
今天学到了三大测序技术优缺点主要就是短读长高通量，但是长读长与直接测序技术的测序效率太低。但是长序列测序技术却可以很好辨别剪切异构体...
2019-08-09 02:07:01
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原创 sorted多级排序问题
今天使用sorted多级排序，有一个疑问，为什么除了第一个排序的结果之外，和我想的不一样，后来终于明白了。from operator import *a = [('john', 'A', 15), ('jane', 'B', 12), ('dave', 'B', 10)]b = sorted(a, key=itemgetter(1))print(b) 结果[('john', 'A...
2019-07-25 05:08:35
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原创 收获
昨天很开心，有很多很多的收获，将以前的疑惑一扫而光input_file = open("SwissProt.fasta","r")ac_list = []for line in input_file: if line[0] == '>': fields = line.split('|') ac_list.append(fields[1])p...
2019-07-17 09:46:02
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原创 如何储存for循环的结果成为列表结构
使用列表生成式seq = open("F:/生物信息学/DNA sequence .txt","r")seq=seq.read()for base in "ATCG": numbers = seq.count(base) #print(numbers, type(numbers)) data = [seq.count(base) for base in "ATCG"]...
2019-07-16 21:12:53
1779
转载 python递归学习心得
def fact(n): if n = 1: return 1 return n * fact(n-1)如果一个函数在内部调用函数本身，这个函数就是递归函数。
2019-07-10 00:28:33
453
原创 解决虚拟机安装之后找不到共享文件夹的问题
在菜单栏选择虚拟机选择虚拟机工具重装在文件夹/media出现vmwaretools的文件夹解压缩里面的压缩包（这里要复制）运行脚本./vmware-install.pl
2019-06-17 15:04:25
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原创 Linux rm -r 的惨痛教训
今天我把好不容易下载的文件给remove(下载速度很慢）文档恢复也没成功，之后忘记所有操作了，总之长记性了。mv rm
2019-06-14 21:39:29
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原创 python缩进问题
def translate_rna(sequence): codonTable = { 'AUA': 'I', 'AUC': 'I', 'AUU': 'I', 'AUG': 'M', 'ACA': 'T', 'ACC': 'T', 'ACG': 'T', 'ACU': 'T', 'AAC': 'N', 'AAU': 'N', 'AAA': '...
2019-06-13 16:31:29
473
原创 Rosalind全排列的问题
这里我们需要实现全排列import itertoolsset1 = []a = 1n = int(input("请输入一个整数："))**for i in range (1,n+1): a = a * iprint(a)**for i in range(1,n+1): set1.append(i)b = itertools.permutations(set1,n)...
2019-06-13 13:18:46
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原创 关于用itertools.permutations的用法
具体就是for i in itertools.permutations('123',3): print (i) ('1', '2', '3')('1', '3', '2')('2', '1', '3')('2', '3', '1')('3', '1', '2')('3', '2', '1')
2019-06-13 12:52:24
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