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RSS订阅原创 RDKit|在PostgreSQL中进行分子相似性搜索
文章目录一、分子指纹计算二、相似性搜索三、自定义搜索函数一、分子指纹计算本文介绍在windows环境下，使用rdkit函数在postgresql数据库中进行相似性搜索。环境搭建、数据表准备不再赘述，可以参考这篇文章。在上述工作基础上，继续进行指纹计算、建立索引。操作之前先看看在postgresql中支持的指纹函数：layered_fp(mol)：另一种rdkit原创指纹，官方文档的解...
2020-05-30 23:03:19
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原创 RDKit|在PostgreSQL中进行分子结构搜索与查询
文章目录一、环境搭建二、数据表准备三、结构搜索与查询1.smiles子结构搜索2.smarts子结构搜索3.立体信息的结构搜索4.带取代基的结构搜索一、环境搭建本文以windows为例进行操作和演示。假设都已经安装好了postgresql，下面依次进行用户切换、启动服务端、创建数据库、导入数据、连接数据库、加载插件、函数测试。在windows上安装带rdkit插件的postg...
2020-05-30 16:35:41
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原创 RDKit|支持RDKit的PostgreSQL环境搭建与基本操作
一、环境配置1.windows下的安装与初始化2.用户设置与服务启动二、操作使用1.cmd操作2.python操作一、环境配置PostgreSQL是一个开源、可扩展的关系型数据库，rdkit官网文档里也是以postgresql作为案例进行演示。本文介绍带rdkit插件的postgresql在windows系统上的环境配置，以及在python环境下的基本操作。1.wi...
2020-05-27 11:26:02
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原创 RDKit|分子修改与编辑
文章目录一、初级篇氢原子显示与隐藏芳香键与kekule式转换二、高级篇Atom和Bond对象的编辑功能RWMol类的编辑功能一、初级篇1.氢原子显示与隐藏正常情况下，分子在rdkit中存储时，氢以隐式氢的形式存储，即不会在图片中显示出来。当需要加入氢原子时，例如要生成和优化立体结构，可以通过函数加上氢原子。加氢：AddHs()去氢：RemoveHs()&...
2020-05-24 15:46:15
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原创 RDKit|分子基础操作与药效团查找
分子基础操作与药效团查找文章目录1.原子操作2.键操作3.环操作4.手动实现氧族药效团查找1.原子操作在rdkit中，分子中的每一个原子都是对象，可以通过原子对象的属性和函数来获取各种信息。对原子进行遍历：m.GetAtoms()获取原子索引：GetIdx()获取原子序号：GetAtomicNum()获取原子符号：GetSymbol()获取原子连接数（受H是否隐藏影响...
2020-05-23 21:48:30
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原创 RDKit|通过Recap和BRICS对分子拆解与合成
文章目录1.Recap拆解2.BRICS拆解3.BRICS合成Recap和BRICS对分子拆解与合成1.Recap拆解另一个与化学反应相关的功能是Recap，Recap可以模仿实验室中的正向合成过程来进行逆向操作，对分子进行一系列的转换与分解，最终得到一组合理的分子片段。Recap可以对拆解过程进行追踪，并形成类似树的数据结构。原始分子记为根节点（root），被拆解的分子记为父节点...
2020-05-22 23:22:25
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原创 RDKit|在化学反应中对原子进行保护
文章目录1.rxn文件创建反应2.保护目标原子在化学反应中保护原子本文是化学反应的进阶操作，关于使用rdkit进行化学反应的操作可以参考这篇文章。有时在使用rxn文件时，很难准确表达或全面考虑到每个细节，导致不需要的原子发生反应，并产生副产物。而rdkit也提供了保护原子的操作，避免不需要的原子参与到反应中。还是以形成酰胺键为例。1.rxn文件创建反应通过rxn文件创建一个反应模...
2020-05-22 17:42:21
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原创 RDKit|化学反应操作与处理
化学反应1.SMARTS创建反应2.rxn文件创建反应3.产物后处理化学反应Rdkit中提供了基于SMARTS的化学反应操作，可以通过SMARTS或rxn反应文件构建反应模式，再对指定的反应物进行匹配，将匹配上的结构按反应模式进行合成。1.SMARTS创建反应从SMARTS创建一个反应模式：Chem.ReactionFromSmarts()下面这个反应表示一个羧基，与至...
2020-05-22 00:29:13
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原创 RDKit|骨架分解与侧链分离
一、骨架分解1.Murcko Scaffold2.Generic Framework二、侧链分离1.rdRGroupDecomposition2.ReplaceCore一、骨架分解1.Murcko ScaffoldMurcko骨架由Murcko等人设计并用药物的形状、结构分析。他们将药物分子拆解成四种单元：环系结构（ring system）、接头（linker）、骨...
2020-05-21 15:07:12
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原创 RDKit|分子片段、片段指纹与指纹重要性分析
一、分子片段生成二、片段指纹生成三、指纹重要性分析一、分子片段生成分子片段（Molecular Fragments）是一组相连的原子，并可能包含有相关官能团。在rdkit中提供了一系列用于分析、操作分子片段的工具。说起来比较抽象，操作起来也比较抽象。获取官能团库：RDConfig.RDDataDir目录下的'FunctionalGroups.txt'根据官能团库实例化一个参数器：...
2020-05-20 19:47:21
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转载 SSM框架原理,作用及使用方法
作用：SSM框架是spring MVC ，spring和mybatis框架的整合，是标准的MVC模式，将整个系统划分为表现层，controller层，service层，DAO层四层使用spring MVC负责请求的转发和视图管理spring实现业务对象管理，mybatis作为数据对象的持久化引擎原理：SpringMVC：1.客户端发送请求到DispacherServlet...
2019-03-15 14:15:33
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转载 java知识点总结（面试）
1、面向对象的特征有哪些方面？答：面向对象的特征主要有以下几个方面：- 抽象：抽象是将一类对象的共同特征总结出来构造类的过程，包括数据抽象和行为抽象两方面。抽象只关注对象有哪些属性和行为，并不关注这些行为的细节是什么。- 继承：继承是从已有类得到继承信息创建新类的过程。提供继承信息的类被称为父类（超类、基类）；得到继承信息的类被称为子类（派生类）。继承让变化中的软件系统有了一定的延续性，同时...
2019-03-14 18:19:01
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转载 Android开发中so库文件的存放位置
Android开发中so库文件的存放位置2017.08.10 23:07*字数 288阅读 1558评论 0喜欢 0在自己编译so库文件，或者引用第三方的so库文件时，库文件存放目录不正确经常会引起很多问题。这里总结一下。so文件存放目录 或 默认生成目录：jniLibs/CPU_ABI：对于Android Studio项目 libs/CPU_ABI：对于Eclipse项目...
2019-03-13 14:41:20
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转载 Android开发：代码实现系统关机和重启
原文：https://blog.csdn.net/shakdy/article/details/79390839情景分析：需求：在系统没有root的条件下，应用程序控制系统关机和重启解决方法：测试环境：Android 4.4手机 ；Android Studio1 将自己的应用程序获取系统权限参考：Android应用如何获取系统权限2 代码实现如下packag...
2019-03-11 12:07:43
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转载 android 生成apk
在android studio导出的apk分为4种，一种是未签名调试版apk，一种是未签名发行版apk，一种是已签名调试版apk，还有一种是已签名发行版apk。以下将介绍这4种apk如何导出。一、调试版apk与发行版apk区别Debug通常称为调试版本，通过一系列编译选项的配合，编译的结果通常包含调试信息，而且不做任何优化，以为开发 人员提供强大的应用程序调试能力。Release通常称为...
2019-03-08 17:39:21
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转载 常用 ADB 命令
目录1. 显示当前运行的全部模拟器：2. 对某一模拟器执行命令：3. 安装应用程序：4. 获取模拟器中的文件：5. 向模拟器中写文件：6. 进入模拟器的shell模式：7. 启动SDK，文档，实例下载管理器：8. 缷载apk包：9. 查看adb命令帮助信息：10. 在命令行中查看LOG信息：11. 删除系统应用：12. 获取管理员权限：13. 启动Activity：14、发布端口：15、复制文...
2019-03-08 10:54:54
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转载 Android C_Demo - 使用NDK编译C代码并生成可执行文件
弹指一挥间，已经工作了两三年，期间一直想用博客记录自己工作中碰到的问题或学到的东西，结果一直都是拖拖拖。刚好趁最近在温习C语言，便正式开启博客生涯。（Ps. 写完后发现，这文章风格像是在写实训报告啊）废话不多说，本文主要讲使用NDK编译一个用C写的小demo，放在Android平台上通过命令行调用。（如果要生成可以通过Java代码直接调用的so库，c代码的入口不能是main(...
2019-03-08 10:44:08
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转载 Android Studio--NDK编译C代码为.so文件,JNI调用
前言： 从Android Studio开始，就支持jni和.so库调用了。环境： Windows 7+Android Studio2.1.2+NDK版本：android-ndk-r10e准备工作： 1) ndk文件: 1,可以根据需求，从网上下载, 网址(科学上网):https://developer.android.com/ndk/downloads/ind...
2019-03-08 10:39:55
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原创 通用的Servlet，通过反射选择方法执行相应操作
import java.io.IOException;import java.lang.reflect.Method;import javax.servlet.ServletException;import javax.servlet.http.HttpServlet;import javax.servlet.http.HttpServletRequest;import javax....
2019-03-05 11:53:44
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原创 linux中java通过jni调用so动态库中的方法
项目中需要调用so动态库中的方法来实现需要的功能，所以需要在java项目中通过jni的方式实现调用。本次学习记录所对应的场景为：已经有so库和对应方法的头文件提供。 项目提供的so和头文件不是jni的头文件，所以需要自己通过提供的头文件，编写jni方法，然后重新编译一个so文件，然后再把两个so同时加载。（刚开始接触，不知道能不能在没有源码的情况下把两个so编译合并为一个so，这样就...
2019-01-17 15:29:17
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原创 android studio assest中文件拷贝问题
项目需要通过jni调用c代码实现的加解密逻辑代码，需要用到一个加解密的矩阵文件，于是我就把文件放在了项目中的assest目录下，但是再通过接口调用的时候，接口函数的参数是文件的路径，而android无法获取到assest中具体文件的路径。原因时因为assest目录下的文件在安装app的时候会被打包成一个apk文件存放在手机中，无法得到具体文件的具体路径。这个时候就需要先从apk中读取...
2019-01-17 14:49:48
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转载 JAVA中的各种Buffer
一、属性Buffer有四个基本属性： 1、capacity 容量，buffer能够容纳的最大元素数目，在Buffer创建时设定并不能更改 2、limit buffer中有效位置数目，不能对超过limit中的区域进行读写。 3、position 下一个读或者写的位置 4、mark 用于记忆的标志位，配合reset()使用，初始值未设定，调用mark后将当前position...
2018-08-08 17:39:00
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转载 java中equals和==之间用法的区别
java中的数据类型，可分为两类： 1.基本数据类型，也称原始数据类型。byte,short,char,int,long,float,double,boolean 他们之间的比较，应用双等号（==）,比较的是他们的值。 2.复合数据类型(类) 当他们用（==）进行比较的时候，比较的是他们在内存中的存放地址，所以，除非是同一个new出来的对象，他们的比较后的结果为true，否则比较后...
2018-08-08 17:15:17
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转载 java中重写和重载区别
重载与重写的区别方法重载是指同一个类中的多个方法具有相同的名字,但这些方法具有不同的参数列表,即参数的数量或参数类型不能完全相同方法重写是存在子父类之间的,子类定义的方法与父类中的方法具有相同的方法名字,相同的参数表和相同的返回类型 注: (1)子类中不能重写父类中的final方法 (2)子类中必须重写父类中的abstract方法 首先...
2018-08-08 16:35:56
182
原创 javascript显式类型转换和隐式类型装换注意点(自用)
一、javascript中的数据类型一共有7种:number:数值基本类型boolean:布尔类型string:字符串null：nullundefined:undefinedobject：{key:value}二、显式类型转换1.number（）：把类似数值数据转换成数字类型，无论是什么数据，结果如何，结果的类型都会变成number类型，不能转换的结果为NaN。...
2018-08-06 23:10:05
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原创 机器学习|逻辑回归里有哪些逻辑？
目录：1.逻辑回归2.牛顿法求极值3.指数分布族与多项分布4.广义线性模型前言在看逻辑回归之前，先回想一下线性回归问题的求解步骤，再顺着线性回归，来介绍逻辑回归。1.首先假设误差存在且为高斯分布，等价于真实数据的概率分布。2.求出联合概率分布，也就是似然函数。3.进行取对数运算，得到对数似然函数l(θ)。4.求l(θ...
2017-07-09 16:12:00
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原创 机器学习|砖家必备的15张速查表
封面.jpg图片来源：https://github.com/kailashahirwar/cheatsheets-ai1.NumpyNumpy (Numerical Python)是高性能计算和数据分析的基础包。它以多维数组为基础，包含了丰富的函数库，能够进行数组运算、切片、过滤、随机数生成等操作，是pandas、scipy等高级库的基础。2...
2017-06-25 18:07:18
143
原创 机器学习|最小二乘法的概率解释
在拟合数据时，为什么选择最小二乘来作为误差函数呢？虽然不明白为什么，但是一直觉得很有道理的样子。最小二乘或平方差作为误差函数，是基于一些概率假设推导出了这个公式。这里有一些概率上的解释。让我们慢慢来看。1.允许误差存在首先要说明的，所有的预测值都不可能完美地与真实值契合，所以误差必然存在，而我们的目的就是如何让误差尽可能地小。这样就可以假设有一...
2017-06-10 14:35:00
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原创 机器学习|回归问题与python实现
大多数的回归问题，都可以使用最小二乘法来求解参数，而求解参数的过程又通常依赖梯度下降法。不仅是回归问题，很多机器学习都是基于梯度下降来实现参数优化，因此梯度下降可以说是机器学习的核心算法之一。简单地说梯度下降利用导数，通过不断迭代，经过有限次的运算，逐渐逼近最优解。 1.一元回归与最小二乘 直接看吴恩达老师课程中的...
2017-06-02 16:59:42
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原创 加勒比海盗5竟然是一个这样的故事！
除去惊险刺激的剧情，恢弘壮观的特效和莞尔一笑的幽默，《加勒比海盗5》就是一个创业的故事！全片以三叉戟的市场需求为主线，讲述了杰克等人自发组队，下海创业，最终合并对手，收割用户的故事。为什么这么说呢，首先杰克的队伍就是一个标准的创业团队，他们又处在一个竞争的创业环境中。杰克：老司机一名。创投圈中混迹多年，熟悉规则，老奸巨猾，众人皆知，影响力十足。...
2017-05-30 20:49:00
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原创 OOP编程|我拿你当朋友，你却把我当爸爸
1.我拿你当朋友，你拿我当爸爸5月10日，在法国大选第二轮投票中，马克龙战胜了极右翼政党的勒庞，并在14日就职，成为最年轻的法国总统。39岁的政坛小鲜肉火了，一同火起来的，还有他的妻子布丽吉特，以及他们饱受争议的爱情。曾经，布丽吉特是马克龙的中学老师。而布丽吉特的大女儿劳伦斯，又和马克龙是同班同学。所以，当时他们的关系是这样的：之前...
2017-05-20 17:35:00
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原创 像Excel一样使用Python（二）
像excel一样使用python，上一期介绍了生成、查看、替换等功能，这一期介绍数据预处理，包括数据表合并、排序、分组等。 1.合并 Excel里智能复制粘贴来合并表格，或者通过VLOOKUP函数分步实现。python中，可以直接使用merge函数来合并两个表，可选参数较多，这里只介绍最...
2017-05-14 22:04:53
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原创 像Excel一样使用Python（一）
一、基本介绍 在进行数据处理时，如果数据简单，数量不多，excel是大家的首选。但是当数据众多，类型复杂，需要灵活地显示切片、进行索引、以及排序时，python会更加方便。借助python中的numpy和pandas库，它能快速完成各种任务，包括数据的创建、检查、清洗、预处理、提取、...
2017-05-07 14:37:20
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原创 OOP编程|加班加得好，劳务少不了
五一你加班了么？ 1.加班费计算 五一节快乐！有多少还在五一节加班的？晒晒你们的加班费是多少？以小编为例，小编写了两篇1000字和2500字的稿件，经过计算之后，稿费为300和450￥。计算代码如下： classpay_cal(object): def__init__(self, num): ...
2017-05-01 17:37:19
86
空空如也
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