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RSS订阅原创 IBSI chapter 3 Image features
（刚好phase 1 3处的结果作为mask）grid distance（具体定义先不看 用到再回头找）
2021-06-07 20:47:18
373
转载 部分遗留Python语法（0）
以下大部分均搬运自：Python's @classmethod and @staticmethod Explained@classmethod & @staticmethodclass Student(object): def __init__(self, first_name, last_name): self.first_name = first_name self.last_name = last_name @classmethod
2021-01-15 14:17:36
114
原创 CNN模型参数量&计算量
CNN卷积层、全连接层的参数量、计算量其中其CNN的FLOPs计算量计算错误。参照：卷积神经网络模型参数量和运算量计算方法与PyTorch中的模型摘要类似于Keras中的`model.summary()`以下转自简书：卷积神经网络模型参数量和运算量计算方法...
2021-01-04 15:20:56
884
原创 Deep learning with python 中文版读书摘录
参考：https://www.jianshu.com/p/6c08f4ceab4c关于数据表征：关于机器学习：关于深度学习（层间可视化）：之前的一个问题似乎有了答案：每个层的卷积核应当是有序不变的。关于损失函数：关于反向传播和优化器（Optimizer）：深度学习的严冬：神经网络简史：SVM：决策树、随机森林、梯度增强机...
2020-12-30 11:26:12
298
原创 Transfer learning & pretrained model | Normalization
目录Transfer learning & pretrained model training tps文章介绍了transfer learning的用途以及实现（ie. 使用pretrained model）；对CNN的理解：Convolutional base(The main goal of the convolutional base is to generate features from the image.) (以特征工程处理的角度看conv base)+Classifie.
2020-12-16 17:10:29
218
原创 SRM benign & malignant, RCC classification, (clear cell RCC) grading literature review about ML(杂篇)
Prediction of Benign and Malignant Solid Renal Masses: Machine Learning-Based CT Texture Analysis（Dec. 19）土耳其伊斯坦布尔研究团队（全篇关键步骤工具包带过）Dataset:private; 79patients with 84 solid renal masses (21 benign; 63 malignant) from a single center；恶性RCC亚型包括：透明细胞瘤，.
2020-12-03 22:09:09
228
原创 Literature reviews of top KiTS19
Datasets:C4KC-KiTS19与MICCAI19合办；可靠的肾脏和肾脏肿瘤语义分割；open on github; downloaded(脚本运行过程中有卡顿或有case的image不完整)数据集：共300例CT（10-18） in NIFTI，接受部分或彻底肾切除术的独特肾癌患者的动脉期腹部CT扫描生成了ground truth。其中210例训练，90例test。注：数据标注是医学学生临床医师的指导下进行的，在过程掺杂了简单线性插值。fat标签的划分源于高斯模糊和阈值分割。mo.
2020-11-22 16:28:42
634
5
原创 Datasets available about kidney and renal tumor
Datasets available about kidney and renal tumor:C4KC-KiTS19可靠的肾脏和肾脏肿瘤语义分割；open on github; downloaded(脚本运行过程中有卡顿，有case的image不完整)数据集：300例CT（10-18） in NIFTI，接受部分或彻底肾切除术的独特肾癌患者的动脉期腹部CT扫描生成了ground truth。其中210例训练，90例test。注：数据标注是医学学生临床医师的指导下进行的，在过程掺杂了简单线.
2020-11-22 11:55:32
242
原创 Renal disease & biomedical imaging examination
肾病检查：肾脏病的影像学检查：肾脏病的检查方法可分为实验室检查和肾病病理学检查：实验室检查包括：尿液检查、肾小球及肾小管功能检查、影像学检查、放射性核素检查。肾脏的影像学包括：x-ray, ul, ct & mri, 主要提供有关肾脏形态结构的解剖学信息，临床根据检查目的不同可选择相应的检查。腹部平片理想状况下可以看到肾脏的外轮廓与大小，是否有钙化，及不透x-ray的阳性结石。但由于需要肠道准备并且提供的信息有限，很少用到，一般在急诊中用于筛查肾结石急性发作目..
2020-11-12 19:15:38
143
原创 Biomedical images dataset(5 renal page)
KiTS19与MICCAI19合办；可靠的肾脏和肾脏肿瘤语义分割；open on github数据集：共300例（10-18） in NIFTI，接受部分或彻底肾切除术的独特肾癌患者的动脉期腹部CT扫描生成了ground truth。其中210例训练，90例test。数据说明...
2020-11-10 21:59:16
947
原创 Biomedical images dataset findings（4 Chest page）
Note: Chest in this page includes: ribs（肋骨）, breast,pancreas（胰腺）,spleen（脾脏）, lung, airway.RIbsRibFrac（20）MICCAI子会议；肋骨骨折的自动检测和分类（4类：带扣，无移位，移位或节段性肋骨骨折）；需申请数据集：660套CT扫描自动检测和分类大约5,000处肋骨骨折，其中包括420套训练CT（全部有骨折），80套经过验证的CT（20部没有骨折）和160套评估 CT。其中，训练420套（5..
2020-11-09 10:59:12
811
2
原创 Biomedical images dataset findings（3 cardiac page）
cardiacMedical Segmentation Decathlon（open）Target:Left Atrium（心房）Modality:Mono-modal MRI Size:30 3D volumes (20 Training + 10 Testing)Source:King’s College LondonChallenge:Small training dataset with large variabilityHVSMR 2016MICCAI...
2020-11-08 18:02:13
811
1
原创 Biomedical images dataset findings（2 Eyes page）
EyesODIR-2019眼科疾病智能识别竞赛；自动眼病分类：正常，糖尿病，青光眼，白内障，年龄相关性黄斑变性，高血压，近视和其他疾病/异常；需申请数据集：5000组包含患者的性别、年龄、双眼彩色眼底照片和医生的诊断关键词等的结构化脱敏后眼科的数据集；4000 train；1000 testADAM 20与年龄相关性黄斑变性（AMD）诊断以及AMD患者眼底照片中病变的分割；需申请task 1：AMD和非AMD眼底图像的分类。 task 2：检测和分割视盘。 task 3：中央凹的定位
2020-11-08 13:05:39
572
原创 Biomedical images dataset findings（1 Brain page）
Brain:BraTs 12-20MICCAI子会议；多模态（Flair, T1, T1c, T2）脑胶质瘤MRI图像及分级亚区标注（、肿瘤情况&年龄&生存时间记录）；数据来源：TCIA GBM + TCGA LGG 。需申请。数据集分期：12-13,14-16,17-19,20.原始12-13数据集是由专家手动标注的，14-16使用的数据集混合了术前和术后的情况并且其标注是在12-13年排名靠前的算法基础上进行了融合的，17-19摒弃了14-16的数据使用12-13的数据，20
2020-11-06 15:24:25
743
原创 BraTs literature reading(Lee)
BraTs 18 leaderboard1. 3D MRI Brain Tumor Segmentation Using Autoencoder Regularization(code)Things new:Due to a limited training dataset size, a variational auto-encoder branch is added to reconstruct the input image itself in order to regularize t.
2020-11-04 10:32:11
329
2
转载 卷积神经网络CNN博客泛读
摘自：https://blog.csdn.net/cxmscb/article/details/71023576卷积层：激励层：池化层：归一化层：1. Batch Normalization2. Local Response Normalization切分层融合层融合的方法有几种，一种是特征矩阵之间的拼接级联，另一种是在特征矩阵进行运算(+,−,x,max,conv)。【U-net里面的拼接属于融合层】Re.
2020-07-11 08:48:20
105
原创 Win10+ubuntu14.04双系统正片
前期准备：1. 磁盘分区：https://baijiahao.baidu.com/s?id=1619516336770562573&wfr=spider&for=pc之后将切出来部分格式化为一个新的添加卷（整个卷用来放Ubuntu的系统及其文件，大小建议至少30G）。2. ubuntu14.04下载ubuntu14.04.114.04.iso和14.04.6.iso在后续执行上都有问题，详见上篇loghttps://blog.csdn.net/qq_37735698/ar
2020-07-06 22:29:08
131
原创 转战Ubuntu双系统试验日志
导师今天和我说不要半途而废，好，记下了今天装双系统参考：https://www.cnblogs.com/boowii/p/6480202.htmlhttp://www.360doc.com/content/16/0822/17/34112495_585132708.shtmlhttps://www.cnblogs.com/net5x/p/6850801.html以上情况：电脑是https://blog.csdn.net/Jerryava/article/details/8008314
2020-06-29 15:00:28
237
原创 U-net原始代码环境搭建：VMware 15.0里面装Ubuntu 14.04内安装Matlab 2014b & U-net release的下载
所以VMware里面插入USB 3.0的话Ubuntu无法正常控制（插入后会导致VMware无法停止工作，显示Ubuntu繁忙，任务管理也结束不了，只能重启电脑）。这样子U盘里面的Matlab镜像文件就不能copy过去，这样只能在VMware里面慢慢下载了？？10G多，网速巨慢，而且还会掉。...
2020-06-28 16:19:26
313
原创 对学姐U-net网络代码学习3（主要内容：对BRATS的搜索&了解；U-net权重矩阵）
6-18问题1 U-net网络端对端的可视化实现问题2 BRATS挑战赛预处理方法问题3 权重矩阵是什么？作用？怎么来？怎么用？model.load_weights('E:/Graduate Project/Unet-master/Unet-master/xuedi_unet.hdf5')问题4 下载的数据是BRATS 13还是15？转自：https://www.smir.ch/BRATS/Start2013BRATS 2013 Training data30 ..
2020-06-28 16:19:08
797
原创 U-net原始环境下代码&框架测试
环境：ubuntu14.04+matlab14b环境搭建，见我上篇博客其实有想要在windows本身自带的17b上试一下，但是发现好多文件格式和操作隶属于不同内核导致的诸多复杂问题，我还是选择搭建原始环境。
2020-06-28 16:11:53
451
原创 对学姐的U-net代码学习杂记2
PyCharm出现TabError: inconsistent use of tabs and spaces in indentation最简单实用的解决办法转自：https://blog.csdn.net/u014116780/article/details/84451569核心要义：Code -->Reformat Codehdf5文件官网：http://docs.h5py.org/en/latest/index.htmlh5py软件包是HDF5二进制数据格式的Pythonic
2020-06-25 11:00:49
274
2
原创 U-net出处论文研读
疑问1红色&绿色部分：这里的一层图像转为64层是使用了64种不同的卷积核，每个卷积核全部卷积完572*572区域生成一副570*570？那么这64个卷积核是依次有序的吗（即第二张image进来之后的卷积核也是这依次的64个卷积核吗？依次的会怎样？乱序的又会怎样？）？连续两次的卷积，卷积核是相同次序的吗（相同怎样，不同怎样）？黄色部分：虚线框内是代表什么？（蓝色矩形代表原始大小，之后虚线框代表实际大小？如果这样为什么绿色部分的left没有框？）奥，这里的黄色区域是crop之
2020-06-25 10:59:57
941
转载 对学姐的U-net网络的学习杂记
.npy文件是一种存放数据的文件格式。.npy格式是用python程序生成的，只能用python程序读取和显示。https://jingyan.baidu.com/article/7f41ecec26081d593d095c18.html例如：imgs_test = np.load(self.npy_path+"/imgs_test.npy")一次性输出30个相同的‘-’符号print('-'*30)关于args和kwargs*args可以当作可容纳多个变量组成的list；
2020-06-11 16:03:29
253
原创 对学姐的U-net网络代码学习
环境：win 10 Pycharm 2019.3.3 Python 3.7.0小问题1 Pycharm报错ModuleNotFoundError: No module named 'libtiff'在Terminal界面直接pip3 install libtiff或者是在file-settings-project interpreter里面添加libtiff都会报错。主要报错：pip版本和libtiff不匹配；error: Microsoft Visual C++ 14.0 is required.
2020-06-09 10:15:01
945
空空如也
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