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RSS订阅原创 踩坑记录一
但是勾画的时候，是以下面的期相进行标注的。所以在训练分割，对于这种案例，他识别到了在上面一个期相的目标位置，没有识别到下面一个期相的，从而dice为零。临床采集的增强CT数据，有时候是同时采集了静脉期和动脉期。
2023-11-06 11:18:53
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原创 nnUNet 更改学习率和衰减优化器的方法
我们可以继承nnUNetTrainer类重写一个 nnUNetTrainerCosAnneal类，当然nnUnet已经贴心的为我们写好了 在.\nnUNet\nnunetv2\training\nnUNetTrainer\variants\optimizer\nnUNetTrainerAdam。警告已经说的很明白了，就不翻译了，为了避免不能在训练的时候调整学习率，我们需要去改变。要修改优化器也可以直接在。
2023-11-06 10:40:56
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原创 UUNet训练自己写的网络
也或者说我们想要自己去定义一个nnUNWtTrainer 去扩展NNunet的话，就可以参考这里面的py文件去写自己的，但是都建议以nnUNetTrainer为基类去继承它。自己写的Unet网络不带深度监督，但是NNUNet默认的训练方法是深度监督训练的，对应的模型也是带有深度监督的。最后需要在训练时候的脚本上加上 -tr 自己写的类名，此处就是 -tr nnUNetTrainerNoDeepSupervision。展示一下这个文件：以及要修改成自己网络的地方。这个命令行参数的默认值来实现。
2023-11-04 15:35:54
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原创 医疗图像分割实践NNUnet-V2 基于window10+3090配置。官方数据Task_02
nnUnet是一个针对医学图像分割提出得一个即开即用的框架，用户只需要按照官方给出的数据要求进行格式转换便可以进行快速的医学图像分割的训练和推演。其更新的V2版本代码变得更加易读和方便使用，并且支持2D的图像和一些除nii格式的图像分割任务。论文-nnUnet。接下来讲解自己在window10上面配置NNunet 并执行官方数据训练的过程，推演后续在写。
2023-10-18 18:26:47
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原创 记录贴：转换dcm/dicom数据为nii格式
现在常用的医学图像格式包括有nii和dicom数据，如何完成这两种格式的转换十分有用，此文主要记录的怎么将dicom数据转换为你并保持空间关系的对应。
2022-12-02 17:49:08
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原创 Tensorflow2.0 使用Keras 迭代器 加载图像分割训练集
当遇到大数据时，无法将数据全部加载进内存，需要用到分批次加载，网上的方法很多都是关于分类数据集，记录一下分割数据集使用迭代器进行数据加载的方式。主要从keras.utils.Sequence 继承后定义一个数据加载器 DataGenerator。注：本文的代码只展现了关键部分，不是完整代码定义数据生成器class DataGenerator(keras.utils.Sequence): def __init__(self, data_img, data_mask, batch_size=1
2022-05-12 12:33:55
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原创 Tensorflow2.0 使用Kera 迭代器 加载图像分割训练集
当遇到大数据时，无法将数据全部加载进内存，需要用到分批次加载，网上的方法很多都是关于分类数据集，记录一下分割数据集使用迭代器进行数据加载的方式。主要从keras.utils.Sequence 继承后定义一个数据加载器 DataGenerator。**注：本文的代码只展现了关键部分，不是完整代码**## 定义数据生成器```pythonclass DataGenerator(keras.utils.Sequence): def __init__(self, data_img, data_..
2022-05-12 12:16:39
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原创 将dicomRT数据解析为nii保存
剂量预测项目需要将从TPS导出的DCIOM_RT 数据保存为nii，以便后续处理。开贴记录：1、dose文件解析dose文件是按照3mm体素进行分布的，其大小和原始CT图像并不一致，这里我们使用SimpleITK 包，读取病人CT图像和Dose文件，并通过sitk中的重采样将dose图像和CT图像进行对齐。代码如下：def resize_image_itk(ori_img, target_img, resamplemethod=sitk.sitkNearestNeighbor): """
2022-04-14 17:54:58
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原创 RT struct 文件 保存为nii文件及解析
最近在做放疗剂量预测相关工作，需要将TPS系统中的RTdose、RTstruct文件等进行解析。开个帖子记录一下，仅供参考。本帖记录RT struct文件解析目的：将TPS导出的病人文件相关文件转换.nii 或者 .npy病例文件结构：导出的数据应该包括病人的dcm原始CT图像以及RTstruct文件，结构目录如下：处理流程：参考开源的 dcmrtstruct2nii 工具包，pip 安装后，修改部分源代码 。以解决dcm文件不能读取以及是否保存文件到磁盘的问题。1、
2022-04-02 17:04:59
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原创 Ubuntu21.04 安装.netcore并使用jupyter 运行C#、F#代码
使用jupyter运行C#，F#主要有以下几个过程：1.安装 .netcore。2. 安装python3（默认自带）3. 安装jupyter4. 安装dotnet工具一、安装.netcore使用Ubuntu安装.netcore过程如下：1.打开终端并运行以下命令wget https://packages.microsoft.com/config/ubuntu/21.04/packages-microsoft-prod.deb -O packages-microsoft-prod.debsu
2021-08-02 10:54:36
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原创 juypter notebook运行C#，F# 环境安装
第一步:安装anconda ，下载链接：Anconda 下载地址第二步：运行anconda的juypter 查看是否成功；第三步：下载.net core 3.0 及以上，下载链接：https://dotnet.microsoft.com/download并安装。**第四步：**打开anconda promote ，运行dotnet tool install -g dotnet-try，安装成功后在运行dotnet try jupyter install 注意：在执行此安装时请保持juypter 处于运
2021-07-20 20:41:22
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原创 python学习笔记（三）——函数、类与对象
一、函数1、函数的定义Python 把函数也当成对象，可以从另一个函数中返回出来而去构建高阶函数，比如： 参数是函数、返回值是函数。函数的定义。函数以def关键词开头，后接函数名和圆括号()。函数执行的代码以冒号起始，并且缩进。return [表达式] 结束函数，选择性地返回一个值给调用方。不带表达式的return相当于返回None。def functionname (parameters): "函数_文档字符串" function_suite r
2021-07-14 09:24:13
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原创 python学习笔记（二）
一、列表1.定义：列表是有序集合，没有固定大小，能够保存任性数量任意类型的python对象。2.列表的创建x = ['monday','tuesday', 'wednesday']#直接定义x = list(range(10)) #利用range（）创建x = [0] * 5 #利用推导式创建列表mix = [1, 'lsgo',3.14,[1,2,3]]#创建混合列表empty = [] # 创建空列表3.列表的修改a.添加元素：list.append(obj)-追加：将一个东西整体添
2021-07-13 16:20:30
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原创 python 学习笔记（一）
python记录-注释运算符Print 函数利用位运算实现快速计算条件语句这是一个注释Hello worldHello chinahello china写下你的答案A existsh not exists运行一下结果就出来了运行一下就好啦1031 注释在 Python 中，# 表示注释，作用于整行。‘’’ ‘’’'或者 “”" “”" 表示区间注释，在三引号之间的所有内容被注释运算符Print 函数print(*objects, sep=' ', end='\n', file=sys.s
2021-07-12 10:37:47
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原创 opencv-python在原图上绘制分割结果（分割轮廓）
在原图上绘制分割轮廓数据准备绘制过程绘制过程显示结果数据准备一、两张图片1.原始图片 image.png2.分割图片 mask.png绘制过程在使用opencv进行绘制时主要使用到以下两个函数：1.findContours（）现在函数只有两个返回值 参数说明第二个参数cv2.RETR_LIST检测的轮廓不建立等级关系cv2.RETR_TREE建立一个等级树结构的轮廓cv2…RETR_EXTERNAL表示只检测外轮廓cv2.RETR_CCOMP建立两
2021-07-09 11:07:23
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原创 cyclegan-tensorflow 实验记录
cyclegan 实验过程记录一、介绍在实验中需要用到非监督的图像分割转换网络，在本次实验中使用cyclegan，本次实验借用github 项目：Cyclegan-tensorflow关于cyclegan的简介不在介绍。二、实验过程在该项目中主要包含以下文件：按照使用顺序讲解文件的作用及使用方法1.build_data.py :将你准备的数据集转换成为tfrecords，使用方法：a、通过直接修改源文件中的以下代码段的值：tf.flags.DEFINE_string('X_input_dir'
2020-08-14 15:03:57
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原创 Unsupervised Deep Tracking 论文翻译
Unsupervised Deep Tracking 论文翻译英文原文：https://arxiv.org/pdf/1904.01828.pdf下面是自己对该文章的翻译，如有错误，敬请谅解，欢饮批评指正摘要：我们在这篇论文中提出额一个非监督的视觉目标追踪的方法，不同于监督学习使用大量带有标注的数据集，我们的CNN模型是在非监督学习的训练方式下使用大量没有标签的视频来训练的。我们的动机是一个...
2019-07-31 15:58:12
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原创 haclon学习笔记（三）
**haclon学习笔记（三）**halcon数据结构主要包括图像参数和控制参数两类，其中图像参数包括image,region,XLD;控制参数包括string,interger,real,handle,Tuple数组一.Image的分类1.根据像素的信息不同分为二值图像、灰度图像、RGB图像。2.Image的通道理论基础做图像的应该都知道，不在阐述了，主要记录一下halcon中与...
2019-07-19 21:22:05
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原创 halcon学习笔记（二）
halcon学习笔记（二）halcon图像处理入门一. 图像读取的三种方式：利用read_image 算子读取图像；利用采集助手批量读取文件夹下所有图像利用采集助手采集图像。二.图像的显示：图像窗口：通常使用算子dev_open_window(: : Row, Columu, Width, Height,Backgound WindowHandle）来新增一图形窗口，例如： dev_op...
2019-07-19 20:27:44
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原创 Haclon 学习笔记（一）
Haclon 学习笔记（一）1.halcon 语句halcond的控制流与C/C++的用法类似，一个是开始的标志，一个是结束的标志。控住语句主要包含以下语句：if 条件语句；switch多分支条件语句；while 循环语句；for 循环语句；中断语句，break，continue；2.算子Halcon算子的基本结构为： 算子（图像输入；图像输出；控制输入；控制输出），一个算子...
2019-07-19 16:23:44
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原创 UNet和FCN实现医疗图像分割
记录一下自己实现的过程，最近毕业设计涉及到医疗图像分割的问题，查阅相关资料后准备从两个分割网络入手，UNET和FCN，关于这两个网络具体的结构请参考大佬的论文《Fully Convolutional Networks for Semantic Segmentation》《U-Net: Convolutional Networks for Biomedical Image Segmentatio...
2019-06-27 12:08:31
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原创 记录，基于keras的YOLOv3的实现和解读
本人正在使用YOLOv3进行车流量的侦测，记录一下学习的过程，使用的开源代码为keras-yolo3-master 链接如下：keras-yolo3-master本人从使用角度及代码角度入手，关于yolov3的解释请参考yolov3本文基于windows10 + pycharm 环境进行：一.跑跑试试1.下载权重文件：yolov3.weights2.转换为转换为h5文件：python...
2019-06-26 21:27:03
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