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RSS订阅原创 我的创作纪念日
提示：你过去写得最好的一段代码是什么？例如：记录自己的操作过程，之后再做的时候可以反过来查看。例如：博士第一年刚开始，希望记录自己的科研经历。提示：当前创作和你的工作、学习是什么样的关系。提示：可以和大家分享最初成为创作者的初心。提示：在创作的过程中都有哪些收获。提示：职业规划、创作规划等。例如：修改xy轴小数问题。
2024-01-11 14:22:02
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原创 Pymol计算两个螺旋的角度
这是一个演示，使用用户提供的pymol脚本来测量两个螺旋之间的角度。原始文章和脚本可以在PyMOLWiki上找到并下载。这个脚本也可以用来测量两个beta片之间的角度。建议方法=3(适合c_α原子)。脚本附在下边，自己保存成.py格式，在pymol里run script使用。该脚本提供了四种测量角度的方法。
2023-11-09 11:14:13
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原创 python 画二维密度图并用广义加和模型进行拟合
def twoD_density(x,y,lable,xmin,xmax,ymin,ymax,rmsdn): plt.figure() plt.style.use('ggplot') sns.kdeplot(x, y, shade=True,cbar= True) # 密度图 #plt.xlim(xmin, xmax) #plt.ylim(ymin, ymax) #plt.axvline(x=rmsdn, color='r', linestyle='-').
2021-08-16 10:39:08
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原创 seaborn.distplot 给分布图的柱子加边框
seaborn.distplot的密度分布图的柱子是没有边框的，画出来的柱子重叠在一起后很难看加一句plt.rcParams["patch.force_edgecolor"] = True让图中所有边的颜色设置为true，搞定
2021-04-08 17:16:14
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原创 python Matplotlib 控制x轴和y轴都为整数
python Matplotlib 控制x轴和y轴都为整数frommatplotlib.tickerimportMaxNLocatorplt.gca().xaxis.set_major_locator(MaxNLocator(integer=True))plt.gca().yaxis.set_major_locator(MaxNLocator(integer=True))搞定
2021-04-08 17:08:19
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原创 GROMACS中mdp文件注解小结
；预处理title = OPLS Lysozyme MD ； 标题，可任意定义（最长64个字，简单点好）cpp = /lib/cpp ； 预处理器，与C/C++的预处理器一样，默认为（/lib/cpp）include = ； 引用文件，即拓扑文件中引用其他文件的路径，引用方式与C/C++引用一样：格式： -I/home/../include -L/home/../libdefine = ...
2018-12-28 11:00:50
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原创 gromcas 分析NAMD轨迹文件dcd
gromacs计算rmsdg_rms -s first_frame.pdb -f protein-only.dcd-s 参考结构，这里选取轨迹的第一帧。-f 轨迹文件gromacs计算rmsfg_rmsf -s first_frame.pdb -f protein-only.dcd-s 结构文件 -f 轨迹文件gromacs计算make_ndx 选择体系的一部分，以便...
2018-12-28 10:49:23
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原创 研究生从事学术研究的赫曼法则(The Laws of Herman)。
这20条法则的内容是（译文主要根据个人的理解，不妥或错误之处，请指正）： 1、在做学位论文期间，不要有任何度假休息的打算。 2、科学研究中，记住这个原则：重要的是什么是正确的，而不是谁是正确的。 3、在思想上，你要相信：多数情况下，无论学术研究还是其它事情，导师错的时候不多。 4、在行动上，你要相信：绝大多数时候，只要按照导师的要求去做，就不会有错。 5、与...
2018-12-28 10:42:40
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原创 初涉科研生涯的四个黄金戒律
2003年Nature (2003, 426:389)上有一篇文章，是德克萨斯大学物理系的著名物理学家Steven Weinberg写的 “Four Golden Lessons”，是科学家对初涉科研生涯的学子们的一些忠告。暂且译为“四个黄金戒律”，内容编译如下： 1．边干边学，不要彷徨。当你开始接受一个新课题或进入一个新的研究领域时，往往会感到迷茫。经常遇到的问题是，我现在对这个领域的研...
2018-12-28 10:41:35
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原创 NAMD跑分子动力学模拟出现的一些问题（更新中）
1.能量最小化平衡的时候，如果没有控制好NVT，会出现盒子变小，蛋白跑出水盒子。但是如果仅仅是控制体积不变，又会造成盒子内溶剂密度太小，产生‘Periodic cell has become too small for original patch grid！’这个错误。NVT:# Pressure and volume controluseGroupPressure ye...
2018-12-28 10:35:15
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原创 matlab读取NAMD轨迹dcd文件
* Example usage *1. alanin.dcd is a DCD file containing 100 frames of a 66 atom trajectory.xyz will be a 100x198 matrix with each row containing coordinates in theorder [x1 y1 z1 x2 y2 z2 ...]&g...
2018-12-28 10:30:26
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原创 Gromacs读取二进制文件转化为可读十进制文件
近来用GROMACS做简正模式分析（NMA）,做完之后，想做后续工作需要用到Hessian矩阵和特征值和特征向量。但是GMX输出的特征值是十进制格式，输出的Hessian(.mtx)和特征向量(.trr)都是二进制文件，无法直接读出。结果花了好多天的力气，曾试图改GMX底层代码，看了好多天他的c文件，结果头大。无奈又翻了几遍手册，发现居然有专门读取GMX二进制文件的命令~具体操作如下g...
2018-12-27 10:41:01
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原创 使用windows版Gromacs进行正则模分析
之前组里的服务器上安装的是4.5单精度版本GROMACS，结果自己试了好多天计算正则模都没有成功。我一直以为它是双精度的，结果今天打开log一看，惊呆了，是我一直搞错了。迫于很急，自己对于linux安装软件也不熟悉，果断下了一个双精度版本的win版GMX，结果发现异常好用，下面写一下我用来计算正则模的过程（简正模式）。GROMACS的win版，是在cmd下使用。首先要cd到他的文件夹的bin目...
2018-12-18 13:39:11
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转载 如何做一名优秀的博士生：（二）方法论的转变
【序： 本文主要来自我在2008年清华大学研究生入学教育里一次2.5小时的讲座，又综合了一些随后的思考和总结。在那次讲座中，我一再强调，我的目的不是要求研究生完全按照我讲的去做，而是希望从根本上冲击、振荡一下研究生的思考角度，启发大家找到最适合自己的成才之路。本文比较长，将分四部分陆续在博客上发表出来。这是第二部分。第一部分请见：http://blog.sciencenet.cn/home.php...
2018-08-29 15:43:14
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转载 如何做一名优秀的博士生：（一）时间的付出
转载自科学网-施一公的博客【 序：我从获得博士学位至今已经整整16个春秋，但博士阶段的感受仍然历历在目。我从指导自己独立实验室的第一个博士生到现在也已经13年了，其中的博士研究生和博士后中已经有11人在美国和中国的大学里担任独立实验室的PI。他们的成长过程差别极大，性格、能力也各有不同。应该说，没有任何一个学生可以简单地遵循另外一个优秀科学家的足迹脱颖而出。从这个意义上讲，科学家的成功是不可能...
2018-08-29 15:42:38
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原创 博士生的基本素养
看了一篇文章，感悟很深。作为博士生，做到以下几点是必要也是必须的。加油，接下来四年希望自己能做的更好！努力工作，把事做完要有责任心要来办公室干活不要羞于讨论自己的研究工作注意细节保持专注要有耐心要谦虚要友善，广交友不要树敌不要不懂装懂沟通清楚向导师报告进度教育你的导师尊重导师的时间向导师提问享受生活有效地一天工作 8 小时，留点时间给其他事还有你爱的人...
2018-06-10 09:45:53
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转载 研究生，请不要不快乐
来实验室做毕设的学妹最近很抑郁，见到人打招呼也不像以前那么热情。一问，才知道她考外校复试被刷了，去年秋招时为了考研错过所有招聘，没想到转眼间，自己就已无路可走。“没关系啊，还有春招呢。好好找总有机会的。”我们都安慰她不要担心，毕竟除了考研失利，她的成绩还是很不错的。“可我不想工作，本科出来去不了大公司，工资也不高。”她很不开心。“我表姐本科工作了一年以后还是继续考研。学姐，你觉得二战怎么样？就考本...
2018-06-09 09:14:55
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原创 起风了，唯有努力生存
《起风了》音乐链接起风了，唯有努力生存。愿你出走半生，归来仍是少年。年少的我因为沉溺于世界之大，对这个世界充满了无限憧憬与向往，便随风而动，一个人离开最初的地点，只身一人踏上征程，即使是要赴汤蹈火也要在这个世界上走过一遍。于是这一路上，我一个人走走停停，也在多年的漂泊中得以见识世界之大。后来，起风了，发现自己虽然在内心深处仍对世界之大无比留恋和向往，但青春不在的我突然觉得有些累了，大概是一个人走得...
2018-06-09 09:11:40
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转载 博士毕业，只能做科研吗？
原创 PhDPlanet 2018-04-28作者 Richard一般来说，博士就是科研道路的开始，读博的人大都有一颗献身科研的心。因此常常听人说“不以科研为目的的读博就是耍流氓”，个人认为说这种话的人已经out了，可能不了解读博在这个社会的现状。如果每个毕业的博士都去搞科研，中国就算再建一百所高校和科研院所也吸收不了。中国每年有超过5万名博士毕业，那么这些博士一般都去哪里发展了呢？今天就给大家总...
2018-06-09 09:08:44
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转载 生物信息学分析常用网站
1. BLAST（核酸蛋白序列比对）：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi2. miRBase（miRNA数据库网站）：http://www.mirbase.org/3. PlantCARE（启动子元件分析网站）： http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/4. W...
2018-06-09 09:07:34
23407
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转载 分子动力学系综小结 （转）
系综(ensemble) 是指在一定的宏观条件下(约束条件),大量性质和结构完全相同的、处于各种运动状态的、各自独立的系统的集合。全称为统计系综。系综是用统计方法描述热力学系统的统计规律性时引入的一个基本概念；系综是统计理论的一种表述方式，系综理论使统计物理成为普遍的微观统计理论 ；系综并不是实际的物体，构成系综的系统才是实际物体。约束条件是由一组外加宏观参量来表示。在平衡统计力学范畴下，可以用来...
2018-06-09 09:06:54
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原创 NAMD靶向分子动力学模拟Target molecular dynamic stimulation（附conf文件）
下面附上靶向分子动力学的conf文件，具体问题具体分析，参数根据自己体系进行修改。TMD比常规MD的conf不同就在于EXTRA PARAMETERS 这部分多了一些参数。具体设置可参考上述TMD介绍。conf:############################################################### JOB DESCRIPTION ...
2018-06-07 17:08:35
3827
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原创 carma相关命令
carma-分子动力学分析软件RMSD矩阵###只有ca原子的RMSDcarma64 -verbose-cross -segid P1 4eiy-com-D-1000.dcd 4eiy-cpwi.psfcarma64 -colour -< carma64.RMSD.matrix 二面角PCA###dPCA，不包含支链的角度###10是生成的特征向量数，310是温度。segid看PSF文件，链...
2018-06-05 17:14:14
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1
转载 VMD/NAMD命令/规则
添加周期性水环境package require solvatesolvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq wb-t (override with any of the following)-o (data will be written to output.psf/output.pdb)添加离子中和多余电荷autoionize -psf file.psf -pdb fi...
2018-06-04 19:43:34
4930
原创 拆分整合轨迹CatDCD
CatDCD - Concatenate DCD files查看轨迹eq01.dcd和eq02.dcd 有多少帧 catdcd -num eq01.dcd eq02.dcd 拆分轨迹文件 catdcd -o eq_first.dcd -first 1000 -last 2000 -stride 10 eq01.dcd -o 输出文件 -first 起始帧 -last 最后一帧 -stride...
2018-06-04 14:47:09
2832
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转载 生物信息人需要掌握的最基础liunx知识
文件夹操作1 pwd：path of working directory,输入之后就会显示你目前的目录是什么2 ls:list，列出文件夹与文件3 ls -lh：long format(显示详细信息,如大小，日期，权限),human read(人可以看懂的格式)，第一行显示这个文件夹内所有文件的合计大小，日期和时间，最后是完整档名4 cd :change directory，更换工作目录，如cd ...
2018-06-04 11:07:39
635
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转载 VMD常用命令（转载）
VMD的console是十分强大的，也提供了很多内置命令，这里把当年研究VMD内置命令的笔记的一小部分发上来。和user guide有相似之处，但是我都尽量写成例子的形式来说明，绝大部分都是亲自试过的。可能当时有些地方写的不准确，也不完整，但是现在也懒得check了。有疑问还是对照user guide中的严格说法。 *****一些额外内容*****VMD里面所有行为，都可以用命令描述出来。打开VM...
2018-06-03 21:05:54
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原创 AutoIMD教程
Introduction to AutoIMDAutoIMD是一种从VMD中利用原子坐标文件快速开始NAMD分子动力学模拟的一种方法。这种模拟可以在VMD图形界面中实时的观测。使用合适的设备(如VRPN跟踪器)，用户还可以与正在运行的模拟进行交互，并对单个原子或残基施加力场。这样的交互在构建和模拟一个系统时非常有用，并且可以通过修补关键残基和原子来获得有意义的结果。虽然交互分子动力学(IMD)技术...
2018-06-02 19:44:55
784
原创 AutodDock安装及使用
AutoDock安装及使用AutoDock 4.2.6 在Windows7中文版下的安装及运行 注意事项： 1、所有安装文件及后续处理文件的存储、安装、读取目录均不可有中文文件夹出现，文件名中除字母，数字及“_”外均不可使用。 2、建议安装时使用程序默认的安装路径，不要更改。 3、同一批次处理的文件存放在默认目录中，建议每次处理完毕后将其存放在另外位置。 4、注意C:\Program Files\...
2018-06-02 19:24:02
84711
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原创 分子对接简要教程（autodock）
使用autodock的小伙伴们，按照这个步骤走一遍基本就会了。而且正式做东西的话，也基本是这个步骤。
2018-06-02 18:55:37
23413
1
GROMACS windows双精度5.11版
2018-12-18
计算蛋白backbone的RMSD
2018-06-04
计算核酸backbone的RMSD
2018-06-04
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