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在代码最前面加入已下代码torch.manual_seed(seed)torch.cuda.manual_seed(seed)torch.cuda.manual_seed_all(seed) # if you are using multi-GPU.np.random.seed(seed) # Numpy module.random.seed(seed) # Python random module.torch.manual_seed(seed)torch.backends.cud
2020-08-02 13:55:00
1915
1
转载 ubuntu16.04 cuda-cudnn-docker环境安装
https://blog.csdn.net/gaojiexcq/article/details/100655671
2019-09-09 14:51:47
386
转载 linux命令行操作记录
Ctrl+a跳到本行的行首，Ctrl+e则跳到页尾。Ctrl+u删除当前光标前面的文字ctrl+k-删除当前光标后面的文字Ctrl+w和Alt+d-对于当前的单词进行删除操作，w删除光标前面的单词的字符，d则删除后面的字符Alt+Backsapce-删除当前光标后面的单词，如果删除错误，使用Ctrl+y进行恢复Ctrl+L进行清屏操作ctrl+a:光标移到行首。ct...
2019-09-09 09:14:03
365
原创 VIM操作记录
1.批量注释在10 - 20行添加 # 注释:10,20s/^/#/g在10 - 20行删除 # 注释:10,20s/^#//g2.批量复制6,9 co 12 复制第6行到第9行之间的内容到第12行后面3.批量删除单行删除：1（待删除行）d光标所在行dd 光标所在行以下的N行Ndd多行删除：1,10d块删除CTRL+v选...
2019-09-08 21:03:29
213
原创 error while loading shared libraries: lib***.so.*: cannot open shared object file
error while loading shared libraries: libtiff.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory出现这个错误时，不要着急安装相关包，也有可能是自己已经装过其他版本的，但是目前软件只支持某个版本。1.查看自己是否已经有相关文件find / -name '*' | x...
2019-08-21 17:00:04
5781
原创 numpy.unique()
>>> np.unique([1, 1, 2, 2, 3, 3])array([1, 2, 3])>>> a = np.array([[1, 1], [2, 3]])>>> np.unique(a)array([1, 2, 3])返回唯一行>>> a = np.array([[1, 0, 0]...
2019-07-23 11:02:21
949
转载 Linux shell 之 提取文件名和目录名的一些方法
很多时候在使用Linux的shell时，我们都需要对文件名或目录名进行处理，通常的操作是由路径中提取出文件名，从路径中提取出目录名，提取文件后缀名等等。例如，从路径/dir1/dir2/file.txt中提取也文件名file.txt，提取出目录/dir1/dir2，提取出文件后缀txt等。下面介绍两种常用的方法来进行相关的操作。一、使用${}1、${var##*/}该命令的作用是去掉...
2019-07-17 20:56:16
115
原创 如何使用pip在conda环境中安装package
先进入到自己创建的conda环境中：source activate yourname然后直接pip安装需要的包：pip install packagename
2019-07-09 20:47:56
5668
1
原创 os.rename() PermissionError: [WinError 5] 拒绝访问
选择python.exe的属性->安全->用户->完全控制然后重启ide，运行程序即可。
2019-04-10 10:22:12
8252
原创 ssh连接docker
docker exec -it cp-docker-9.0 bashcd /etc/sshvi start_ssh#!/bin/bash/etc/init.d/ssh startvi /etc/profile.d/start_ssh.shexport PATH="/etc/ssh:$PATH"source /etc/profilestart_ssh
2018-12-11 09:42:47
373
原创 参考文献设置
选择交叉引用完多个参考文献后把[5][6]变为[5-6]的方法选中[5]右键->切换域代码->在大括号内的最后加入\#"[0"->按F9更新->得到[5选中[6]右键->切换域代码->在大括号内的最后加入\#"0]"->按F9更新->得到6]然后再在56中间加入-按ctrl shift + 即可变为上标...
2018-11-23 09:42:25
496
原创 DISPLAY is not set. Please set your DISPLAY environment variable!
vi /etc/ssh/sshd_config 在文件中加入x11UseLocalHost no/etc/init.d/ssh restart再重新连接就好了
2018-10-25 20:23:06
6058
原创 fsl纤维追踪
1.DTI->NII2.DTI图像预处理（fslroi，bet，eddy_correct等）3.TBSS4.bedpostx_gpu5.probtrackx_gpu
2018-10-24 17:58:25
2152
原创 ubuntu建立用户以及使用ssh连接docker
sudo useradd -d /home/caoping -m -s /bin/bash cccsudo passwd cccc（然后输入自己用户的密码）sudo gpasswd -a ccc docker这样一个cp用户就建立成功然后建立新的连接，设置如图所示：主机名为sever的地址，用户名为刚才自己建的用户名。然后就可以直接连接进入自己的用户啦。...
2018-10-23 17:12:09
472
原创 cuda-9.0与cuda-9.2共存情况下互换
将原本的cuda9.0改为cuda9.2rm –rf /usr/local/cudaln -s /usr/local/cuda-9.2 /usr/local/cuda之后运行nvcc --version查看当前版本
2018-10-09 20:15:27
2573
原创 linux将一个文件夹下的所有内容复制到另一个文件夹
cp -r /home/install-package/* /home/cp/install_package/将/home/install-package/文件夹内的所有文件都复制到 /home/cp/install_package/文件夹下
2018-09-14 09:21:58
22154
4
原创 voxel-wise和ROI-wise
voxel-wise就是基于voxel水平的分析；ROI-wise是基于ROI水平分析。你比如在做功能连接的时候，基于voxel做的话，你选择一个或多个种子点，然后每个种子点的平均时间序列与全脑每个体素的时间序列做相关性分析，做出来就是种子点的全脑功能连接图；基于ROI做的话，你选择多个ROI，然后各个ROI时间序列之间做相关性分析，的出来是一个N*N的相关矩阵（N代表ROI点个数）。...
2018-09-11 20:09:03
4402
1
原创 设置端口转发使远程使用内网
export http_proxy=xy=http://127.0.0.1:8087export https_proxy=xy=http://127.0.0.1:8080 或者export http_proxy=http://192.168.1.254:8118export https_proxy=http://192.168.1.254:8118
2018-08-23 19:21:19
803
原创 Fsl并行化
1.配置您的机器以使用NeuroDebian存储库访问http://neuro.debian.net并按照首页上的安装说明进行操作。这意味着选择Debian或Ubuntu版本，选择靠近您的软件包存储库镜像，并运行呈现给您的小shell脚本代码段。如ubant16.04 + 清华镜像：wget -O- http://neuro.debian.net/lists/xenial.cn-bj...
2018-08-20 17:05:31
442
原创 ubantu批量修改文件名
将以fu_data_FA.nii.gz结尾的文件名中的p改为qprename 's/p/qp/' *fu_data_FA.nii.gz
2018-08-19 17:24:18
180
原创 TBSS处理流程
TBSS处理首先建立一个文件夹FA_01，将所有要处理的FA图像复制到这个文件夹下。依次做如下处理：1.该脚本将所有处理过的FA图像移动到一个名为FA的新子目录，并且还将创建另一个名为origdata的子目录，并将所有原始图像放在那里供以后使用。tbss_1_preproc *.nii.gz2.运行非线性配准，将所有FA图像对齐到1x1x1mm标准空间。注册中使用的目标图...
2018-08-19 15:14:08
12084
9
原创 linux移动文件夹到另一个文件夹
移动p05-fu文件夹到nia文件夹下mv /root/user/p05-fu /root/user/nia/p05-fu重命名也可以这样写，将p05重命名为p04mv /root/user/p05-fu /root/user/p04-fu
2018-08-19 14:35:44
166300
5
原创 sFTP 上传或下载文件与文件夹
使用 sFTP 上传文件夹要将整个目录上传到远程 Linux 主机中，请使用put命令。但是，如果目录名称不存在于远程主机上的工作目录中，你将收到错误。因此，首先在远程主机上创建一个具有相同名称的目录，然后从本地主机上传它，-r参数允许拷贝子目录和子文件： mkdir articles put -r articles 使用 sFTP 下载文件夹要从远程 Li...
2018-08-19 13:32:35
27819
1
原创 error while loading shared libraries: libjpeg.so.62: cannot open shared object file: No such file or
尝试通过apt-get install libjpeg62安装它即可
2018-08-16 11:10:02
7204
原创 error while loading shared libraries: libmng.so.1: cannot open shared object file: No such file or d
首先安装libmng2sudo apt-get install libmng2如果已经存在，链接到 libmng.so.2sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmng.so.2 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmng.so.1
2018-08-16 11:03:25
4025
原创 Ubantu安装FSL5.0.11教程
先进官网下载python安装脚本然后python2 fslinstaller.py之后就是配置环境变量啦在终端中输入vi /etc/profile，在所打开的文本的最后加入FSLDIR=/usr/local/fsl. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.shPATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}export FSLDIR PAT...
2018-08-14 21:28:07
863
原创 复制文件至另一个文件夹并同时重命名文件
#!/bin/bashfilelist=`ls /root/user/xiangyademo1/schizophrnia_DTI_mriconvert/`filename=/root/user/xiangyademo1/FA_01for dir in ${filelist};do if [ -d ${dir} ];then cd ${dir} ...
2018-08-08 11:07:56
7522
原创 docker配置
docker pull debian:16.04docker run -itd --name caoping -v /home/caoping/docker1:/root/user -p 3000:22 --restart=always -e DISPLAY=:0 ubuntud:16.04docker exec -it caoping bashdocker start/stop/r...
2018-08-06 16:03:29
120
原创 fsl批处理脚本
具体情况因人而异#!/bin/bash#touch processgo.shfilelist=`ls /root/user/xiangyademo1/control_DTI_mriconvert/`for dir in ${filelist};do if [ -d ${dir} ];then echo $dir cd ${dir} ...
2018-08-06 16:02:08
2311
4
原创 建立脚本进入当前文件夹中的各个子文件夹并执行相同操作
#!/bin/bashfilelist=`ls /root/`for dir in ${filelist};do if [ -d ${dir} ];then echo $dir cp test.sh ${dir} cd ${dir} pwd cd .. fidone ...
2018-08-06 15:28:09
2310
原创 shell指令遍历指定文件夹下的子文件夹
filelist=`ls /root/user/`for file in $filelistdo echo $filedone filelist=后边的那个引号不是单引号，而是tab键上边的那个键。
2018-08-02 16:23:14
2912
原创 fsl预处理
#!/bin/bashname=$(find *.nii)#echo ${name%.*}fslroi ${name%.*} b0 0 1b0=$(find b0.nii.gz)bet2 $b0 nodif_brain -m -f 0.2eddy_correct ${name%.*} data 0bvecs=$(find *_bvecs)bvals=$(find *_bvals)...
2018-08-02 13:09:29
1786
转载 linux下文件的解压与压缩
.tar 解包：tar xvf FileName.tar 打包：tar cvf FileName.tar DirName （注：tar是打包，不是压缩！）.gz 解压1：gunzip FileName.gz 解压2：gzip -d FileName.gz 压缩：gzip FileName .tar.gz 和 .tgz 解压：tar zxvf FileName.tar.gz 压...
2018-08-02 12:59:16
89
原创 swap file “*.swp”already exists！解决方法
ll -a rm -f .processall.sh.swp删除掉这个文件即可
2018-08-02 10:51:24
2609
1
原创 linux挂载磁盘
sudo mount -t ntfs /dev/sda3 nove/H -o iocharset=utf8,umask=0sudo fuser -m /dev/sda3 sudo kill 543sudo mount -t ntfs /dev/sda3 nove/H -o iocharset=utf8,umask=0
2018-08-01 15:43:53
128
原创 fsl处理DTI数据流程
1.IM_0025 output_bvals output_bvecs output_info.txt output.niifslroi output b0 0 1b0.nii.gz IM_0025 output_bvals output_bvecs output_info.txt output.nii2.bet2 b0.nii.gz nodif_bra...
2018-08-01 14:56:01
3935
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转载 在linux下编辑和修改文件
vi有两个模式：一个是编辑一个是命令。我们从命令进入编辑为：i，o，a。一般使用的是i：因为这个我是最熟悉的。退出点击Esc键，就进入命令模式。 我们一般进入编辑模式，来进行添加，修改，删除。但是当我们删除和修改的内容过多的时候，我们使用命令行模式，进行修改，这样方便，快捷，而命令行中，最常用到的是x，dd，u，p这四个命令：x:删除当前字符;dd：删除当前行;u:恢复前一...
2018-07-30 20:50:28
10048
转载 Linux命令行下修改文件或文件夹名
打开终端，输入命令mv name1 name2 把当前目录下的name1文件名改成name2，如果该目录下有name2，则覆盖以前的name2文件。
2018-07-30 16:34:34
13099
1
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