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空空如也
动态规划 序列对比 Needleman-Wunsch Smith-Waterman algorthm(java)
可以使用需要重新加载biojava.jar jar包代码是全的,不会可以问我。jar包在lib目录下面
输出结果:
Global alignment with Needleman-Wunsch:
Time (ms): 3
Length: 9
Score: 0
Query: query, Length: 9
Target: target, Length: 8
Query: 1 gccctagcg 9
|| | | |
Target: 1 gcgc-aatg 8
Local alignment with Smith-Waterman:
Time (ms): 0
Length: 3
Score: 3
Query: query, Length: 9
Target: target, Length: 8
Query: 7 gcg 9
|||
Target: 1 gcg 3
2016-08-10
动态规划和序列对比
动态规划是序列分析中常用的一种算法技术。动态规划是用来当递归可以使用但会效率低下,因为它会重复解决相同的问题。例如,考虑斐波那契数列:0,1,1,2,3,5,8,13,…第一个和第二个Fibonacci数被定义为0和1,分别。第n个Fibonacci数定义为前两个Fibonacci数的总和。因此,您可以使用递归函数计算第n个斐波那契数
同源性是一个重要的生物学概念。两个物种被认为是同源的,如果他们有一个共同的进化祖先。同种物种有许多共同的DNA的部分。反之,如果两个物种有类似的子串的DNA,你可以推断出这种相似的DNA来自一个共同的祖先。序列比对算法可以用来找到这样相似的DNA片段。
2016-08-10
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