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RSS订阅原创 Predict treatment response to chemoradiotherapy in esophageal carcinoma
目录：1:INTRODUCTION2:MATERIALS3:METHODS4:RESULTS5:CONCLUSIONS1: INTRODUCTION 食管癌是最常见的第八大恶性肿瘤类型，包括超过每年有450000人被诊断为癌症，这也是癌症相关死亡的第六大原因，每年约有400000人死亡。目前，同步放化疗已成为的标准治疗方法。然而，局部晚期食管癌经过放化...
2020-01-05 21:25:06
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原创 阿兹尔海默症生物标志物（姑且叫标志物）的一些总结
入师门已有半年，虽然依旧一事无成，但依然还是要一些总结。本文主要围绕阿兹尔海默症的生物标志物做一些总结。先列一些本文会用到的缩写。AD：Alzheimer disease，阿兹尔海默症MCI：Mild Cognitive Impairment，轻度认知障碍CT：Computed Tomography，电子计算机断层扫描PET：Positron Emission Computed Tomo...
2019-12-30 20:00:33
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原创 Unsupervised Feature Learning via Non-Parametric Instance Discrimination
论文地址：Unsupervised Feature Learning via Non-Parametric Instance Discriminationgithub代码:NCE代码摘要:在有标签数据上训练的神经网络分类器能够很好的捕捉图片间的视觉相似性。文章假设：我们能通过训练基于实例（将每一个样本视为单独的类别）的分类器代替基于类别的分类器，得到可以捕捉视觉相似性的特征表达。我们将其总结...
2019-12-13 21:33:46
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原创 transfer learnin利用少量数据预测材料性能
目录摘要：1 介绍1.1 背景1.2 问题2 方法2.1 神经迁移学习2.1.1 调参2.2 预训练模型库3 结果3.1 预测聚合物的热容量3.2 有机聚合物的热传导性3.3 无机晶体的热传导率3.4 无机和有机材料间的迁移性4 展望摘要：机器学习能够生成可快速评估材料性能的替代模型，因此在材料科学当中日益重要。近年来...
2019-12-08 19:52:43
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原创 Radiomics approach for preoperative identification of stages I−II and III−IV of esophageal cancer
目录1:INTRODUCTION2:MATERIALS3:METHODS4:RESULTS5:CONCLUSIONS6:DISSCUSIONS1:INTRODUCTION食管癌：食管癌是常见的消化道肿瘤，全世界每年约有30万人死于食管癌。其发病率和死亡率各国差异很大。我国是世界上食管癌高发地区之一，每年平均病死约15万人。男多于女，发病年龄多在40岁以上。同时，不同...
2019-11-30 22:09:13
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原创 论文阅读——利用Inceptioin V3在PET上进行AD预测
文章目录一、数据及预处理1.数据集2.预处理二、模型三、结果1.模型结果2.模型解释与可视化四、讨论1.关于结果的讨论2.局限性结束语分享一篇用18F-FDG PET进行AD预测的文章，下面是一些本人的理解。论文信息：Ding, Y., Sohn, J. H., Kawczynski, M. G., Trivedi, H., Harnish, R., Jenkins, N. W., … Fra...
2019-11-30 16:46:22
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原创 Unsupervised Pre-Training of Image Features on Non-Curated Data论文研读
Abstract目前大多数非监督的特征学习的数据集一般都是小且经过精挑细选的,比如说ImageNet,因为评估transfer task的时候使用non-curated的原数据会降低特征的质量.这篇文章的目的就是去研究在non-curated的数据下的非监督学习的方式.针对这一问题，提出了一种新的无监督方法，即利用自监督和聚类的方法来获取大规模数据中的complementary statist...
2019-11-26 14:45:50
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原创 U-Net: Convolutional Networks for Biomedical Image Segmentation
类型说明论文信息U-Net: Convolutional Networks for Biomedical Image SegmentationOlaf Ronneberger, Philipp Fischer, and Thomas Brox会议期刊MICCAI 2015作者所在机构德国弗莱堡大学解决的问题生物医学分割任务模型名U-Net...
2019-11-24 12:07:14
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原创 Communication-Efficient Learning of Deep Networks from Decentralized Data
类型说明论文信息Communication-Efficient Learning of Deep Networks from Decentralized DataH.Brendan McMahan, Eider Moore, Daniel Ramage, Seth Hampson, Blaise Agüera y Arcas研究的问题移动设备的去中心化数据的高效率通信...
2019-11-24 12:05:12
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原创 Multi Institution Deep Learning Modeling Without Sharing Patient Data
类型说明论文信息Multi-Institutional Deep Learning Modeling Without Sharing Patient Data: A Feasibility Study on Brain Tumor SegmentationMicah J Sheller, G Anthony Reina1, Brandon Edwards, Jason Mar...
2019-11-24 12:02:14
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原创 Clinical grade computional pathology using weakly supervised deep learning on whole slide images
Abstract需要大量手工标注数据集一直阻碍病理学方面的决策支持系统的发展以及在临床上部署。为了解决这一问题，本文提出了基于多实例学习的深度学习系统，其仅仅使用已报告的诊断作为训练的标签，得意边广泛且费时间的逐像素手工标注。本文在来自15187位病人的44732张全切片图像构成的数据集上评估了该框架的性能，并且这些数据没有经过任何整理(curation)。前列腺癌、基底细胞癌和乳腺癌转移到...
2019-11-24 11:59:59
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原创 Deep Clustering for Unspervised Learning of Visual Features
Abstract作为无监督学习方法的一类，聚类已经广泛地应用在计算机视觉领域。然而只有少数工作将其适用于大范围的数据集上的视觉特征端到端训练。本文我们提出一种方法——DeepCluster，其可以将神经网络的参数同结果特征的聚类分配任务一起进行学习。DeepCluster采用k-means标准聚类算法迭代地将特征分组，并且使用随后的分配任务作为监督更新网络的权重。 我们将DeepCluste...
2019-11-24 11:50:59
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原创 无监督学习探索固态锂离子导体
目录摘要背景结果无监督探索固态锂离子导体的流程含Li化合物的无监督聚类无监督学习的物理内涵第一性原理分子动力学模拟验证讨论摘要尽管机器学习在探索功能材料这一领域上受到了重视，但是由于材料性能数据稀缺，一直未能发展可靠的模型。本文提出了一种无监督的材料探索方法，此方法不需要带标签的数据因而减轻了材料数据缺失带来的影响。无监督探索材料的方法以固态锂离子导体...
2019-11-23 22:11:06
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原创 材料信息学介绍
目录1 背景1.1 材料研究的主要方法1.2 材料研究发展的阶段1.3 目前材料发展的问题1.4 材料信息学2 材料信息学主要研究方法3 应用示例3.1 非晶态金属3.2 高熵合金4 总结与展望1 背景在人类历史发展的进程中，“材料”一直占有十分重要的地位。每一种重要材料的发现和广泛的使用，都会使人类支配和改造自然的能力提高到一个新水平，给社会...
2019-11-23 17:08:44
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原创 A strategy to apply machine learning to small datasets in materials science
摘要：机器学习的方法在材料科学研究中的应用越来越广泛。然而，与其他领域相比，材料数据集通常更小，有时更为多样化，但材料数据集的大小对训练机器学习模型的影响还未有人进行研究，这阻碍了使用小样本的材料数据集建立高精度的机器学习模型。本文分析了材料数据的大小和机器学习模型的预测能力之间的基本相互作用。结果显示数据大小的影响不是直接影响模型的精度，而是通过影响模型的自由度（DoF），间接影响模型的预测精度...
2019-11-20 20:30:13
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原创 A Review of Automated Methods for the Detection of Sickle Cell Disease
类型说明论文信息A Review of Atutomated Methods for the Detection of Sickle Cell DiseasePradeep Kumar Das, Student Member, IEEE, Sukadev Meher, Member, IEEE, Rutuparna Panda, and Ajith Abraham, Seni...
2019-11-15 10:24:54
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原创 ubuntu 18.04 网络图标不见的问题解决方案
如下操作：sudo service network-manager stopsudo rm /var/lib/NetworkManager/NetworkManager.statesudo service network-manager startsudo gedit /etc/NetworkManager/NetworkManager.conf把false改成truesudo service n...
2018-07-05 09:46:04
27198
60
转载 编写shell时，let: not found
今天在写一个shell小程序时，因为里面含有 let命令，运行 sh let.sh 时，却显示 let: not found百度之后知道：/bin/sh指向了dash而不是bash，dash不支持let命令。解决方法： 法1.使用 bash let.sh 法2.sudo dpkg-reconfigure dash 输入密码，显示
2016-01-19 16:43:45
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转载 X-CT MRI、PET三种成像的优缺点
CT(X线电子计算机断层扫描)是利用X线断层扫描，电光子探测器接收，并把信号转化为数字输入电子计算机，再由计算机转化为图像，CT是一种无痛苦、无损伤、无危险、快速、方便，适合于任何年龄且准确性高的辅助检查工具。 由于CT的应用，癫痫的病因确诊率大为提高，CT检查不但能显示出病变的部位、形态以及与周围脑组织的关系,并以此做出定性分析，而且还能发现仅有密度上的改 变而无占位效应的病变。CT发现癫痫
2015-09-22 09:02:06
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转载 Boosting算法简介
一、Boosting算法的发展历史 Boosting算法是一种把若干个分类器整合为一个分类器的方法，在boosting算法产生之前，还出现过两种比较重要的将多个分类器整合为一个分类器的方法，即boostrapping方法和bagging方法。我们先简要介绍一下bootstrapping方法和bagging方法。 1）bootstrapping方法的主要过程 主要步骤：
2015-09-18 15:16:30
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转载 信号处理和模式识别方面的MATLAB工具箱
信号处理和模式识别方面的 matlab toolbox如果你做wavelet，ica，pca，svm，kernel等方法，希望下面的工具对你有帮助。Signal Processing (Top)Filter Design with Motorola DSP56Khttp://www.ee.ryerson.ca:8080/~mzeytin/dfp/index.
2015-09-16 09:24:35
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原创 Ubuntu12.04 cmake 安装
记录：1）如果需要用ccmake来编译，则需在安装cmake之前安装curses库sudo apt-get install libncurses5-dev2）下载源文件，解压，进入解压后的cmake文件夹，在终端输入：./bootstrapmakemake install还有一种安装方法就是直接在终端中输入：sudo apt-get inst
2015-09-06 15:50:14
2384
原创 vmware虚拟机下安装vmware tool之后可能导致虚拟机连不上网
如题：解决方案如下：在主机上找到你的服务，手动启动vmware服务：如下图所示：
2015-09-05 09:18:02
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转载 Latex的biography中作者照片的插入
Latex的biography中作者照片的插入假设作者的名字是ZhangSan，首先应该在这个tex文件所在的文件夹里放上这个作者的照片，要求eps格式，（据说pdf格式也可以），假设照片的文件名为zhangsan.epstex文件里格式如下：\begin{IEEEbiography}[{\includegraphics[width=1in,height=1.25in,clip
2015-08-24 10:11:25
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转载 MNI and Talairach atlas的坐标
原文地址：http://imaging.mrc-cbu.cam.ac.uk/imaging/MniTalairachMNI(Montreal Neurological Institute)空间下的。MNI空间是基于大量的正常被试的MRI扫描得到的新的标准脑。Talairach脑是从著名的Talairach和Tournoux图谱解剖并且拍摄得到的。这个图谱有与Brodmann分区近似
2015-04-20 10:56:38
20645
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原创 When R installation: W: GPG error:
Error Problem:W: GPG error: http://ftp.ctex.org precise/ Release: The following signatures couldn't be verified because the public key is not available: NO_PUBKEY 51716619E084DAB9Resolution:gp
2015-04-16 16:01:23
903
转载 【转载】Stanford-CV华人教授李飞飞写给她学生的一封信，如何做好研究以及写好PAPER，受益匪浅
文章来源：http://www.vjianke.com/ZM0BC.clip看完Feifei Li教授的这篇文章，感触很多，让我必须对自己未来的职业规划重新定位与思考。是选择随波逐流还是埋头苦干？A good research project is not about the past. It's about the future. 虽说我个人很可能一辈子写不出这样的文章出来，但是这
2015-03-03 15:42:47
1065
转载 压缩感知应用FAQ
前面有几篇很有意思的文章分别介绍了压缩感知原理以及如何运用矩阵的稀疏性进行相关分析，这一篇文章中呢，我不提压缩感知原理，如果想看原理的朋友请看下面几篇文章：初识压缩感知Compressive Sensing中国压缩传感资源（China Compressive Sensing Resources）压缩感知进阶——有关稀疏矩阵“压缩感知” 之 “Hello World”那么我这里讲
2015-01-26 16:18:06
855
转载 Python 机器学习工具库
numpy Python中最流行的一个数值计算库，主要实现矩阵数据结构及相关运算，能进行与Matlab类似的各类操作。同时在实现上进行了优化，在使用向量化计算的前提下，可以使得Python中相关运算的速度提到极大提高。matplotlib 绘图工具包，能够直接产生图像，或导出成各类文件。用于科学计算中的制图。scipy 各类经典科学计算相关工具函数的集合。numexpr 编译numpy
2015-01-23 21:57:59
963
转载 PYTHON上数据储存：推荐h5py
最近在做一个CNN的项目，文件夹里有20w张图片要读入并保存到一个data文件（不然每次都读20w文件太麻烦）。折腾了一个下午，发现了一个极好用的包 h5py：将数据储存在hdf5文件中。这东西有多好用呢？速度，内存占用，压缩程度都比cPickle+gzip来的优秀。相比之下上面两个变逗比了……我把所有图片都放在一个ndarray并保存为一个文件：8190张图片的.mat
2015-01-23 20:34:27
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转载 Virtualbox报错------> '/etc/init.d/vboxdrv setup'解决
Virtualbox报错------> '/etc/init.d/vboxdrv setup'解决 Ubuntu下VirtualBox本来可以很好地用的，今天早上一来就报错了，……提示如下内容： -------------------------------------------------------------------------Kernel driver not i
2015-01-13 09:25:01
11001
转载 matlab矩阵中每一行数除以一个数
例如：用a中每一行数除以x中相对应的每一个数x=[5 10 6 8 16 6 8 8 22 11];a=[4 4 4 5 4 4 4 4 3 46 8 6 2 6 8 8 6 8 64 4 4 4 6 4 4 4 6 44 6 6 4 6 6 6 4 7 410 14 14 10 12 12 12 10 14 123 5 5 3 6 3 3 4 5 44 6 7 4
2015-01-12 15:51:48
22174
转载 弥散张量成像的临床应用
一、 弥散张量成像基本原理与方法1、弥散现象与弥散的各向异性弥散（diffusion）是指分子的随机不规则运动，是人体重要的生理活动，是体内的物质转运方式之一，又称布朗运动（brownian motion）。弥散是一物理过程，其原始动力为分子所具有的热能。在溶液中，影响分子弥散的因素有：分子的重量、分子之间的相互作用（即粘滞性）和温度。弥散是一个三维过程，分子沿空间某一方向
2015-01-07 19:54:40
3964
原创 No package 'glibmm-2.4' found ( When install Mango)
Q:Package glibmm-2.4 was not found in the pkg-config search path.Perhaps you should add the directory containing `glibmm-2.4.pc'to the PKG_CONFIG_PATH environment variableNo package 'glibmm-2.
2014-12-27 16:36:02
2458
转载 TeX系列: tikz-3dplot绘图宏包 (ubuntu12.04)
tikz-3dplot包提供了针对TikZ的命令和坐标变换样式, 能够相对直接地绘制三维坐标系统和简单三维图形. tikz-3dplot包当前处于初创期, 有很多功能有待完善.安装过程如下:(1) 下载宏包tikz-3dplot.styhttp://www.ctan.org/tex-archive/graphics/pgf/contrib/tikz-3dplot/(2) 把上述文件
2014-12-19 10:53:27
2942
原创 Ubuntu 12.04 install JDK1.8.0_25
1、download JDK 8http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html2、tarball$ sudo mkdir /usr/lib/jvm$ sudo mv jdk-8u25-linux-x64.tar.gz /usr/lib/jvm/$ cd /us
2014-12-17 16:43:31
2598
转载 正定矩阵（用于SVM的Mercer定理）
定义：一个n × n的实对称矩阵M 是正定的当且仅当对于所有的非零实系数向量z，都有zTMz > 0。正定矩阵判定：1. 矩阵M的所有的特征值 λi都是正的。根据谱定理，M必然与一个实对角矩阵D相似（也就是说M = P − 1DP，其中P是幺正矩阵，或者说M在某个正交基可以表示为一个实对角矩阵）。因此，M是正定阵当且仅当相应的D的对角线上元素都是正数。2. 半双线性
2014-11-27 10:49:31
4377
转载 OR值的意义和计算公式，和95% CI
OR值的全称是oddratio,又称比值比，对于发病率很低的疾病来说，它是OR值即是相对危险度的精确估计值。计算公式如下：Odd ratio, 95%CI假定我们要鉴别一个基因（或者标记位点SNP）有两个等位基因（等位）:记为Allele 1Allele 2 Allele1Al
2014-11-11 21:49:47
84635
1
转载 哈迪-温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium)法则
哈温平衡，HWE,哈温定律哈迪-温伯格(Hardy-Weinberg)法则哈迪-温伯格（Hardy-Weinberg）法则是群体遗传中最重要的原理，它解释了繁殖如何影响群体的基因和基因型频率。这个法则是用Hardy,G.H(英国数学家) 和Weinberg，W.（德国医生）两位学者的姓来命名的，他们于同一年（1908年）各自发现了这一法则。他们提出在一个不发生突变、迁移和选择的无限
2014-11-11 17:26:28
34850
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