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RSS订阅原创 NGS 抗体筛选分析 biopanning analysis use seqkit
5’ ccatggct rev agccatgg3’ gcggccgc rev gcggccgccutadapt -g gcggccgc fcrnR0.fa -o fcrn0g.facutadapt -a agccatgg -m 270 fcrn0g.fa -o fcrn0ga.facutadapt -a gcggccgc fcrnR0.fa -o fcrn0a.facutadapt -g ccatggct -m 270 fcrn0a.fa -o fcrn0ag.fa=== Summary ==
2020-07-24 15:23:24
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原创 workLog: 用seqkit快速进行简单的抗体NGS测序数据分析
Starting point抗体Vregion数据双端测序，拼接后有1E7条序列（FLASH拼接，10,760,889），长度在250-490之间。有正向反向序列mix在一起。目的是做一些基本的分析工作，希望拿到的分析结果包括：Total number of sequences#原始seq, clean去头尾翻译之后的可用序列。Unique sequences number#seqkit rmdup dupfileSingle occurrence sequences number#tota
2020-05-13 17:23:26
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原创 workLog: seqkit 安装与使用
处理https://bioinf.shenwei.me/seqkit/安装$ conda install -c bioconda seqkitconda 还真是方便啊……统计了一下上次NGS拼接后截出来的300个seq$ seqkit stats testM300.fafile format type num_seqs sum_len min_len a...
2020-05-12 16:55:09
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原创 workLog:序列的前处理 cutadapt
NGS序列比对前的处理工作除了之前merge，拿QC分数过滤（已经忘了是怎么做的），还有一些其他的处理要做。序列有正反两端，还有不同的3’,5’的尾巴，不处理不足以平民愤。水平太有限了，10E7的序列也不知道怎么统计和比对。反正也是要找相同的序列，用seqkit发现有一个sort功能（sort的规则没看明白），-s 按seq sort，干就完了。seqkit sort -s outM.fa -o sortAll.fa然后split成一百份试试看ho。seqkit split -p 100 so
2020-05-12 16:54:25
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原创 workLog: 抗体注释工具ANARCI安装与使用
合规和保密的原因，序列不能用online工具去处理。故安装本地版的ANARCI做抗体的注释地址：http://opig.stats.ox.ac.uk/webapps/newsabdab/sabpred/anarci/#downloadANARCI导入fasta格式的AA序列，或是贴入单条序列，可以按不同的规则进行annotation。DependenciesPython 2.7+HMME...
2020-05-08 15:45:02
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原创 workLog: Conda的安装 Conda安装pyrosetta
2020.5.7Conda version:Python 3.7 Miniconda Linux 64-bithttps://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh安装路径：/home/bjtjws/miniconda3使用方法：miniconda3/bin/. ./activate参考文章：...
2020-05-08 15:31:23
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原创 待办事项整理，2020.5.8
待办事项整理，2020.5.7Linux 系统Ubuntu 系统学习。重新安装LTS。文件备份学习。怎样快速备份差值。权限管理。有无高级方法？批量管理方法？文件权限，软件权限分配。安全远程登录方案。中文兼容方案win虚拟系统安装，数据管理，资源分配PythonPython 版本管理Virtual env 管理包管理PyrosettaInstall in Linu...
2020-05-08 15:30:07
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fatjar elipse打包插件
2013-03-04
空空如也
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