itwangyang520-CSDN博客

原创 2024-中药网络药理学-教程(全网最牛逼)

我这里研究的是胶质母细胞瘤(GBM)，glioblastoma ，输入进去，然后就会得到对应的数据。然后我们去写代码，写python代码，把上面所有的中药.json转换为_targets.txt的文件。复制好后我们要去，这个网址上去处理json代码：https://www.json.cn/因为这里复制了，有很多基因在一行，需要处理，需要处理到每一行换行，所以这里需要代码操作。然后就会的到一个新的处理好的，Disease.txt文件，这里的文件，是覆盖重写的。然后我们就要开始运行代码，比如说我们要。

2024-04-17 10:46:13 679

原创 2024-生物信息学-CGGA 数据库的分析

CGGA（Chinese Glioma Genome Atlas）是一个包含大量中国胶质瘤患者基因组数据的资源库。它的目的是为研究人员提供一个用户友好的网络应用程序，用于存储和分析超过2000个中国队列中的脑肿瘤数据集。这个数据库包括全外显子测序、DNA甲基化、mRNA测序、mRNA微阵列和microRNA微阵列等多种数据类型。

2024-04-17 10:40:12 963

原创 2024-14.python前端+Django

前端基础总共分为三部分：、和。HTTP协议是Hyper Text Transfer Protocol（超文本传输协议）的缩写,是用于万维网（WWW:World Wide Web ）服务器与本地浏览器之间传输超文本的传送协议。HTTP是一个属于应用层的面向对象的协议，由于其简捷、快速的方式，适用于分布式超媒体信息系统。它于1990年提出，经过几年的使用与发展，得到不断地完善和扩展。HTTP协议工作于客户端-服务端架构为上。浏览器作为HTTP客户端通过URL向HTTP服务端即WEB服务器发送所有请求。Web服务

2024-04-16 11:31:33 757

原创 20024-13.python前端

B/S即：Browser与Server,中文意思：浏览器端与服务器端架构。Browser浏览器，其实也是一种Client客户端，只是这个客户端不需要大家去安装什么应用程序，只需在浏览器上通过HTTP请求服务器端相关的资源（网页资源）即可。HTTP协议是Hyper Text Transfer Protocol（超文本传输协议）的缩写,是用于万维网（WWW:World Wide Web ）服务器与本地浏览器之间传输超文本的传送协议。超文本：超文本就是指“含有指向其他资源链接”内容的文本。大概就是，不仅仅是文字，

2024-04-16 11:30:28 324

原创 2024-12.python高级语法

由于各种原因，比如时间紧，比如人手不足，比如架构缺陷，比如考虑不周等等，没有为函数的调用进行安全认证。正是由于生成器是一个“新”的东西，所以，它一方面没有引起广大工程师的重视，另一方面，也增加了工程师的学习成本，最终导致大家错过了Python中如此有用的一个特性。之前我们说过，不是只使用通用的异常类Exception就万事大吉了，为了效率问题，我们需要对常见的异常信息进行精准的捕获，那么如果异常出现在用户层的话，则就需要对用户操作可能会出现的异常进行判断然后精准捕获了，如何操作呢？想法不错，但事实却没有。

2024-04-16 11:24:04 396

原创 2024-11.python面向对象

比如,某个服务器的配置信息存在在一个文件中,客户端通过AppConfig类来读取配置文件的信息.如果程序的运行的过程中,很多地方都会用到配置文件信息,则就需要创建很多的AppConfig实例,这样就导致内存中有很多AppConfig对象的实例,造成资源的浪费.其实这个时候AppConfig我们希望它只有一份,就可以使用单例模式.上面的调用方式是我们大多数情况下都需要的，但是往往我们也不希望所有的变量和方法能被外部访问，需要针对性地保护某些成员，限制对这些成员的访问。建议只使用类名.类方法的调用方式。

2024-04-16 11:23:19 418

原创 2024-10.python包与模块

在计算机程序的开发过程中，随着程序代码越写越多，在一个文件里代码就会越来越长，越来越不容易维护。为了编写可维护的代码，我们把很多函数分组，分别放到不同的文件里，这样，每个文件包含的代码就相对较少，很多编程语言都采用这种组织代码的方式。而这样的一个py文件在Python中称为模块（Module）。模块是组织代码的更高级形式，大大提高了代码的阅读性和可维护性。解释器内建模块python标准库第三方模块应用程序自定义模块另外，使用模块还可以避免函数名和变量名冲突。

2024-04-16 11:22:09 349

原创 2024-9.python文件操作

为了防止诸如open这一类文件打开方法在操作过程出现异常或错误，或者最后忘了执行close方法，文件非正常关闭等可能导致文件泄露、破坏的问题。write()动作可以多次重复进行，其实都是在内存中的操作，并不会立刻写回硬盘，直到执行close()方法后，才会将所有的写入操作反映到硬盘上。在这过程中，如果想将内存中的修改，立刻保存到硬盘上，可以使用f.flush()方法。使用open()方法操作文件就像把大象塞进冰箱一样，可以分三步走，一是打开文件，二是操作文件，三是关闭文件。文件句柄/文件描述符。

2024-04-16 11:21:32 416

原创 2024-8.python作用域+函数其他

当我们在创建函数时，有些时候，不需要显式地定义函数，直接传入匿名函数更方便。匿名函数用好了，会有画龙点睛的效果，没用好，就容易“画虎不成反类犬”，需要我们在平时的代码过程中，多学、多看、多琢磨。通常而言，在编程语言中，变量的作用域从代码结构形式来看，有块级、函数、类、模块、包等由小到大的级别。但是在Python中，没有块级作用域，也就是类似if语句块、for语句块、while语句块，with上下文管理器等等是不存在作用域概念的，他们等同于普通的语句。通常，函数内部的变量无法被函数外部访问，但内部可以访问；

2024-04-16 11:20:03 270

原创 2024-7.python函数操作

因为最关键的b.append(4)这句代码，它不同于“=”赋值语句，不会创建新的变量，而列表作为可变类型，具有append方法，这个方法只是对列表的一种调用而已。绝大多数函数在定义的时候需要接收一定数量的参数，然后根据实际调用时提供的参数的不同，输出不同的结果。顾名思义，动态参数就是传入的参数的个数是动态的，可以是1个、2个到任意个，还可以是0个。上面例子中的a，b，c就是位置参数，我们在使用add(4, 5, 6)调用时，就是将4的地址传给a，5的传给b，6的传给c的一一对应传递。

2024-04-16 11:19:08 251

原创 2024-6.python流程控制

一组被重复执行的语句称之为循环体，能否继续重复，决定循环的终止条件。同样是正常结束循环时，else子句执行。可以不间断的进行猜数字游戏环节，找到猜对了，结束程序，猜不对，可以不断的进行游戏，并且需要提示用户猜大了还是猜小了。上图中就是一组典型的流程控制操作，很明确的阐述了编程中的因果关系，同一个输入不管执行多少次必然会得到同样的输出结果。 2.每一个用户的初始分数为100，每猜错一次扣5分，最后程序结束，统计用户的得分。1.将序列中的元素两两比较，然后实现将序列中的最大值逐一偏移到序列的末尾位置。

2024-04-16 11:18:14 234

原创 2024-5.python重要数据类型

可变类型：列表，字典，set集合不可变类型：数字类型，布尔类型，字符串，元组，bytes类型。

2024-04-16 11:17:18 296

原创 2024-4.python4基本数据类型

浮点数也就是小数，如1.23，3.14，-9.01，等等。但是对于很大或很小的浮点数，一般用科学计数法表示，把10用e替代，1.23x10^9就是1.23e9，或者12.3e8，0.000012可以写成1.2e-5，等等。对于数学计算，除了前面提到过的简单的加减乘除等等，更多的科学计算需要导入math这个库，它包含了绝大多数我们可能需要的科学计算函数，如下表。字符串属于序列类型，所谓序列，指的是一块可存放多个值的连续内存空间，这些值按一定顺序排列，可通过每个值所在位置的编号（称为索引）访问它们。

2024-04-16 11:16:20 387

原创 2024-3.python运算符和输入输出

print可以接受多个字符串，字符串类型的变量。每个字符串用逗号“,”隔开，连成一串输出。print会依次打印每个字符串，同时，每遇到一个逗号“,”就输出一个空格。input可以获取用户输入，保存成一个字符串。一定要注意，input的返回值是一个字符串类型。哪怕你输入的是个数字1，返回给你的只会是字符串“1”，而不是整数1。print用于将内容格式化显示在标准输出上，主要指的是屏幕显示器。%百分号格式化输出方式。

2024-04-16 09:49:40 302

原创 2024-2.基础操作-Python

在 Python 中，对于类定义、函数定义、流程控制语句、异常处理语句等，行尾的冒号和下一行的缩进，表示下一个代码块的开始，而缩进的结束则表示此代码块的结束。简单地理解，标识符就是一个名字，就好像我们每个人都有属于自己的名字，它的主要作用就是作为变量、函数、类、模块以及其他对象的名称。注释是编写程序时，写程序的人给一个语句、程序段、函数等的解释或提示，能提高程序代码的可读性。我们通过定义变量来申请并命名这样的存储空间，并通过变量的名字来使用这段存储空间。在python中变量就是引用，引用就是变量。

2024-04-16 09:45:17 378

原创 2024-1.Python介绍&环境安装

Python翻译成汉语是蟒蛇的意思，并且Python的logo也是两条缠绕在一起的蟒蛇的样子，然而Python语言和蟒蛇实际上并没有一毛钱关系。Python语言是由荷兰程序员Guido van Rossum，江湖人称“龟叔”，独立开发完成初版的。“龟叔”曾供职于google。1989年圣诞节期间，在阿姆斯特丹，为了打发圣诞节的无趣，决心开发一个新的计算机编程语言，然后他就这么做了，并实现了（大神的能力）。

2024-04-16 09:41:06 1465

原创 2024-中药网络药理学研究的免费数据库、在线平台与软件工具介绍

中药网络药理学要解决的一个核心问题是，如何在疾病相关网络的背景下，评价中药的多成分、多靶点的协同作用。根据中药方剂成分复杂、靶点不清、以全面调节的方式干预复杂疾病的特点，研究者们提出了一些中药网络药理学的研究路线，如图1就是一个典型的中药复方研究的网络药理学路线图。这个路线图包括数据获取和网络分析两大部分。需要获取的数据包括中药方剂的有效活性成分、活性化合物的靶点和疾病相关基因等。基于这些数据，构建和分析疾病相关网络、药物影响网络，识别疾病和药物影响的信号通路和生物学过程，能帮助我们阐明中药方剂的作用机制。

2024-04-16 09:34:04 621

原创 2024-基于人工智能的药物设计方法研究-AIDD

*图 2. ADMETlab 2.0的预测结果展示页面。

2024-04-10 15:06:51 339

原创 2024- python -externally-managed-environment如何解决

install.

2024-03-31 10:55:26 317

原创 2024-在 macOS 上禁用 Gatekeeper

Gatekeeper 是 macOS 操作系统的一项安全功能。它验证只有受信任的软件才能在您的 Mac 上运行。如果正在启动的软件已更改，用户将收到有关损坏的消息…如果不禁用 Gatekeeper 功能或绕过隔离功能（通常该过程称为 Dequarantine 或 de-quarantine），就不可能启动损坏的应用程序。

2024-03-30 16:26:07 652

原创 2024-Python-在做科研的时候遇见word里面的很多图片删除不了，那么我应该如何用程序操作呢

【代码】2024-Python-在做科研的时候遇见word里面的很多图片删除不了，那么我应该如何用程序操作呢。

2024-02-06 22:54:41 384

原创 2024-macOS系统或Kail系统重——破解ZIP压缩的文件密码

【代码】2024-macOS系统或Kail系统重——破解ZIP压缩的文件密码。

2024-01-27 19:15:36 812 1

原创 2024-人工智能-mnist.load_data直接这么写报错的问题

【代码】2024-人工智能-mnist.load_data直接这么写报错的问题。

2024-01-25 11:20:28 429

原创 2024-人工智能-关于mlp.predict_classes失效报错的问题-如何修改

【代码】2024-人工智能-关于mlp.predict_classes失效报错的问题-如何修改。

2024-01-25 11:13:09 633

原创 2024-python画图永久解决 matplotlib 中文乱码

不多说了吧，大家肯定是自己安装了python，这些环境了，毕竟都知道乱码了，所有此处省略1万字，如果这些前期不会的，就不要来找我了，自己解决，我拒绝回答。

2024-01-05 11:35:41 447

原创 2024-AI人工智能学习-安装了pip install pydot但是还是报错

但是我明明安装了，但是还是报错了。所以大家不要慌，不要心急，稳住！！！！！！

2023-12-24 23:04:27 652

原创 2023-macOS下安装anaconda，终端自动会出现(base)字样，如何取消

安装后，我们再打开终端，就会自动出现了（base）就会出现这样子的，让人头大，所以我们要解决它具体原因是安装了anaconda后，每次启动终端都会启动anaconda的base环境。原因：安装conda后，每次启动终端，都会自动启动conda的base环境，conda的环境可以用 conda env list 查看只要设置conda不要自动启动base环境就可以了。

2023-11-01 15:40:18 1655

原创 2023-在mac下安装Homebrew的国内镜像

通常情况下，如果您计划使用 Homebrew 安装命令行工具和桌面应用程序，您应该至少选择 “Y” 来克隆 Core 和 Cask 仓库。如果您计划使用 Homebrew Cask 来安装桌面应用程序（如浏览器、文本编辑器等），则需要选择 “Y” 来克隆 Cask 仓库。在 Homebrew 安装过程中，您看到的信息是提示您是否要继续克隆 Homebrew 仓库的子模块。如果您想安装和使用 Homebrew 提供的软件包，通常需要选择 “Y” 来克隆 Core 仓库。

2023-10-30 18:35:21 2743

原创 2023-如何退出Anaconda环境

【代码】2023-如何退出Anaconda环境。

2023-10-22 15:28:03 2085

原创 2023-python pdf转换为PPT代码

CADD(Computer Aided Drug Design):计算机辅助药物设计，依据生物化学、酶学、分子生物学以及遗传学等生命科学的研究成果，针对这些基础研究中所揭示的包括酶、受体、离子通道及核酸等潜在的药物设计靶点，并参考其它类源性配体或天然产物的化学结构特征，以计算机化学为基础，通过计算机的模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的相互作用，考察药物与靶点的结构互补、性质互补等，设计出合理的药物分子。基于代谢组学的高性价比特性，它被药学领域的研究者给予了厚望，有望加速新药开发的进程。

2023-10-22 10:56:14 905

原创 2023-CADD、AIDD/分子对接、gromacs分子动力学全程实操、代谢组学

CADD(Computer Aided Drug Design):计算机辅助药物设计，依据生物化学、酶学、分子生物学以及遗传学等生命科学的研究成果，针对这些基础研究中所揭示的包括酶、受体、离子通道及核酸等潜在的药物设计靶点，并参考其它类源性配体或天然产物的化学结构特征，以计算机化学为基础，通过计算机的模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的相互作用，考察药物与靶点的结构互补、性质互补等，设计出合理的药物分子。基于代谢组学的高性价比特性，它被药学领域的研究者给予了厚望，有望加速新药开发的进程。

2023-10-03 10:59:34 299

原创 2023-mac-git-xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools)

您可能会收到一条错误信息 “无法安装软件，因为软件更新服务器当前无法提供该软件”。在这种情况下，xcode-select --reset 可以像 akozin 指出的那样工作。作为后续步骤，如果您有多个版本或希望在没有 Xcode 的情况下运行命令行工具，您可能需要重新设置 Xcode 的路径。您不需要 Xcode，只需在此处安装命令行工具，它大约有 130 MB（Xcode v14.1 时为 600 MB）。这将弹出一个对话框，选择 “安装”，它将下载并安装命令行工具包并修复问题。

2023-09-13 16:55:02 384

原创 2023- itwangyang - mac mysql 终端启动命令

执行该命令后，会出现一些提示信息，等待一段时间后mysql服务就启动成功了。接下来，可以使用以下命令进入mysql终端：其中，-u代表用户名，-p代表询问密码。这条命令执行后，会要求输入密码，正确输入密码后就可以进入mysql终端进行操作了。需要注意的是，在退出mysql终端时，应该使用以下命令：使用该命令退出mysql终端后，mysql服务仍然在运行。如果想要停止mysql服务，可以执行以下命令：以上就是关于mac mysql终端启动命令的介绍，希望本文能帮助大家更好地进行mys

2023-07-11 11:45:57 598