hdpai2018的博客

原创 Science 推出的125个科学难题

1.宇宙由什么构成?2.意识的生物学基础是什么?3.为什么人类基因会如此之少?4.遗传变异与人类健康的相关程度如何?5.物理定律能否统一?6.人类寿命到底可以延长多久?7.是什么控制着器官再生?8.皮肤细胞如何成为神经细胞?9.单个体细胞怎样成为整株植物?10.地球内部如何运行?11.地球人类在宇宙中是否独一无二?12.地球生命在何处产生、如何产生?13.什么决定了物种的多样性?14.什么基因的改变造就了独特的人类?15.记忆如何存储和恢复?16.人类合作行为如何发展?17.

原创 2020国家基金申请感悟

个人经验，有以下三点和大家分享。第一，选题的创新是最重要的。基金本子最本质、最重要的就是创新性。日常，大家都是忙忙碌碌，但是否做到勤于思考却不得而知了。只要没有脱离科研一线，平时多看文献，及时跟进当前研究进展，勤于思考，善于琢磨，相信选题会有一定的创新。总之，千万不要让忙碌湮没了思考！第二，基金的写作非常关键。连续几年撰写基金本子，我越来越意识到写作的重要性。能否将自己的想法表达清楚、拔高，逻辑上是否环环相扣，什么内容该写进本子，什么内容不能写……不是面面俱到，而是要恰到好处，真心考验写作功力。比如，这

原创 药物化学期刊2020影响因子

位居榜首的是NATURAL PRODUCT REPORTS和MEDICINAL RESEARCH REVIEWS，影响因子分别为12和9.3，JMC影响因子稳如磐石，仍为6.2，EJMC影响因子涨幅较大，为5.57，即将赶超JMC。前五名的还有EXPERT OPINION ON THERAPEUTIC PATENTS，其影响因子为6.611。ACS Medicinal Chemistry Letters、JOURNAL OF NATURAL PRODUCTS等ACS期刊影响因子较为稳定。.

原创 COMSOL Multiphysics后处理之数据集

1、数据集(Data Sets)就是数据的集合，也就是计算结果数据存储的地方，它也应该被理解为一种“源”，比如我们创建了一个绘图组，我们必须给该绘图组指派数据源，否则无法绘图。数据集有维度，比如面域上的数据就是2D数据集，体域上的数据就是3D数据集2、创建派生值，我们可以对数据集中的数据进行二次处理，比如在域内寻找物理量的最大/最小值，再比如在域内对物理量进行积分，如果在域内对常数1积分，那么就得到域的体积（或面积、长度）。派生值的计算结果会被存储在表格节点中，在绘图组中以表格为数据源即可展示结果。3、

原创 重磅！地球科学类最新SCI期刊影响因子2020

原创 重磅！最新环境领域SCI期刊影响因子2020

一、环境科学领域二、环境工程领域三、其他热门期刊

原创 重磅！最新光学类SCI影响因子2020

一、光学类二、光学综合类

原创 如何使用 COMSOL 进行电热分析？

一、电磁损耗的热源有多种类型。我们可以使用 COMSOL软件的内置功能计算所有的电磁热源（准静态或高频状态）；软件中预定义的接口包括焦耳热，感应加热，微波加热 和激光加热。1、焦耳热多物理接口耦合了固体传热 与电流 接口（AC/DC 模块）。它考虑了由传导电流和介电损耗产生的热量。使用 焦耳热接口模拟电阻装置。2、感应加热多物理接口耦合了固体传热与磁场接口（AC/DC 模块）。它考虑了由感应电流和磁损耗产生的热量。3、微波加热多物理接口耦合了固体传热 与电磁波，频域 接口（RF模块）。它考虑了高

原创 如何使用 COMSOL中的材料库

COMSOL软件及其大多数附加模块均有内置材料库，这些材料库包含材料及相关材料特性数据。自 5.5 版本开始，COMSOL 软件中还增加了一个附加产品-材料库，包含多达 24 种材料属性，可以模拟 3800 多种材料。所有这些属性均带有参考信息。几乎所有的材料属性都可以定义为温度T的函数，我们可以将传热仿真中的温度场仿真结果作为此函数的输入值。材料属性包括：导热系数、热膨胀系数、恒压热容、电导率、密度、杨氏模量、泊松比、屈服应力和硬化曲线、动态黏度；注意：特定材料的材料属性取决于材料的类型。材料库中

原创 COMSOL有关算符和语法总结

一、导数、微分1、比如某变量称为u，那么在COMSOL中ux就代表对u对x求导，即du/dx。2、当然COMSOL也提供了微分算子，比如d，使用d(u,x)可以达到与上述ux一样的效果。3、因为COMSOL自带的一个方程只是对某些变量求微分，当我们需要对自己想要求微分的变量进行操作时，使用d(函数，因变量)就可以实现了。4、还有一种是pd，使用pd(u,x)计算出的结果和上述ux就不一样了，这里pd虽然也是求导，但链式法则不再适用；举个例子：u+x, 其中u是x的函数。使用d(u+x, x),

原创 comsol中怎么设置动网格？

一、在 COMSOL 中提供了两种变形网格形式可供选择，分别是动网格 (ale) 和变形几何 (dg)；这两者的使用方法完全一样，只是适用场景略有不同：1）当我们希望明确定义材料在域中每点处的应变时，应使用移动网格接口。它特别适用于模拟固体域的形变可以完全确定的情况。体积的变化说明材料被拉伸或压缩，但总质量保持不变。2）当只需定义域边界处的形状时，可以使用变形几何接口。它最适合模拟流体域。域总体积的变化说明了模型质量的增加或减少。这里以动网格为例来进行介绍，首先我们需要在模型开发器中添加动网格物理场，依

原创 COMSOL仿真你遇到过哪些“莫名其妙”的报错？

COMSOL仿真你遇到过哪些“莫名其妙”的报错？很多用户最头疼的莫过于在自己的建模过程中遇到各种各样的，“莫名其妙”的错误；那么如何快速找出并分析排除模型中的错误，以及如何快速实现收敛。本文结合实践经验，指出几点分析报错的要点供大家参考。一、 我们可以把报错信息分为2种： 1、报错信息中给出了具体出错信息 1.1 根据报错提示，若材料有问题，那就查看材料设置；例如：在模块中对应的材料位置，选择了“来自材料”选项，而没有给相应的域或边界设定材料。 1.2 若网格有

原创 Solidworks进行三维建模并导入到ANSYS中的一些研究

采用三维CAD软件软件进行模型的建立，并导入到ANSYS中进行分析，已经成为了一种非常流行的方法，如何能够准确，快速的进行模型的导入一直是人们关注的问题，本文介绍了采用Solidworks软件进行三维建模并导入到ANSYS中的一些研究。ANSYS软件是一个功能强大的结构设计分析和结构优化软件包，具有多物理场藕合的功能，允许在同一模型上进行各种各样的荆合计算，如热结构藕合，磁结构藕合，流体热祸合等，可以用于进行结构的静力分析、动力分析、结构的高度非线性分析、电磁分析、计算流体动力学分析、设计优化、弹性接触分

原创 三大有限元分析软件（ABAQUS、ANSYS、MSC）的优缺点是什么？应如何选择？

1.Abaqus是达索公司旗下的软件。法国达索公司很出名，这就不需要多说啦，航空及汽车行业的同学应该都知道。旗下还有Isight、Tosca、FE-SAFE、Simpoe-Mold、Simpack等软件。这几款软件基本都是靠收购收进来的。最出名的是Abaqus，被达索收购后发展很快，特别是开发了更加易用的前处理模块后。 Abaqus非线性能力是行业翘楚的。相比较其他有限元软件，进入中国进行市场推广较晚，所以目前更多的在于教育市场的普及，后续可能迎来爆发。Abaqus基本每个版本都有汉化版，英语不自信的同学，

原创 分子动力学模拟方法-从入门到发文章 之 背景介绍

盆友们，“21世纪的科学已经不再是实验与理论平分秋色，而是实验、模拟、理论三分天下，模拟是联系理论与实验的纽带，在解释实验现象，预测理论结果中起着关键作用，对于研究分子的学科，无论从事哪个领域的研究，理解并实践分子模拟都够增强你对新问题的分析力和洞察力分子动力学模拟是分子模拟中最接近实验条件的模拟方法，能够从原子层面给出体系的微观演变过程，直观的展示实验现象发生的机理与规律，促使我们的研究向着更高效，更经济，更有预见性的方向发展，因此，分子动力学模拟在生物，药学，化学，材料科学的研究中发挥着越来越重要的作

原创 自由能计算，PMF，伞形抽样，WHAM

分子模拟计算某一过程的自由能被称分子模拟领域的4大难题之一。大概因为自由能的概念比较令人困惑。下面侃侃我的理解，大家拍砖。。要说自由能，先说它和它兄弟“能量”的差别。做过模拟都知道，一个被模拟的体系，不论是NPT,还是NVT，它有总能量，这就是内能。内能分为动能和势能两项，势能项还能分解成很多子项，键能，非键作用能，等等，一清二楚的；模拟是否平衡，总能量是否守恒，Plot一下总能，一清二楚的。可是什么是自由能？自由能是物理化学上讲的，不过教材上用一堆数学公式把物理意义包裹的严严实实的，让人不容易看清它的

原创 MATLAB-Robotics工具箱----坐标变换和轨迹规划

在理解关节机器人运动学原理的基础上用MATLAB开始做机器人的运动学仿真1.关节参数要在MATLAB建立机器人对象，首先要了解D-H参数，利用工具箱的LINK和ROBOT函数建立对象。LINK函数CONVENTION： 选取standard和modified，其中standard代表标准D-H参数，modified代表改进D-H参数alpha： 扭转角A： 连杆长度theta： 关节角D： 横距sigma： 关节类型（选取0或者非0值）LINK的数据结构robot函数:2.坐标变换利用工具

原创 Matlab机器人工具箱机械手建模

根据上述机械手各关节的D-H参数，利用工具箱中的Link函数创建机械手各连杆；然后利用SerialLink函数把独立的关节组合起来创建机器人对象。Link函数的调用格式为：L（i）=Link( [theta，D，A，alpha，sigma]，‘convention’)其参数与D-H参数相对应，前四个参数依次表示：参数‘theta’代表关节角，参数‘D’代表横距，参数‘A’代表杆件长度，参数‘alpha’代表扭转角，参数‘sigma’代表关节类型：0代表旋转关节，非0代表移动关节，默认值为0。参数 ‘co

原创 ABAQUS复合材料建模技术与应用,超全！

随着计算机技术和计算方法的发展，有限元法在复合材料部件的工程设计和科研领域得到了越来越广泛的重视和应用，从航空航天、交通运输到能源环境等几乎所有的设计制造都已离不开有限元分析计算。ABAQUS 是一套功能强大的有限元软件，被广泛地认为是功能最强的有限元软件，可以分析复杂的复合材料力学结构系统。登录官网查看更多最新课程！http://www.hdpaii.com/...

原创 卷积神经网络在自然语言处理的应用

什么是卷积神经网络？现在你明白了什么是卷积运算了吧。那CNNs又是什么呢？CNNs本质上就是多层卷积运算，外加对每层的输出用非线性激活函数做转换，比如用ReLU和tanh。在传统的前馈神经网络中，我们把每个输入神经元与下一层的输出神经元相连接。这种方式也被称作是全连接层，或者仿射层。在CNNs中我们不这样做，而是用输入层的卷积结果来计算输出。这相当于是局部连接，每块局部的输入区域与输出的一个神经元相连接。对每一层应用不同的滤波器，往往是如上图所示成百上千个，然后汇总它们的结果。这里也涉及到池化层（降采样）

原创 深度学习研究及其在生物医药领域的潜在应用

深度学习已经在各种生物学应用中取得成功。在本节中，我们回顾了在各个研究领域进行深度学习的挑战和机会，并在可能的情况下回顾将深度学习应用于这些问题的研究（表1）。我们首先回顾了生物标志物开发的重要领域，包括基因组学，转录组学，蛋白质组学，结构生物学和化学。然后，我们回顾一下药物发现和再利用的前景，包括使用多平台数据。生物标志物生物医学的一个重要任务是将生物学数据转化为反映表型和物理状态（如疾病）的有效生物标志物。生物标志物对于评估临床试验结果[18]以及检测和监测疾病，特别是像癌症这样的异质性疾病，是至关重

原创 COMSOL求解常微分方程

COMSOL Multiphysics多物理场仿真软件也提供了求救常微分方程（ODE）和偏微分方程（PDE）的接口,下面详细介绍一下。（1）建立模型，选择模型向导–>零维–>数学–>全局常微分和微分代数方程(ge)，选择研究，选择瞬态，点击完成（2）在组件下面可以看到刚刚添加的全局常微分和微分代数方程(ge)，在右边栏，全局方程那里输入需要求解的函数。以上图电路实例来说，现有RLC串联电路，假设R、L、C的参数都为1,电容电压：uC(t)uC(t)，电容电流：i(t)i(t)，电感电

原创 分子对接软件大比拼

文献报道过的或者没报道过的分子对接软件有很多，很多最初都是由实验室开发，免费发布。当软件很完善，没有什么缺陷时，可能会被专门的商业软件公司购买，就变成了某个大型软件包中的模块。其实不止分子对接软件，其他还有药效团软件、定量构效关系软件、数据库筛选软件等，都是这样的发展历程。不过，其中还是有一些实验室，在商品化大潮的影响下屹立不倒，依旧免费给我们提供免费的强大的软件，甚至是源代码（source code）。很多软件我手中都有，如果那位朋友想要，可以给我发邮件。当然，要在版权要求的范围内使用。1、这里首先

原创 药物设计常用方法分子对接方法

一：概述分子对接是指两个或多个分子通过几何匹配和能量匹配相互识别的过程，在药物设计中有十分重要的意义。药物分子在产生药效的过程中，需要与靶酶相互结合，这就要求两个分子要充分接近并采取合适的取向以使二者在必要的部位相互契合，发生相互作用，继而通过适当的构象调整，得到一个稳定的复合物构象。通过分子对接确定复合物中两个分子正确的相对位置和取向，研究两个分子的构象特别是底物构象在形成复合物过程的变化是确定药物作用机制，设计新药的基础。分子对接计算把配体分子放在受体活性位点的位置，然后按照几何互补、能量互补以及化

原创 高性能计算专业应用软件大观

谈到高性能计算，很多人都会想到那些每秒可以运行百万亿次、千万亿次计算的超级计算机，如最近炒得很火爆的“天河一号”、“曙光6000“等，但很少有人会想到上面跑的软件。其实，硬件只是基础，只是提供了平台和资源，真正发挥作用的还得依靠软件。一直以来，国内“重硬轻软”的现象非常严重，每当有一代新的超级计算机研制成功，从厂商到媒体到政府，都会进行铺天盖地的宣传。　　但对于应用单位来说，跟自己关系更加密切的却是“软件”，是“应用”。就在上个月举行的全国高性能计算学术年会上，我们对250多位来自全国各地的高性能计算中心

原创 Matlab-python-ABAQUS数据交互及联合使用

在Matlab可以方便地实现各种优化算法，ABAQUS可以方便地进行有限元建模及求解，有时候两者结合可以更方便做一些自己想做的事，例如通过遗传算法，神经网络等算法进行参数反演，确定本构模型的参数。ABAQUS/CAE的内核语言是Python，通过Python可以方便地读取ABAQUS的结果数据库odb的数据。这里介绍一些关于如何进行三者的交互，编写交互的方法与经验。关于ABAQUS中odb的数据结构这里就不多说，参考相关书籍。通过matlab提交inp文件给ABAQUS计算可以在matlab里面直接通过系

转载 【材料计算】第一性原理、密度泛函理论、从头算之间的关系

首先，第一原理是firstprinciple，不是从头算（ab initio），不是DFT。分子模拟有两个层面的东西要讨论，就是当使用了BO近似后，怎么分别处理电子和离子实。处理电子：当用量子力学处理电子的时候就是第一原理方法，密度泛函是一种、半经验也是、HF也是，等等。当我们不想管电子的细节的时候，就直接用势函数描述电子的效果，就是分子力学的方法。而第一原理中的HF系列是不用任何实验拟和结...

转载 一些计算软件介绍

ABINIT http://www.abinit.org/ABINIT的主程序使用赝势和平面波, 用密度泛函理论计算总能量, 电荷密度, 分子和周期性固体的电子结构, 进行几何优化和分子动力学模拟, 用TDDFT(对分子)或GW近似(多体微扰理论)计算激发态. 此外还提供了大量的工具程序. 程序的基组库包括了元素周期表1-109号所有元素. ABINIT适于固体物理, 材料科学, 化学和材料工...

原创 AutoDock4和AutoDockTools4：具有选择性接收器灵活性的自动对接

自动对接已广泛用于结构/功能分析和分子设计中的生物分子复合物的预测。提供了数十种有效方法，在分子表示，能量评估和构象采样中采用了不同的权衡取舍，从而以合理的计算量提供了预测。 AUTODOCK结合了经验自由能力场与拉马克遗传算法，提供与关联的预测自由能结合构象的快速预测。在我们手中，AutoDock3已被证明对我们研究的大约一半复合物有效。其余的一半在结合时显示受体的显着运动，因此需要在受体中进...

原创 一篇关于comsol技术剖析的超强干货

COMSOL超强干货技术剖析–戳进来！COMSOL Multiphysics作为有限元仿真软件在两个及多个物理场耦合分析方面展现出其独到的优势，目前被广泛应用于科研和产品设计研发领域；现给大家分享一下我的学习心得。Ⅰ分会场主题 COMSOL Multiphysics 基础培训培训目标 主要讲解comsol的应用领域及基础操作技巧通过结合理论讲解和案例分析，帮助学员深入了解如何通过 COMSO...

原创 分子动力学及第一性原理计算

1. “LAMMPS分子动力学模拟技术与应用”培训班          大纲请联系招生处2019年3月14日——3月17日    北京2. “第一性原理计算方法及应用” 培训班                  大纲请联系招生处2019年3月14日——3月17日    北京 此通知长期有效，最新培训会议信息可关注官方网站srit.ac.cn或者www.hdpaii.com也可加入全国...

原创 分子动力学模拟 心得 适合新手！！！

分子动力学模拟 心得 适合新手1.看完《分子模拟从算法到应用》那本书的第四章，不用全看完，但是至少要对分子动力学模拟过程有一个了解。2.试着按照书的过程做个Ar的NVE，其实Ar和离子晶体以及其它的任何材料的差别仅仅是势函数的问题，虽然由势函数带来了一些问题，但是这些都不是本质问题。3.从初始化的原子数，原子位置，初始速度，时间步长，初始温度等等这些初始化结束了以后，选择一个简单的积分算法，...

转载 【材料课堂】材料科学基础108个重要知识点！（建议收藏）

考研复习的同学们，为你们再次送上这篇材料科学基础知识要点汇总，108个重要知识点，这是我们材料学科的一百单八天罡地煞！1.晶体–原子按一定方式在三维空间内周期性地规则重复排列，有固定熔点、各向异性。2.中间相–两组元A 和B 组成合金时，除了形成以A 为基或以B 为基的固溶体外，还可能形成晶体结构与A，B 两组元均不相同的新相。由于它们在二元相图上的位置总是位于中间，故通常把这些相称为中间相。...

原创 LAMMPS分子动力学技术与应用 qq 85329991

北京软研国际信息技术研究院推出分子动力学系列-“LAMMPS分子动力学技术与应用”专题交流研讨会议。

原创 根特大学分子模拟中心MD新作！

更具体地说，图中显示了各自阳离子与模拟中其余物种（即水、硅、阳离子本身以及硅酸盐单体中的质子化氧原子和去质子化氧原子）之间的径向分布函数。根据碱阳离子的类型及其浓度，评估了四种不同HSIL（Na-HSIL、K-HSIL、Rb-HSIL和Cs-HSIL）的电导率和液体结构。本研究提出了HSIL的详细分子模型，HSIL是最近提出的一种沸石生长液，它消除了了解沸石成核和生长的许多实验障碍。水溶液体系的特征是电导率随着阳离子浓度的增加而增加，而离子液体体系的特征是电导率随着阳离子浓度的增加而降低。

原创 IF=15.9 | 西安交大团队最新COMSOL研究

优化后的MnO2@CNTs阴极在0.1Ag-1的条件下显示出256.35mAhg-1的高容量和优异的循环稳定性。电沉积40分钟后，MnO2呈现花球状，花瓣由多个片状结构组成，相互重叠，并有许多纳米孔，这为MnO2的体积膨胀和放电过程中的电子/离子传输提供了大量空间。除碳峰外MnO2@CNTs的特征峰与纯净的ε-MnO2相非常吻合，这表明CC中顺利地负载了ε-MnO2而没有其他杂质。CC中的初始碳纤维表面光滑，无法为MnO2的负载提供足够的表面积，而且还会降低CC与MnO2之间的界面强度。

原创 三天前！国人团队又用COMSOL跑模拟了

为研究不同赋存条件下的有效抽采半径，建立如图2所示的几何模型，长30m，宽25.4m，煤体厚度为5.4m。研究了非均匀瓦斯赋存条件下有效半径的演化规律，得到了有效半径与钻孔间距的关系，可为非均匀瓦斯赋存条件下钻孔间距的选择提供参考。不仅瓦斯抽采流量峰值增大，而且其出现的时间也有所延迟。为了解决瓦斯赋存不均匀时钻孔布置的盲目性以及忽略钻孔周围的塑性破坏会低估瓦斯产量的问题，研究者建立了考虑塑性破坏的气固耦合模型。然而，对于煤层瓦斯赋存不均匀条件下，考虑钻孔周围塑性破坏的钻孔有效抽采半径和钻孔间距的研究较少。

原创 武汉大学团队新作！MD模拟+DFT计算

作为概念的证明，研究者展示了该膜在稳定处理含有144mgL-1表面活性剂、1gL-1矿物油和192gL-1NaCl的合成废水中的应用，显示了其在解决高盐水处理挑战方面的潜力。在传统的膜蒸馏中，液/汽界面处弯月面的拉普拉斯压力阻止了液体渗入疏水膜（图1），而这个拉普拉斯压力的大小由液体的孔径和表面张力决定。为了了解表面活性剂诱导的润湿在水凝胶中是如何被抑制的，研究者进行了DFT计算和MD模拟来研究表面活性剂在水凝胶中的行为。在表面活性剂存在下，膜的突破压力达到20bar，超过商业疏水膜一到两个数量级。

原创 一次复合材料的分子动力学模拟（IF=5.2）

通过改变体系中PMMA链的总数从最小的296到最大的2882，以及方形纳米粘土的边长L从4.6到14.8 nm，分别实现了不同粘土重量百分比和粘土尺寸的PCN模型的构建。为了研究添加纳米粘土层对聚合物体系中不同尺寸位置的PCNs的动态不均匀性的影响，研究者探索了固定温度（T=300K）下PCNs的局部刚度的三维彩色图，如图5所示。为了进行公平的比较，所有的图形都保持了一致的颜色尺度，从绿色到红色，表明该区域的粒子从较高的迁移率或相应较低的分子刚度转向较低的迁移率或相应较高的分子刚度。

转载 COMSOL这几种常见的数据处理，你都会吗？

COMSOL数据处理