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原创 MR image smoothing or filtering 既 FWHM与sigma之间的换算关系 fslmaths -s参数
大量的文献中都使用FWHM 作为单位,描述对MR等数据的平滑(smoothing)或者滤波(filtering)过程。FWHM 通常是指full width at half maximum的缩写,然而,在当前不少的MR处理工具中,提供的参数是高斯滤波核中的sigma,i.e.σ。σ那么数据就会过平滑,造成错误。
2024-01-24 11:35:59 1058
原创 NAS使用的一些常见命令 ssh sftp 上传 下载 配置qBittorrent | ALL in one
如果要保留当前的文件信息,如(修改时间、访问时间等),在加上-p标志。将sftp服务器上文件夹下载到本地当前目录下。将sftp服务器上文件下载到本地当前目录下。将本机上文件夹上传到远程服务器上当前目录下。将本机上文件上传到远程服务器上当前目录下。等,本机操作,前缀为l。
2024-01-09 14:22:14 752
原创 TeX capacity exceeded, sorry [main memory size=* ] TIKZ绘图内存太大,增加mem解决方案
usr/local/texlive/2023/texmf-dist/web2c 修改。D:\MiKTeX\miktex\config 修改。
2024-01-05 11:13:04 625
原创 CMakeTmp/testCXXCompiler.cxx:4:21::/tmp/*** No space left on device
CMAKE 编译 No space left on device
2023-10-24 13:15:24 246
原创 transformconvert: [ERROR] invalid first line (expected “#Insight Transform File V1.0“)
仿射变换矩阵从ANTs格式转成MRtrix3格式
2023-09-01 11:22:34 80
原创 在Matlab中,扩展最大为12个可用的logic cores的方法;To terminate the existing session, use ‘delete(gcp(‘nocreate‘))
在matlab中默认是只能使用12个cores,然而有时候我们的Linux服务器cpu核心数可能远远大于12,默认使用parfor的话,只能开启12 logical cores,而如果应选择72个cores的话,就会报错,
2023-08-19 00:14:17 236
原创 M1 Mac使用Mrivew 显示神经纤维
由于苹果🍎把GLSL geometry shaders 改成了Metal API,所以无法以默认的mrview神经纤维显示参数启动。要解决,首先要打开~/.mrtrix.conf。改成下面的参数:Lines。
2023-08-14 19:59:20 47
原创 LLaMA 70B Mac部署使用,解决 wrong shape; expected 8192 x 8192 小bug
mac在关闭显示器的时候,总是会自动进入睡眠,这样在下载大模型的时候,网络一中断,就无法继续下载。通过显示器-显示器能耗设置-能耗(显示器关闭时,防止自动进入睡眠),就可以防止系统睡掉。
2023-08-01 16:06:09 419
原创 纯小白安装和使用CodeWhisperer,解决Unable to connect to AWS错误
CodeWhisperer可以插入Pycharm、VS-codes等IDE工具,辅助写代码。由于对于AWS亚马逊的生态一无所知,看别人的安装视频时常一头雾水,不知所云。例如知乎给出的帖子,已经很详细了,https://zhuanlan.zhihu.com/p/632593176,但还是对里面的概念不了解,CodeWhisperer的功能也无法正常使用。
2023-07-12 15:28:58 2273 10
原创 DIPY - Bundle-based Analysis,AFQ和BUAN,更新ing
大脑白质分析,神经纤维束分割,比较等,碎碎念,流水账记录。
2023-07-09 20:50:28 161
原创 MacBook M1 32G配置大语言模型
🍀 For MacOS with Arm-based M1/2 Chips,部署大语言模型,跳坑有心得。ImportError: cannot import name '_itree' from partially initialized module 'itree' mach-o file, but is an incompatible architecture (have (x86_64), need (arm64e))
2023-07-08 23:15:24 761
原创 EPI distortion correction形变矫正, eddy, fieldmap等五种不同方法
diffusion/functional MRI data preprocessing
2023-05-01 20:22:15 1054 4
原创 安装 AFQ以及babyAFQ,24小时趟坑记录(SLURM集群部署坑已填-2023-5-9)
白质神经纤维束分割工具AFQ/babyAFQ趟坑,1).dylib not found error;2)command not found error.
2023-04-30 14:23:31 430
原创 ssh:连接到主机bitbucket.org端口22:连接超时
ssh: connect to host bitbucket.org port 22: Connection timed outfatal: Could not read from remote repository.
2023-01-05 17:28:39 762
原创 Nvidia A100-SXM4-80GB 上跑niftynet使用tensorflow1.15踩坑
A100-80G 上跑tensorflow 1.15的niftynet
2022-12-12 00:27:06 788
原创 安装tensorflow-metal 巨慢然后报错 ReadTimeoutError: HTTPSConnectionPool
MBP 安装tensorflow-metal巨慢
2022-04-24 00:00:11 320
原创 Failed environment install leads to “unable to create process using“ error
conda 意外错误 unable to create process
2021-12-21 18:36:18 948
原创 Tensorflow 图学习 模型保存,导入,再训练,再保存。
入坑了tensorflow,使用图学习模型做无监督特征提取。主要是使用graph autoencoder(GAE) 提特征,然后做分类。因为已经有了经过预训练的网络,就想要使用预训练的网络权值做初始化,然后利用新的数据集重新训练网络。自己花了五天,踩了挺多莫名奇妙的坑,看到网上的教程很多,但是还没有一个是我这样的需求,就记录一下,分享下 踩坑经验。总结了一下,大概有这么三个命令十分关键,大部分的问题都来自这三个命令。 1. saver = tf.train.Saver() # tf.trainable
2021-12-09 14:51:33 585
原创 AttributeError: module ‘matplotlib.cbook‘ has no attribute ‘is_string_like‘
在使用matplotlib包画Networkx生成的networks时,会报 AttributeError: module 'matplotlib.cbook' has no attribute 'is_string_like' 这样的错误。不少的帖子都说将matplotlib版本降低,然而这样就无法使用3d的layout。pip install matplotlib==2.2.3.而实际上,这个问题是由于matplotlib的版本和Networkx不匹配而产生的。都使用最新的版本就没问题了。参考
2021-11-12 18:38:23 2644 1
原创 FSL 报错 module not found error, no module named “dicom.values“
FSL bug correction
2021-10-06 18:15:53 506
原创 FileZilla CentOS linux timed out
FileZilla CentOS linux timed outFileZilla 是一款可以在linux平台下使用的GUI ftp sftp工具,可以非常方便的用来同服务器上传下载数据。安装也非常方便,使用yum官方安装即可。yum -y install epel-release yum -y install filezilla装上之后折腾了一大圈,修改sshd文件,关防火墙,可怎么都连不上,就差重装系统了。Error: Connection timed outError: Could
2021-08-09 10:35:21 123
原创 CentOS安装Phantomas做dMRI仿真数据实验
CentOS安装Phantomas做dMRI仿真数据实验Phantomas 简介Phantomas 简介Phantomas是一个用来仿真dMRI数据的基于python的软件包,http://www.emmanuelcaruyer.com/phantomas.php,官方给出了github源码的链接https://github.com/ecaruyer/phantomas。但是安装的步骤流程都是基于Ubuntu系统,还有不少同学使用的是CentOS。本文将基于我安装的经验,给出CentOS安装Phanto
2021-06-16 22:30:18 165
原创 suma: error while loading shared libraries: libGLw.so.1: cannot open shared object file: No such
在 FSL虚拟机 CentOS linux系统中安装ANFI包,期望Resample DTI和fMRI数据。首先,按照官方按照教程step-by-step安装软件,直到suma -update_env一步一切都正常。但suma回车之后报错(base) [fsluser@fsl ~]$ suma -update_envbash: suma: command not found...Similar command is: 'sum'这里报错的原因是漏掉了教程中,更新环境变量一步。这里稍稍吐槽一下自己
2021-01-07 13:36:20 869
原创 跳坑有心得,Happy research! Win10 + GTX 2080Ti + tensorflow-gpu-1.14.0 安装; timestamp=2019-10-3
背景从2018年末到现在,大半年时间里,我曾在win10平台上成功配置成功过Caffe, Pytorch, Tensorflow等深度学习平台 (Plus mac 上的Theano)。虽然过程十分繁琐和辛酸,但最终的结果也都算是成功了,自认为还是不怵配置环境的。好哎ver,这次配置又花了三天以上的时间。时间就是金钱,感觉浪费的不是时间,是满满的钱。(os: 谁说时间无价的?)原来自己电脑的平台...
2019-10-03 13:47:06 568
原创 解决方案: Unescaped left brace in regex is deprecated, passed through in regex; latexdiff版本不匹配问题
欢迎使用Latexdiff追踪文章的修改Latex是目前非常受欢迎的一款文字编辑工具。在撰写文章的时候,因为不需要特别关注格式的问题,因而得到了广泛的使用。最近一段时间,latex的工具包越来越多,甚至能在pdf文档中以动画的形式展示素材。虽然上手难,但只要上手之后,方便的编辑功能,让人几乎想不起来是要用word编辑器。在latex的众多附中工具中有一款------latexdiff, 它类似...
2019-07-31 20:51:16 1867
latexdiff.pl
2019-07-31
OpenCV 3.20 + contrib
2017-05-26
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