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RSS订阅原创 Pandas 的怪坑， 判断元素是否在某列内。
获取的却是这一列的值，总之这个地方是很反人类的一个怪坑。真怕什么时候就被这玩意儿给坑到了。总之，判断是否在某列内需要转换成list，或使用values。这样它判断的是是否在index，而不是这一列的值内。
2023-06-06 10:06:17
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原创 nohup重定向
nohup bash mafft_cmd.sh &> mafft_nohup &网上的部分方法的代码格式忒麻烦了。不便于日常记忆和使用这个才是正解等于是在命令中间加一条重定向的命令 &> work.nohup
2022-03-22 09:25:31
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原创 R读取一个txt中的列表为向量
scan("clipboard",what="")这个clipboard是读取粘贴板，但是如果换成txt文件路径也是可以的。使用这个函数读取就可以得到向量了。
2022-02-15 17:50:37
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原创 cut获取最后一列字段
cat file | rev | cut -d’.’ -f 1 | rev即先每行字符串反转，把最后一个都变成第一个，然后把获得的字符串再反转回来。参考：http://www.cocoachina.com/articles/61694
2021-07-26 09:41:20
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原创 linux uniq对相同字符串无法去重的问题。
主要就是uniq只对相邻的重复进行去重，只要下一条是不同的序列就马上从头开始。解决方案：在去重前先对每行字符串进行排序。grep 'something' a.txt |sort |uniq如果不这么做的话，比如下面内容的文件，aabaa去重出来结果会是aba...
2021-07-15 09:33:02
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原创 makeblastdb: error while loading shared libraries: libssl.so.1.0.0 解决Ubuntu libssl.so.1.0.0找不到的问题
其实就是把libssl.so.1.0.0安装一下就好了。看了下一些网上的说法应该是因为新版本的操作系统吗默认安的新版本的libssl，旧版本的没安，但是很多程序只认libss.so.1.0.0，那就安一下就好了。两步wget http://security.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/o/openssl/libssl1.0.0_1.0.2g-1ubuntu4.19_amd64.debsudo dpkg -i libssl1.0.0_1.0.2g-1ubuntu4.19_
2021-05-09 13:07:11
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原创 chmod -R 755后文件仍然没有权限的问题。
简述一下本人遇到的问题：从服务器上拷回来的数据目录有些奇怪，其中一个问题是当我chmod -R 755 [一个目录]后，仍然无法进行操作，提示没有权限。当我进入到一个子目录执行ls -lrt之后，该目录的子目录中的文件仍然全部权限都是----，即没有权限。但是我再次 ls -lrt之后，发现它们又有权限了。在两次ls -lrt中间我没有执行过其它操作。所以这个问题虽然具体的原理不清楚，但很可能是文件权限的改变在不同层级的记录上没有同步，而第一次的ls -lrt读取后使得它们进行了同步。そう
2021-05-08 10:42:20
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原创 windows平台 BLAST Database creation error: mdb_env_open: 磁盘空间不足。
blast+ 2.10.1往上版本就是会报错改环境变量到1000000，以及绝对路径都英文之类的不管用。安个低于2.10的版本，2.9.0就可以下下来，解压，把bin加入环境变量即可用。https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.9.0/...
2021-04-01 22:52:46
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原创 yum报错：/usr/local/lib/liblzma.so.5: version `XZ_5.1.2alpha‘ not found (required by）
网上教程基本上都是同一个套路。如果不想看我的心路历程直接忽略文字看本文的三条命令即可。可是我软链完了不管用yum只在lib64目录下时可正常运行。补丁咋用看不懂。重新下载安装xz吧，看到服务器上似乎我的老师已经下载安装了xz5.2.2但是目前也没解决，并且老师似乎暂时联系不上。但是看明白了似乎这玩意儿出错有时是LD_LIBRARY_PATH的问题，把之前phylip的修改LD_LIBRARY_PATH的语句注释掉改用phylip的第三条建议方法。echo $LD_LIBRARY_PATH
2021-03-28 16:34:34
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原创 解决error while loading shared libraries: libXXX.so.X: cannot open shared object file: No such file
这个报错是在安装SpydrPick后导致的。先locate一下找到 libxxx.so.x文件1.将用户用到的库统一放到一个目录，如 /usr/loca/lib# cp libXXX.so.X /usr/loca/lib/ 2.向库配置文件中，写入库文件所在目录# vim /etc/ld.so.conf.d/usr-libs.conf /usr/local/lib 3.更新/etc/ld.so.cache文件# ldconfig 参考：https://
2021-03-18 11:36:54
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原创 git clone 出现fatal: unable to access ‘https://github 类错误解决方法
git clone 遇到问题：fatal: unable to access ‘https://github.com…’把链接理的https替换为github参考：https://blog.csdn.net/qq_15192373/article/details/114583764
2021-03-17 19:20:57
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原创 python 获取交互模式命令历史
import readlinereadline.write_history_file('interactive_code')
2021-03-10 16:25:46
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原创 2020-12-01
测试了使用pd.DataFrame、np.ndarray、pd.Series、python的dict对索引速度进行测试df[i][o],Series[i],df.loc[o,i],df.at[o,i],np.ndarray[i,o]索引dict[i]字典索引。发现速度从上到下依次递增，字典比loc快了100倍，但内存占用是硬伤（约28倍）。ndarray具有极高的性价比，速度比loc快了几十倍（字典的1/6）,且内存占用小。但是ndarray似乎只能进行数字位置的索引，而不能进行键值对索
2020-12-01 09:30:11
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原创 pd.concat,pd.merge测试记录
总结，concat和merge都是默认纵向拼接。pd.concat默认取并集并且索引保留原名称（即使会重复）交集时保留相同的列，并集时不相同的列也保留，没有的index用Nan填充。pd.merge默认取交集交集时只保留index,column完全相同的。并且索引会自动替换成从0开始的数字索引，不论是否重复。可使用left_index,right_index=True来设置使用某一侧DataFrame中的索引作为连接键。纵向连接的时候设置两者都为True来保留原有index。a=pd
2020-11-27 19:02:34
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原创 Vim: Caught deadly signal SEGV Vim: Finished. Segmentation fault 【自己的解决过程】
上网查了一些方法，唯一能看得明白是在说啥的解决办法，就是删除（可以暂时挪走不删）~/.vimrc，无效。后来又看了下 ~/ 下vim相关的文件，将.viminfo暂时挪走，不再报错。发现这个文件是记录了vim的各种操作记录，包括搜索、更改记录。其中last search，也就是最后一次文档搜索的记录，居然是个20k的蛋白序列。首先segmentation fault，按照我的理解，一般是在单个文件或单行内存使用过多的时候，导致的内存溢出报错。SEGV不太懂目前看来，应该就是由于最后一次搜索了一
2020-08-20 09:35:56
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原创 raxmlHPC构建最大似然树 报错 `GLIBC_2.14‘ not found”问题解决
想用raxmlHPC做个最大似然树，结果报错`GLIBC_2.14’ not found”解决方法，主要就是把大象关冰箱的三步，但是我查看了网上的攻略，甚至是时间比较近的攻略在环境变量设置上都会有个小问题。虽然大差不差，但很可能就是大家解决问题的最后一层窗户纸。记录我的解决过程如下。前两步与大多数攻略基本一致，大致描述一下第一步，下载glibc-2.14版本的压缩包，解压地址哪都有我这也贴一个:http://ftp.gnu.org/gnu/glibc/第二步，进入解压出的文件夹，然后mkdir
2020-08-12 09:17:57
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原创 使用crontab定期使用tar命令压缩备份文件
使用crontab定期使用tar命令压缩备份文件经过一个上午加下午一点时间的测试。使用crontab对文件夹进行定时压缩备份的收获记录一下。首先是tar命令的使用dd一般是用来备份一个盘或者分区的，好像没有说用来备份文件夹的。所以一般使用tar -zxvf来压缩，x表示打包为tar格式（不压缩），z表示打包后要压缩，v表示显示信息，f表示使用文件名最初使用命令如下tar -zxvf ...
2019-12-13 16:36:27
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原创 无法启动此程序，因为计算机丢失api-ms-win-crt-runtime-l1-1-0.dll
无法启动此程序，因为计算机丢失api-ms-win-crt-runtime-l1-1-0.dll@TOC在安装了大部分攻略中说的Windows软件vc_redist.x64并重启之后依然不得成功。然鹅我这台鱼唇的电脑里已经有了缺少的那个文件。尝试几次后依然有这个问题。最后，我把runtime这个文件剪切出了文件夹，并且重新运行了一次vc_redist.x64，然后重启。然后我这台鱼唇的电脑...
2019-11-25 18:25:09
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空空如也
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