Taylent-CSDN博客

原创深度多任务学习及其在医学影像分析中的应用

最近发现了很多之前阅读文献做的一点小记录或者组会汇报做的概要记录等一些杂七杂八的文献阅读笔记，想了想可以整理一下发出来，和更多的人有一个更好的交流。文章目录1.引言2. 深度多任务学习3. 应用3.1 视神经头外观指标量化3.2 阿尔兹海默症患病临床评分预测3.3 婴儿神经发育预测4. 总结参考文献1.引言本文主要介绍了三篇基于医学影像的深度多任务学习论文，分别是中南大学赵荣昌等人在2020年发表在期刊 Medical image analysis 上的《Multi-indices quantific

2021-05-16 16:10:45 1977

原创 Python 实现排序算法

# 冒泡排序，时间复杂度为O(n^2)，空间复杂度为O(1)，稳定def bubble_sort(arr): for i range(len(arr)): for j range(len(arr)-1-i): if arr[j] > arr[j+1]: arr[j], arr[j+1] = arr[j+1], arr[j] return arr# 选择排序，时间复杂度为O(n^2)，空间复杂度为O(1)，不稳定def selection_sort(arr): for.

2021-04-01 20:59:52 224 1

转载 UCSC GenePred 格式

手动抄写自B站genPred格式是table分割的，在Genome Browser中用于记录基因预测信息的常用形式。常见的genePred及变种对应如下：Gene Predictionstable genePred"A gene prediction."(string name: "Name of gene" //基因名称string chrom: "Chromosome name" //染色体名称char[1] strand: "+ or - for strand" //

2020-12-15 15:27:16 1507

原创 Plink的进阶使用方法（未完成）

之前写了Plink常用命令总结是对Plink的一些基础命令的简单记录，经过一段时间的使用，也写了一个使用Plink对SNP数据进行质量控制的简单pipeline的记录，现在再做一些总结，就称为Plink的进阶使用方法吧。提取一段位置区间的所有SNPplink --bfile sample --extract range myrange.txt --recode --out rang合并Plink格式文件plink --file sample1--merge sample2.ped sample2.

2020-12-15 15:03:49 2094 5

原创 Ubuntu conda使用的有关问题

一些问题的解决1.退出base环境，回到系统自带环境。conda deactivate 进入base虚拟环境conda activate base2.设置是否自动进入虚拟环境base不自动进入conda config --set auto_activate_base false自动进入conda config --set auto_activate_base true3...

2020-07-14 16:04:38 332

原创利用Pytorch写多分支网络的一些想法

最近开始利用Pytorch写一些深度学习的模型，没有系统的去学习pytorch的用法，也还没来得及去看别人的写法，先简单记录一些自己的想法。利用Pytorch在写一些具有多个分支的模型时（比如具有特征融合、模型融合或者多个任务的网络结构），模型类该怎么写，loss会怎么传播，应该先将input融合再传入forward还是传入forward后再进行融合等问题。特征融合使用相同的模型对输入进行特征的提取，在输入FC层前进行特征融合，然后分类。class _CCN(nn.Module): def

2020-07-14 15:54:27 11289 37

原创从 ADNI 的 XML 文件中读取临床信息

本文配合手把手式介绍 ADNI 影像数据下载使用。仅给出了如下读取XML文件中的project和subject信息的部分代码，读取其他内容采用一样的写法即可。只适合自己批量读取一下XML文件，所以凑合看即可。可以循环遍历所有subject的XML文件，每次调用一下以下函数，然后存到一个list中，再用pandas保存到csv中。代码如下：def rxml(file): DOMTree = xml.dom.minidom.parse(file) root = DOMTree.doc

2020-06-22 21:25:27 1381 4

原创手把手式介绍 ADNI 影像数据下载

1.搜索1.1登录打开ADNI的官网：http://adni.loni.usc.edu/，进入下面的界面。点击 DATA&SMPLES 下的 ACCESS DATA AND SAMPLES，如下图。页面跳转以后点击中间的“LOGIN”，这时会跳出一个新的界面，然后在右上角输入自己的帐号、密码即可。如果没有权限可以跳转到第2部分看看如何申请权限。登录以后选择DOWNLOAD下的 Image Collections就是搜索下载影像数据，其他还有一些学习测试数据和遗传数据。1.2 sea

2020-06-19 12:38:00 6803 46

原创向量、矩阵的几种乘法

点乘向量与向量的点乘是逐个元素相乘后求和。矩阵与矩阵的点乘就是矩阵乘法。在 Python 中可使用 numpy.dot 或 @ 实现。import numpy as npa = np.array([1, 1, 1])b = np.array([1, 2, 3])A = np.array([[1, 2, 3], [4, 5, 6]])B = np.array([[7, 8], [...

2020-05-06 19:16:23 3591

原创使用Plink对SNP数据进行质量控制

前在做和基因相关的分析时，拿到基因型数据，首先要进行质量控制。在使用Plink进行质量控制时，一般包含以下几步：individual and SNP missingness,（筛选个体和SNP）inconsistencies in assigned and genetic sex of subjects (see sex discrepancy),（性别是否出错）minor allel...

2020-05-06 17:28:25 14844 3

原创西尔维斯特方程（Sylvester equation）一般求解方法

在求解模型中遇到 AX + XB = C 这样一个方程的求解，看到一篇论文中有优化求解方法，可惜看不懂。先把一般求解方法记录一下吧，至于有唯一解的条件、优化等内容看懂了再说吧。对于Sylvester方程：可以化为：其中：则可得到解：上述 vec 是对矩阵列的拼接，X = [X1，X2， ……，Xn]，则 vecX = [X1，X2， ……，Xn]T = np.reshape（...

2020-04-30 16:27:22 11136

原创 Python调用MATLAB函数

遇到求解西尔维斯特方程时不会，然后查资料也看不懂，结果发现matlab有直接的函数可以调用，无奈就只能用Python调用matlab函数。安装matlab包首先要安装matlab这个包，可以使用matlab里带的setup.py这个脚本。cd "MatlabRoot\extern\engines\python"python setup.py installMatlabRoot是你自己m...

2020-04-17 17:48:12 790 2

原创 LASSO快速求解方法

在[1]中看到一个LASSO快速求解的方法，可以快速实现，但是暂时没搞懂具体原理，先放这里，等和其他方法对比一下结果了再写。参考：[1]Chen, J., & Yang, J. (2014). Robust subspace segmentation via low-rank representation. IEEE Transactions on Cybernetics, 44(8...

2020-04-14 15:04:17 1472 1

原创论文阅读——Efficient and Robust Feature Selection via Joint L2,1-Norms Minimization

一、前言最近因为对结构化多任务学习，以及对带范数目标函数求解的学习，一直都很想求解带L2,1范数的目标函数（其实这只是个过程），针对这样的不光滑目标函数，梯度下降法并不合适。虽然sklearn中的MultiTaskLasso也是这样的目标函数，并且使用了坐标下降法来求解，但是当目标函数中的损失函数也用L2,1范数时我又懵圈了。正当我捉摸是不是能把两部分合在一起求解一个L2,1范数时（其实是数...

2020-04-06 21:59:37 2340 9

原创字典排序

针对最近所做工作的一个问题做一些笔记记录。问题：对一个训练好的模型的权重进行排序，然后选择top n的特征拿到测试集做预测。其实就是一个特征选择的问题，同时返回的W并非稀疏矩阵，而且因为还要继续做交叉验证，也不方便输出W进行手动选择、Excel排序或者只输出对应特征名称、行号等。想到的方法没有什么技术含量，但是易于实现，先记录一下。# 主要思路：用字典保存W每一行的L2范数以及对应的行号...

2020-03-28 15:40:25 517

原创 Plink常用命令总结

文章目录一、基本操作二、质量控制三、编码一、基本操作1、–bfile 、 --file 和 --tfile读取文件–bfile 读取二进制文件，bed、bim和fam格式–file 读取文本文件，ped和map格式使用以上两个命令时，文件命名要一致，如test.bed、test.bim、test.fam二进制文件比较小，处理速度比较快2、–out指定输出文件的名称3、–reco...

2019-10-12 17:15:04 24425 2

原创对文件或文件夹的批量创建、移动和删除操作

国庆七天假，工作六天半。。。三天时间浪费在整理数据，最后半天写了个脚本来整理。。。特此在国庆假期结束前记录一下。。。1.读取文件夹名称# 读取文件名称并写入txt文件import ospath = r'G:\ADNI\ADNI1\T1\MCI'file = open("MCI.txt", 'w')for name in os.listdir(path): # print...

2019-10-07 21:28:24 612

原创 Numpy 笔记

这里写自定义目录标题1.where（）的几种用法最近在使用Numpy的时候经常查阅一些文档，看一些函数的使用方法或参数，可能比较入门，但是依然需要做一些笔记以备日后再次查阅。1.where（）的几种用法有以下两个小问题：（1）有如下的两个数组a和b，如何获取a和b相同元素的位置？即输出 array([1, 3, 5, 8]a = np.array([0,1,2,3,4,5,6,7,8,9...

2019-09-29 10:54:25 408

原创 matlab中一些函数在numpy中的对应

最近在看别人的matlab代码，想自己用Pthon实现，中间遇到了一些matlab和numpy的转换问题，特别记录一下。matlabnumpy说明size(a)a.shape 或 np.shape(a)size(a,n)a.shape(n-1)...

2019-09-29 10:31:20 2771 1

原创医学影像、生物信息相关数据库

整理一些医学影像、生物信息相关的数据库，应该会持续更新。暂时就这么分类吧。医学影像名称网址备注阿尔茨海默病神经成像倡议（ADNI）http://adni.loni.usc.edu/data-samples/access-data/需要注册，有MRI、遗传数据和临床数据用于血管提取的数字视网膜图像（DRIVE）http : //www.isi.uu.nl/Res...

2019-08-14 20:51:43 1382

原创 Ubuntu16.04安装CUDA10.0、CUDNN7.6、TensorFlow2.0

折腾了半天终于在服务器上装好了CUDA10.0、对应版本的cuDNN和TensorFlow2.0，因为TF2.0还比较新，网上教程不是特别多，而且TF2.0要CUDA10.0才可以，所以特意记录一下，过段时间可能还要在自己电脑上装一遍。文章目录CUDA1.下载2.安装3.测试cuDNN1.下载2.安装3.测试TensorFlow2.01.先把安装源改成清华镜像2.更新pip3.安装4.测试CU...

2019-08-14 20:28:57 2723

原创 Git 学习笔记（一）

Git学习笔记（一）最近一直在学习一些和项目实战、web开发有关的东西，Django、Nginx、CentOS和Git这些。因为在学Git的时候突然发现前段时间学的CentOS的一些命令都记不大清楚了，去网上查找又好麻烦，不如自己做好笔记方便查看，所以从学习Git开始打算多写一些笔记了。一、下载安装Git直接进入 Git 官网下载即可。网址如下：https://www.git-scm.com...

2019-06-17 15:42:44 201

翻译 AAAI 2018文章 Representation Learning for Scale-free Networks 翻译

大三上课翻译的一篇paper，之前一直放在草稿箱，发出来供大家参考一下，没有再做修改，哪里翻译有问题或理解不对欢迎指出。无标度网络表示学习冯瑞，杨洋，胡文...

2019-04-30 20:04:46 1272 3

原创 Django 学习笔记之加载静态文件

目录前文介绍方法一：借助load staticfiles tag方法二：借助STATIC_URL后记：加载失败的几种解决方法前文介绍js/css/img等静态文件要放在static文件夹下，html页要放在templates文件夹下。static文件夹要自己新建-目录，templates文件夹是Django创建后自动生成的。目录如下：static文件夹创建以后在settings里自动...

2019-04-30 12:07:27 525

原创 TCGA癌症中英文及缩写名称对应表

最近一直在做生物信息有关的数据库，需要到TCGA上下载数据，就把TCGA和SangerBox上可以看到的癌症型的中英文以及缩写全部查找翻译对应列了出来，可能不太口语化或者专业，就简单理解吧。如下：缩写英文名称中文名称 ACC Adrenocortical carcinoma 肾上腺皮质癌 BLCA Bladder Urotheli...

2019-04-26 20:16:39 28673 1

永远想不起来更新的博客