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原创 检测蛋白质构象是否合理————Ramachandran plot（拉氏图）
Ramachandran plot（拉氏图）是由G. N. Ramachandran等人[1]于1963年开发的，用来描述蛋白质结构中氨基酸残基二面角ψ和φ是否在合理区域的一种可视化方法。同时也可以反映出该蛋白质的构象是否合理。 在介绍Ramachandran plot前有必要简单说明一下二面角。图1 蛋白质链上肽平面之间形成的二面角以及 两个残基脱水缩合后的 ψ，φ和W（图片来自...
2018-06-12 22:48:16
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原创 Latex插入文献2021-03-16
用latex运行Bibtex插入文献：运行 BibTeX分为下面四步1.用LaTeX编译你的 .tex 文件 , 这是生成一个 .aux 的文件, 这告诉BibTeX 将使用那些引用.2.用BibTeX 编译 .bib 文件.（实测这里应该使用BibTex运行.aux文件）3.再次用LaTeX 编译你的 .tex 文件, 这个时候在文档中已经包含了参考文献, 但此时引用的编号可能不正确.4.最后用 LaTeX 编译你的 .tex 文件, 如果一切顺利的话, 这是所有东西都已正常了....
2021-03-16 17:05:04
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原创 服务器安装jupyter notebook
通过给 服务器安装jupyter notebook， 然后远程用desktop进行操作，这样就能完全使用jupyter的插件和功能。直接开始吧。安装Anaconda1.下载：在清华镜像源中寻找新的Anaconda安装包，在此用户的主目录下运行命令（这里只是例子）：wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh2. 安装下载完成之后运行（输入An
2020-12-09 13:14:56
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原创 Anaconda和pip安装以及国内镜像源添加和删除
1. anaconda 安装用python 的都知道anaconda有多好用，所以不再赘述下载网址：shohttps://www.anaconda.com/distribution/选择与系统和python版本匹配的文件然后就按照指示一顿安装，这里有一个地方比较坑，需要说明: 就是上面这个方框记得点上对勾，这样就直接配置环境变量了。如果不点的话，那就需要安装完了自己配置环境变量。...
2019-11-30 14:04:28
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原创 pearson相关系数
分子是两个变量的协方差， 分母是两个变量标准差乘积。def calc_corr(a, b): a_avg = sum(a)/len(a) b_avg = sum(b)/len(b) # 计算分子，协方差————按照协方差公式，本来要除以n的，由于在相关系数中上下同时约去了n，于是可以不除以n cov_ab = sum([(x - a_avg)*(y - ...
2019-11-29 21:55:25
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转载 python的文件读取写入
读写文件是最常见的IO操作。Python内置了读写文件的函数，用法和C是兼容的。读写文件前，我们先必须了解一下，在磁盘上读写文件的功能都是由操作系统提供的，现代操作系统不允许普通的程序直接操作磁盘，所以，读写文件就是请求操作系统打开一个文件对象（通常称为文件描述符），然后，通过操作系统提供的接口从这个文件对象中读取数据（读文件），或者把数据写入这个文件对象（写文件）。1.open函数file ob...
2018-06-22 14:20:02
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转载 python的OS模块详解
Python os 模块提供了一个统一的操作系统接口函数, 这些接口函数通常是平台指定的，os 模块能在不同操作系统平台（如 nt 或 posix）中的特定函数间自动切换,从而能实现跨平台操作。os模块常用函数:os.getcwd()：获取当前工作目录，即当前python脚本工作的目录路径。os.chdir(“dirname”)：改变当前脚本工作目录；相当于shell下的cd命 令。os...
2018-06-05 16:14:31
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原创 python中matplotlib中的subplot函数使用
python里面的matplotlib.pylot是大家比较常用的，功能也还不错的一个包。基本框架比较简单，但是做一个功能完善且比较好看整洁的图，免不了要网上查找一些函数。于是，为了节省时间，可以一劳永逸。我把常用函数作了一个总结，最后写了一个例子，以后基本不用怎么改了。一、作图流程： 1.准备数据， ， 3作图， 4定制， 5保存， 6显示...
2018-06-03 09:17:40
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原创 PDB文件说明
蛋白质数据库ProteinDataBank(PDB)是一个包含蛋白质、核酸等生物大分子的结构数据的数据库，网址是http://www.rcsb.org。PDB可以经由网络免费访问，是结构生物学研究中的重要资源。为了确保PDB资料的完备与权威，各个主要的科学杂志、基金组织会要求科学家将自己的研究成果提交给PDB。PDB数据库存储结构数据的文件是PDB文件，每一个蛋白质或核酸都对应着一个编号，即P...
2018-06-01 14:08:33
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转载 python函数的参数种类
四种：1.F(arg1,arg2,...)2.F(arg1,arg2=value2,...)3.F(*arg1) 4.F(**arg1)上面这四种方法优先级依次降低，先1，后2，再3，最后4，也就是先把方式1中的arg解析，然后解析方式2中的arg=value，再解析方式3，即是把多出来的arg这种形式的实参组成个tuple传进去，最后把剩下的key=value这种形式的实参组成一个diction...
2018-06-01 13:00:31
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转载 vim编辑器的使用及其快捷键
vi/vim 基本使用方法vi编辑器是所有Unix及Linux系统下标准的编辑器，它的强大不逊色于任何最新的文本编辑器，这里只是简单地介绍一下它的用法和一小部分指令。由于对Unix及Linux系统的任何版本，vi编辑器是完全相同的，因此您可以在其他任何介绍vi的地方进一步了解它。Vi也是Linux中最基本的文本编辑器，学会它后，您将在Linux的世界里畅行无阻。1、vi的基本概念基本上vi可以分为...
2018-06-01 12:56:08
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原创 python中比cPython更快的编译器pypy
在做python开发的人，应该或多或少的听说过一点pypy吧。我猜。所以就不做背景介绍了，有不懂的同学可以看看这里：1、什么是pypy： http://www.360doc.com/content/15/0625/08/13232598_480502243.shtml （简单总结一下就是：pypy是一种python的解释器，比标准的cPython要快很多。但是并不支持所有的cPython库，有一些...
2018-06-01 12:53:30
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翻译 python与c混合编程cython(2)
cython强大之处还有就是与numpy的良好融合.下面是一个例子:命名为convolve_cy.pyxfrom __future__ import divisionimport numpy as npdef naive_convolve(f, g): # f is an image and is indexed by (v, w) # g is a filter kernel...
2018-06-01 11:04:53
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原创 python和c混合编程cython(1)
大家喜欢python的原因不外乎, 一是写起来方便, 二是第三方库多. 但是python比较明显的缺点就是运行速度较慢. 而cpython正好弥补了这一缺点, 就是同时保证了开发效率和运行效率.下面介绍一下cython 的.Cython是用来生成 C 扩展到而不是独立的程序的。所有的加速都是针对一个已经存在的 Python 应用的一个函数进行的。没有使用C 或 Lisp 重写整个应用...
2018-06-01 09:43:27
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转载 Jupyter Notebook 的快捷键
Jupyter Notebook 的快捷键Jupyter Notebook 有两种键盘输入模式。编辑模式，允许你往单元中键入代码或文本；这时的单元框线是绿色的。命令模式，键盘输入运行程序命令；这时的单元框线是灰色。命令模式 (按键 Esc 开启)Enter : 转入编辑模式Shift-Enter : 运行本单元，选中下个单元Ctrl-Enter : 运行本单元Alt-Enter : 运行本单元，在...
2018-05-28 14:35:31
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原创 C++中 指针和引用
相信很多c++初学者都搞不清指针和引用是个什么玩意，这里我也不写其定义。主要解释“&”和“*”的作用。相信看完以后一定会有收获的。首先，看起几个常见的例子：int i =520; int &r = i; // int *p;p = &i;*p = i;int &r2 = *p以上是一些c++中常见的写法. 其中“&”和“*”既能作为表达式的运算符，...
2018-05-23 22:40:47
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转载 ctypes的运用（把一个numpy数组传入c中）
1.把一个二维数组转化成一维的，传入Cvoid show_matrix(int *matrix, int rows, int columns){ int i, j; for (i=0; i<rows; i++) { for (j=0; j<columns; j++) { printf("matrix[%d][%d] = %d...
2018-05-23 22:06:39
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转载 C++声明、初始化二维数组
1.用new申请一块内存 #include<iostream> using namespace std; int main(int argc, char* argv[]) { int n=2,m=3; // int **swp; //动态申请二维数组 n行 m列 ...
2018-05-23 21:20:48
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原创 python3和c/c++的混合编程(ctypes的使用)
python作为一种胶水语言具有较高的开发效率, 但是其运行效率比较低, 当计算量比较大时,显得力不从心. 而ctypes是python下的一个可以链接c/c++的一个库. 可以将C函数编译成动态链接库, 即window下的.dll文件或者是linux下的.so文件. 这样我们通过使用cytpes可以加速代码的运行速度.test = cdll.LoadLibrary("./caleach.so"...
2018-05-22 20:23:19
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转载 Ubuntu建立和删除用户
看了网上很多ubuntu系统如何设置超级用户或者是建立普通用户的教程，都不是很详尽，而且有的还是错误的，只有这篇既简单有实用，故进行转载。 sudo adduser xxx 这样的命令会在home目录下添加一个帐号 sudo useradd xxx 仅仅是添加用户， 不会在home目录添加帐号 很简单 Ubuntu中提供了两种方式 图形界面 增加 和 Windows 一样 ，还有一种就是 Li
2017-11-11 14:43:31
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转载 Python中的LEGB规则
目标命名空间和作用域——Python从哪里查找变量名？我们能否同时定义或使用多个对象的变量名？Python查找变量名时是按照什么顺序搜索不同的命名空间？命名空间与作用域的介绍命名空间大约来说，命名空间就是一个容器，其中包含的是映射到不同对象的名称。你可能已经听说过了，Python中的一切——常量，列表，字典，函数，类，等等——都是对象。这样一种“名称-对象”间的映射，使得我们可以通过为对象指定
2017-11-10 17:06:46
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转载 python之字符串格式化(format)用法说明
用法： 它通过{}和:来代替传统%方式1、使用位置参数要点：从以下例子可以看出位置参数不受顺序约束，且可以为{},只要format里有相对应的参数值即可,参数索引从0开，传入位置参数列表可用*列表
2017-11-09 16:40:10
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转载 欢迎使用CSDN-markdown编辑器
欢迎使用Markdown编辑器写博客本Markdown编辑器使用StackEdit修改而来，用它写博客，将会带来全新的体验哦：Markdown和扩展Markdown简洁的语法代码块高亮图片链接和图片上传LaTex数学公式UML序列图和流程图离线写博客导入导出Markdown文件丰富的快捷键快捷键加粗 Ctrl + B 斜体 Ctrl + I 引用 Ctrl
2017-11-09 16:13:55
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