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RSS订阅原创 centos搭建ftp踩坑记录
第2坑，500 OOPS: vsftpd: refusing to run with writable root inside chroot()这里不仅需要在防火墙打开20和21端口，还需要打开被动访问所使用的端口，也就是在配置文件vsftpd.conf中指定的被动访问接收端口。这里是因为ftp的主目录的权限问题，需要改成755（必须）且所有人为root。如果是云服务器，还需要在平台上将平台上的防火墙的这些端口也打开。ftp服务器搭建参考。
2024-01-26 15:31:18
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原创 centos安装Nvidia显卡驱动（3090）
首先查看显卡型号：lspci | grep -i nvidia输出：02:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation Device 2204 (rev a1)02:00.1 Audio device: NVIDIA Corporation Device 1aef (rev a1)03:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation Device 2204 (rev a1)03:00.
2022-04-20 15:58:02
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原创 使用pysam读取DNA序列
先创建一个读对象：fasta_open = pysam.Fastafile(fasta_file)读出来的DNA序列是字符串的格式：seq_dna = fasta_open.fetch('chr1', 0, 100)# output:'NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN'将序列转为one-hot编码：'''A: [1, 0,
2022-03-31 15:22:45
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原创 samtools从fastq到bam再到bigwig（bw）
首先需要使用bowtie2和samtools将fastq序列比对到参考基因组上，生成.bam文件：单末端："bowtie2 -p 10 -x mm10-U input.fq | samtools sort -O bam -@ 10 -o - > output.bam双末端：bowtie2 -p 10 -x mm10-1 input_1.fq -2 input_2.fq | samtools sort -O bam -@ 10 -o - > output.bam这里的mm10是bow
2021-12-03 09:42:49
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原创 linux下samtools安装
首先下载安装包并解压：wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2tar -xzvf samtools-1.9.tar.bz2进入samtools文件夹：cd samtools-1.9安装：./configuremakesudo make install如果是非root用户：./configure --prefix=/home/用户名/.localmake
2021-11-30 10:36:02
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原创 linux下bowtie2安装
先把菠菜软件的压缩包下载下来：wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.4.4/bowtie2-2.4.4-linux-x86_64.zip/download想要其它版本也可以去官网看一下：http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml然后解压：unzip bowtie2-2.4.4-linux-x86_64.zip接下来设置环境变量：vim ~
2021-11-29 21:04:11
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原创 《python笔记一》-sort关键字排序
python在2.4版本之后加入了使用关键字排序的功能。sort()以及sorted()均可使用关键字排序。在2.6版本后python简化了关键字排序的使用方法，主要分为三类关键字使用方法：from operater import *# 假装我创建了一个类，里边有name，grade，age属性。student = [('xiaoliu', 'A',17),('xiaozhang','A',15), ('xiaobai', 'B', 10), ('xiaolan', 'B', 12)]# 根据索引
2021-04-20 09:38:44
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原创 Tensorflow2.0 一维卷积神经网络搭建
网上对于卷积神经网络的介绍大部分都是2D的，一维卷积神经网络的比较少，使用新框架的就更少了。代码如下：# 首先搭建网络，这里以最简单的sequential为例# 先是卷积sequential = [ tf.keras.layers.Conv1D(2, kernel_size=1, padding='same', activation=tf.nn.relu), tf.keras.layers.MaxPool1D(pool_size=2, strides=2, padding='same
2020-08-10 19:14:31
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原创 psi-pred安装及预测蛋白质二级结构
整理一下自己安装并调试psi-pred的过程首先，安装psi-pred需要psi-blast+以及psi-blast±legacy安装sudo apt install psi-blast+-legacy应该就可以，由于我的电脑上已经有blast所以后面缺文件时直接安装的legacy。然后安装psi-predwget http://bioinfadmin.cs.ucl.ac.uk/downl...
2020-03-02 14:43:33
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原创 hhblits 格式转换错误错误
hhblits在进行a3m到aln格式转换时生成的文件是错误的，aln应该是a3m文件去除所有小写字母之后的结果。hhblits在进行这一处理时，加入了太多的gap，导致MSA特别稀疏。正确转换可参考如下代码：def convert_a3m_to_aln(a3m_path, aln_path): aln = [] with open(a3m_path, mode='r') a...
2019-11-06 09:19:13
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原创 python3 SyntaxError: EOL while scanning string literal
python中不允许字符串最后一位是单斜杠，即使加了转义字符r也不行会出现SyntaxError: EOL while scanning string literal错误。解决办法：可以用双斜杠代替末尾的单斜杠。如：r'H:\data\passive\a3m_passive\\' + protein_id[:-1] + '.a3m'...
2019-11-06 09:15:54
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原创 ubuntu NVIDIA驱动安装后失效问题
之前在电脑上装了双系统，linux是ubuntu18.04，安装NVIDIA驱动和CUDA之后，过一段时间就会出现显卡驱动自己崩掉的情况，同时无法在init3下进入命令行，所以无法重装显卡驱动。遂记录一下自己解决这个问题的方法，以便以后再次出现问题时参考。首先，打开软件更新器–>设置–>附加驱动：选择NVIDIA的显卡驱动，然后选择应用更改。然后等待一段时间后会有和初次安装N...
2019-11-05 08:45:59
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原创 关于使用screen进行后台运行程序
没有screen先安装screen使用screen -S 自己起各名字创建一个screen然后screen -d 起的名字 将screen切换到后台然后screen -r 起的名字切换到那个screen执行程序然后crtl + a + d退出这个screen就可以了...
2019-11-04 21:53:02
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原创 ubuntu下修改系统最大线程数
使用hhblits会因为系统最大线程数的原因导致无法读取数据库文件，需要修改系统的最大线程数。但是目前只能修改root用户的最大线程数，普通用户还是被限制的。修改方法：echo 1000000 > /proc/sys/kernel/pid_max或者：echo "kernel.pid_max=1000000" >> /etc/sysctl.confsysctl -p...
2019-11-04 21:36:15
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原创 hhblits——正确版本的安装
先上安装方法，其实就按着官网的来就可以：git clone https://github.com/soedinglab/hh-suite.gitmkdir -p hh-suite/build && cd hh-suite/buildcmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=. ..make -j 4 && make installexpor...
2019-11-04 21:31:06
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原创 ubuntu18.04安装CCMpred
现在CCMpred已经停止更新了，不知道还要多久才能出个类似的好用的contact map计算工具。安装环境：ubuntu18.04NVIDIA GTX1060CUDA 10.0cmake 3.8.0这里记录的是CCMpred CPU版本的安装方法，GPU版本存在问题，暂时不做介绍，后期补上。首先从官网下载CCMpred安装包，添加环境变量： git clone --depth=...
2019-11-04 21:22:15
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原创 ubuntu安装CD-HIT
法1首先在官网下载安装包：我这时候的版本是：cd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar.gz切换到安装包所在目录，执行：gzip -d cd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar.gztar -xvf cd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar进入解压好的文件夹，进行编译（make），这里有时候会报错：In file included from ...
2019-10-24 10:16:33
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原创 tensorflow安装出现Cannot uninstall 'wrapt'
今天在安装Tensorflow-2.0.0测试版的时候出现了错误，经过查阅参考博客，找到了解决办法，特此记录：ERROR: Cannot uninstall ‘wrapt’. It is a distutils installed project and thus we cannot accurately determine which files belong to it which wou...
2019-10-23 17:47:45
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原创 linux 修改系统最大线程数
首先需要进入rootsu然后输入密码，如果没有创建root用户会有报错。可以通过sudo passwd 用户名来创建，之后提示输入密码。修改线程数：echo 1000000 > /proc/sys/kernel/pid_max设置永久生效："kernel.pid_max=1000000">>/etc/sysctl.confsysctl -p...
2019-10-16 19:33:44
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原创 生信-ubuntu安装hhblits
sudo apt-get upgradesudo apt-get install hhsuitehhblits -h验证安装成功
2019-08-18 20:18:43
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原创 显卡驱动安装补充
在安装显卡驱动前需要先打开64位ubuntu的32位支持功能 sudo dpkg --add-architecture i386 sudo apt update sudo apt install build-essential libc6:i386
2019-08-18 17:49:20
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原创 Ubuntu18.04安装NVIDIA 显卡驱动(GTX 1060)
在ubuntu安装NVIDIA驱动是安装Tensorflow中的第一步，比较容易出乱子。指不定哪错了就把ubuntu系统整崩了（卡在开机界面，无法进入图形界面等等）。这里将我自己在ubuntu18.04安装NVIDIA显卡驱动的过程记录下来。给遇到情形跟我一样的人一些参考。首先要安装显卡驱动必须是物理机，虚拟机无法安装NVIDIA显卡驱动1 查看显卡型号在终端输入：# ubuntu-dr...
2019-08-12 18:09:09
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原创 pip安装包时ImportError: cannot import name 'main'
使用标准的 pip install packge时出现的错误解决办法：python -m pip install packge如：python -m pip install numpy
2019-08-09 18:14:00
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原创 pip更新时出错pip install --upgrade pip
pip更新时出错pip install --upgrade pip今天在配置电脑的时候安装anaconda后，在用pip下载包时，照例pip install --upgrade pip更新pip却出现如下错误这是一个下载解压工具结果安装包是压缩包的烦恼呀。看论坛里大家众说纷纭，挨个试了试，都没有效果。更新方法（可能并不适用于你的情况，不过试试吧）：python -m pip instal...
2019-08-09 18:10:54
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