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RSS订阅原创 libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.9‘ not found
libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.9' not found libgcc_s.so.1: version `GCC_4.8.0' not found
2022-12-23 10:10:46
1144
原创 别被Github上R包骗了，之：Error: Vignette re-building failed.
最近github经常要刷新很多遍才能登陆，不知道其他宝宝所在地区是不是也有这个问题，但这就导致一个最严重的问题呀：devtools::install_github(“XXXXX”)根本就用不了。。。没办法，手动安装吧，安装也很简单从github上把文件下下来，build后install.packages(“XXX”)就行了，这个是我以为的。。。。结果，第一步就翻车了o(╥﹏╥)obuild(“presto-master”)结果报错如下：--- re-building ‘getting-
2021-10-20 17:12:24
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原创 Stringi安装报错，icu69无法下载-----手动安装R包
Error: Stopping on errorIn addition: Warning messages:1: In download.file(paste(href, fname, sep = ""), icudtzipfname, mode = "wb") : URL 'https://raw.githubusercontent.com/gagolews/stringi/master/src/icu69/data/icu4c-69_1-data-bin-l.zip': status was '.
2021-10-16 16:09:29
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原创 fasterq-dump 报443的那些事
已知SRA编号，不想prefetch下载后再转fastq，好办呀，用fasterq-dump无需下载，无需转换格式，一条命令全搞定fasterq-dump --split-files SRR6888774曾经，，，，，，我这么做也成功过可是，我太天真了，莫名其妙，报错了：FailedtoMakeConnectioninKClientHttpOpento'sra-download.ncbi.nlm.nih.gov:443找原因？找解决办法？问了身边大神，网络问题。。。那...
2021-04-08 20:41:52
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原创 给定位置范围，tabix筛选vcf中snp
最近打算写代码，筛选某些snp上下游25bp的snp，然后，偶然间发现了一个贴子，觉得很有用，就记下来了，传送门：https://www.jianshu.com/p/b6f885fc8b5f简单来书操作步骤就超级简单：1、如果vcf没有索引的话，构建个索引：bgzipchd.vcftabix -f -p vcfchd.vcf.gz2、直接位置检索：tabix chd.vcf.gz chr1:813885-814680...
2021-03-04 11:21:40
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原创 GATK报错绕坑(Inconsistent constant pool data in classfile)别用自己下载的reference
跑GATKBaseRecalibrator 遇到报错如下：GATK Exception in thread "main" Exception in thread "main" java.lang.IncompatibleClassChang: Inconsistent constant pool data in classfile.....到处找原因也没找到，个人感觉代码命令很好呀，最后，很偶然，我发现我的参考基因组的问题。。。。处理方式：我是自己下载的hg38参考基因组，偶然发现G..
2021-02-23 15:46:23
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原创 在线热图绘制工具
一个制药专业小姐姐让我帮她画个热图，数据帮她整理好后几行R代码就出来了，然后她问了一句，我不会写代码怎么办，我就搜了个小工具给她，别说，很好用耶网址：https://matrix2png.msl.ubc.ca/bin/matrix2png.cgi操作步骤如下：1、把excel数据复制到txt数据格式如下：2、选择txt并上传3、拖到底下，然后直接选择颜色建议选择这个类别颜色，别的都很丑，，，，4、再往下拖，选择这几个框框5、再回到顶上提交6、测试结
2021-02-05 10:20:28
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原创 当BiocManager废了
最近诡异的事情接连发生，之前用的好好的，BiocManager突然就不见了，至今不清楚发生了什么，最近BiocManager我Mac用的好好的Latex不见了，连源文件都不见了我新买的联想carbon小本，vscode也不见了。。。。好吧，什么原因我也不清楚，先从最棘手的BiocManager开始修理吧，毕竟，饭可以不吃，R不能不用不是嘛。对了，BiocManager没了，导致我之前装的很多包都没了。。。暴风哭泣。就是重新安装BiocManager以后，开始安装最常用的大神Y叔包BiocMan
2021-01-27 10:09:40
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原创 R mgcv更新出坑指南
最近呀。。。捯饬library(mgcv)捯饬到伤肝BiocManager::install("mgcv")不停的报错，失败，基本错误如下：反正就是装不成，bing各种要升级库，我是没有sudo的人儿，就只能放弃这条路，走篇路，求助conda,conda是可以的conda install -c conda-forge r-mgcv总算是安装好了吧，我再接着调用library(mgcv)结果报错：usr/miniconda3/lib/R/library/Matrix/libs/M
2021-01-27 09:14:29
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原创 Annote_SV安装与简单使用
下载包软件包下载（选择自己喜欢的版本就好）：https://www.lbgi.fr/AnnotSV/downloads需要安装tcl、bedtools一句conda不要太简单啦conda install -c intel tclbedtools同上2. 安装AnnotSVtar -xvf AnnotSV_2.2.tar.gzcd AnnotSV_2.2/#我是直接安装在了当前文件夹下，所以很快啦make PREFIX=. install 安装完了以后就是所有文件夹官网给的.
2020-12-22 11:13:17
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原创 五行代码，做爬虫；一行代码，下数据
前一阵子爬了俩fusion相关的网站，今天有兄弟问爬虫相关知识，其实小姐姐也是爬虫菜鸟，好在我们生信相关的网站都不复杂，没有什么需要模拟登陆、socket解析这种（大概做生物网站的大佬们的目的也是为了show数据）。所以特别复杂的爬虫技术我也是不会，就是日常应用便是爬取网页数据，在线数据检索/对比，仅此而已。最近也有在学习啦，后期会陆续更新爬虫自助下载什么的，这个不得不说，生信宝宝幸福的地方，很多脚本其实真心比爬虫容易多了，比如一会就要分享一个怎么用R包一条命令下载TCGA数据的。 ...
2020-08-24 16:32:10
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原创 muscle多序列比对简单应用
没有深入研究，只想对多序列做个比对，然后分组，具体命令如下：1、多序列比对（数据量不大，曾经用了一个挺大的，直接吐核，放弃了，网上有说多线程操作，没有用，照例吐）muscle -in seqs.fa -out seqs.afa对于大数据集可以使用（我用了，直接报错，不知道咋回事，希望能有成功的宝宝）muscle -in seqs.fa -out seqs.afa -maxiters 22、序列比对分组muscle -in seq.afa -clw -out seq.clw...
2020-06-28 08:49:02
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原创 Linux下检索基因数据(含UCSC查询)
Linux菜鸟，遇到命令就查，不懂就问，挺好的。最近要在gtf中检索基因，已知基因名称和位置，两种方法，反正都能得到结果，不知道哪种方法好用1、先cat再grepcat *.gtf|grep "ENSG00000121957"|grep "108896963"2、直接grepgrep ENSG00000121957 *.gtf|grep "108896963"3、如果是在多个文件夹搜索关键字，显示文件位置，可以grep '字符串' *_文件夹-Rn好的，得到我要的结果了..
2020-06-21 09:32:03
1277
原创 R 获取exon长度
有一个特别有用的包library(GenomicFeatures)，之前做fusion很多时候都用过。这次正好要求FPKM，FPKM= read counts / (mapped reads (Millions) * exon length(KB))https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/342/因为要计算exon的值，正好久按照 大神给的方法和公式计算了，但是因为得到的是所有基因的exon长度，需要进行具体查询，基本的数据格式是这样的，算是二维序列
2020-06-15 20:15:58
925
原创 R语言 frame日常操作
frame简直是R中神一般的存在，翻译为数据框架，和矩阵很像，但绝对比矩阵更加强大， frame可以各种数据类型杂交，简直太方便了。下面介绍下简单的操作，因为。。。更深的操作我也不会，真的要靠日常积累吧。创建frame最基础的，一行一行创建，这个确实有点点傻，不过做生信的宝宝，谁会自己建表呢，都是生成的数据，简单测试而已。 student<-data.frame(ID=c(11...
2020-04-16 10:14:41
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原创 RNAseq分段的泊松分布&指数分布
基础知识点（当年统计学基础真的是都还给老师了）：方差=E(x²)-E(x)²，E(X)是数学期望（mean）。数学期望(mean)（或均值，亦简称期望），反映随机变量平均取值的大小，打个比方最清楚：赌博是期望值的一种常见应用。例如，美国的轮盘中常用的轮盘上有38个数字，每一个数字被选中的概率都是相等的。赌注一般押在其中某一个数字上，如果轮盘的输出值和这个数字相等，那么下赌者可以获得相当...
2020-04-15 10:29:00
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原创 RNAseq偏差基础知识汇总
纯粹自我理解，参考一些论文概念后的心得，如果不对，感谢大神指点，不胜感激1、是什么其实就是测序所得数据与实际序列结果有一定成都偏离；2、为什么高通量测序，海 量的数 据 ，系统噪 声 ，数据偏差；位置偏差 的 产 生 是 因 为 测 序 片 段 倾 向 于 来 自 转 录 本 的 起 始 位 置 ，而 序 列 偏 差 通 常 是 因 为 测 序 片段 的 序 列 信 息 会 ...
2020-04-13 10:10:43
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原创 实验太简单，创新度不够？那就跨界联合发高分文章
最近给老板写了一个完整的RNAseq分析的pipline，恩，适用于人类和小鼠多数据的pipline，但是这些年发表的pipline相关的文章，不说一万也有八千了吧（夸张了，上百肯定有的）。怎么办？最近忙着博士入学面试，又要忙着上班攒生活费，马上就要过上无收入的日子了，我还是些许忐忑。。。。这些废话和科研无关，但是充足说明，我真的没有更多时间花在实验上了/(ㄒoㄒ)/~~最近读了一篇论文，有一...
2020-04-03 11:09:49
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原创 实验不够，综合分析来凑
最近做完了一波RNAseq分析的实验，准备选题写论文了。还上一次做序列分析还是在五年前，做的De novo assemby，Sanger\Illumina\454的测序和分析，在课题组里认识了我老公并修成了正果，哈哈哈哈，一波回忆杀。一晃眼，现在几乎是Illumina、三代测序统领江湖的时代。好了说说这两天读的《Developing an Integrated Genomic Profile ...
2020-04-02 17:34:35
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原创 保姆级有参考RNA-seq分析基本流程1（表达矩阵）
我用的基本软件trim_galore数据过滤，fastqc质量控制，hisat2做mapping，Samtools做格式转换，htseq得到表达矩阵，python合并矩阵后，调用R做富集分析，最后两步python和R做富集分析下一篇详细讲解，一步步到表达矩阵具体代码如下首先启动miniconda3环境$ source ~/anaconda3/bin/activate解压缩.g...
2020-03-18 20:30:10
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原创 RNAseq理论基础
计算机科班出身，做生物学分析难免对概念理解有些吃力，日常主要做DBA，最近领导让我转战RNAseq分析，脚本要写，理论，肯定也要有些基础的，很多高中背的滚瓜烂熟的基础知识，全都还给老师了，好吧，度娘，请从我脑海里挖出来。。。1、染色体（Chromosom）、DNA、基因(gene)染色体：DNA和蛋白质组成DNA：双链核糖核苷酸序列，可以通过转录表达蛋白质，调控生物过程基因：有遗传...
2020-03-05 17:15:23
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原创 记和blast死磕的一天
疫情耽搁了很多事情，上级催结果，慌忙把RNA-seq的分析结果交过去，然后我心心念念的gene-fusion拖了好久，gene-fusion的操作步骤，后面我做出来了就更新，现在先记录一个我今天遇到的俩大坑，有一个至今没有解决，渴望被解救。。。因为做gene-fusion必须从ncbi下载blast的nt*、human_genomic*、other_genomic*的数据，我登录进数据库就真的...
2020-03-02 20:42:05
538
原创 KEGG enrichment富集分析我至今搞不懂原因的问题
最近做了人类和小鼠的RNAseq分析，在做KEGG enrichment同时遇到相同的报错，特地截图如下：没错，就是说，Error in download.KEGG.Path(species) : 'species' should be one of organisms listed in 'http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list....
2020-02-27 22:30:55
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原创 TBtools 绘制Circos图小攻略
虽然我是一个计算机出身的生信人，快三十的我还是明显感觉Coding能力大不如从前，逻辑思考力弱爆，但是实验还是要做，论文还是要写，好吧，可以借助一些现成软件，人家一个团队现成东西肯定比我做的好太多了。OK，原谅我的排版，感谢Latex拯救我这个审美不足的小白。言归正传，先说TBtools，TBtools功能真心强大，可以说是为不想写代码的生物分析需求而生，具体强大的方法我也没有试验，因为目前主...
2020-02-27 12:59:47
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转载 GridView和CheckBox结合使用
1.前台代码http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">http://www.w3.org/1999/xhtml" > 无标题页
2018-02-01 15:40:44
1376
转载 sqlserver游标嵌套时@@FETCH_STATUS的值
游标嵌套使用时，@@FETCH_STATUS的值有时会从内部游标影响到外部的游标，使外部的游标只循环一次。这时要检查游标的使用方法。要先移动游标，然后就开始判断，为真进行进行业务逻辑处理，然后移动游标，这样就没问题了。示例如下：declare 外层游标open 外层游标fetch next ...提取外层游标行while @@FETCH_STATUS =
2016-09-28 10:02:30
5537
转载 SQL 游标使用实例
IF EXISTS(SELECT *FROM sysobjects WHERE name='sp_ContestSubmit') DROP PROC sp_ContestSubmitGO-- =============================================-- Author: zqt-- Create date: 2011-11-25-
2016-09-28 10:01:21
1992
原创 LibSVM使用方法
LibSVM是以源代码和可执行文件两种方式给出的。如果是Windows系列操作系统，可以直接使用软件包提供的程序，也可以进行修改编译；如果是Unix类系统，必须自己编译，软件包中提供了编译格式文件。一、LIBSVM 使用的一般步骤： 1) 按照LIBSVM软件包所要求的格式准备数据集； 2) 对数据进行简单的缩放操作； 3) 考虑选用RBF 核函数；
2016-01-07 20:49:49
1608
转载 httpclient 用java调用 的方式获取网页内容,
1． 读取网页(HTTP/HTTPS)内容 下面是我们给出的一个简单的例子用来访问某个页面 /* * Created on 2003-12-14 by Liudong */ package http.demo; import java.io.IOException; import org.apache.commons.httpclient.*; impo
2015-09-16 21:44:50
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转载 libSVM简易使用手册
最近在学SVM，尤其关注用SVM解决分类问题。本篇博文把学到的知识总结下来，希望对大家有所帮助。关于SVM的基础理论知识，可以google这篇文章《SVM的八股简介》，讲解得生动有趣，是入门的极好教材。作为拿来主义者，我更关心怎么用SVM，因此瞄上了台湾林智仁教授提供的libSVM。我把自己的使用过程记录下来，感觉按照下面的步骤，傻瓜应该也可以用SVM了。1. 相关程序的下载、安装
2015-07-03 16:54:29
724
转载 PU learning算法简介
（1）问题描述给定一个正例文档集合P和一个无标注文档集U（混合文档集），在无标注文档集中同时含有正例文档和反例文档。通过使用P和U建立一个分类器能够辨别U或测试集中的正例文档 【即想要精确分类U或测试集中的正例文档和反例文档】应用：从多个无标注集中学习从不可靠的反例数据中学习发现测试集中的突发文档发现异常值 （2）理论
2015-06-03 09:54:57
16794
转载 The Gene Ontology-强大的基因功能注释数据库
假设我们想搜具有某种功能的一类基因，比如具有激酶活性的基因，我们应给怎么办呢？gene ontology（http://www.geneontology.org/）,可以大致翻译为基因注释的数据库就可以帮上忙了。个人理解对于本体（ontology）的解释就是最终认识，即对于以前的不明了和不方便的基因的注释来联系起来，最终让生物学家方便的搞科研。下面摘抄了在生物统计学家园网站上的三个帖
2015-05-12 09:12:13
18438
转载 libSVM使用方法
1.首先从主页上下载libsvm、Python2.5.2和gnuplot 三个软件。 http://www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/2.准备好数据，首先要把数据转换成Libsvm软件包要求的数据格式为： label index1:value1 index2:value2 ... 其中对于分类来说label为类标识，指定数据的种类 ；对于回归来说la
2015-03-24 23:23:03
530
转载 分子描述符相关（ Molecular Descriptor）
Quantitative studies on structure-activity and structure-propertyrelationships are powerful tools in directed drug research. Inrecent years, various strategies have been developed tocharacterize and c
2015-01-20 09:30:43
10515
转载 关联规则挖掘算法综述
1 引言 关联规则挖掘发现大量数据中项集之间有趣的关联或相关联系。它在数据挖掘中是一个重要的课题，最近几年已被业界所广泛研究。关联规则挖掘的一个典型例子是购物篮分析。关联规则研究有助于发现交易数据库中不同商品（项）之间的联系，找出顾客购买行为模式，如购买了某一商品对购买其他商品的影响。分析结果可以应用于商品货架布局、货存安排以及根据购买模式对用户进行分类。Agrawal等于1993
2015-01-06 10:46:27
981
转载 LaTeX新人教程，30分钟从完全陌生到基本入门
这个三十分钟的时长，是我帮助我身边的朋友开始接触LaTeX入门的常规时间，是经验积累的结果。至于其他LaTeX教程攻略，我个人推荐是在看完这一篇之后，再随意当字典或百科全书来查阅。=============================================下面是教程正文。（正文最后应大家要求增添了附录）1.LaTeX软件的安装和使用方法A（自助）：在Mik
2014-12-21 11:30:33
2831
原创 C++ vector 容器中删除第i项
今天用到了C++的Vector ,需要查找到制定元素后另存然后删除，查找了很多vector的erase()函数，发现都用到了迭代器iterator,本人实在是不擅长用迭代的，所以经过实验，发现不用iterator也可以直接删除Vector中的第i个元素，基本例程如下：#include #include #include#includeusing namespace std;
2014-12-05 16:44:30
16549
空空如也
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