DICOM医学影像-CSDN博客

原创 11. DICOM图像显示-DCMTK-overlay覆盖层处理和源码分析

本篇文章介绍如何基于dcmtk实现Radiant软件图像overlay操作。dicom协议的overlay原理部分见文章1.9 DICOM带有overlay覆盖层图像显示（一层覆盖层）Radiant有如下overlay操作：隐藏和显示overlay数据样例图像一. 实现Radiant相同功能上图所示的DICOM图像有两层overlay，PixelData全为0。图像中显示的全是overlay数据。显示overlay数据dcmtk默认显示图像自带的overlay数据，将overlay数

2021-12-20 08:24:36 962

原创 10. DICOM图像显示-DCMTK-旋转翻转和源码分析

本篇文章介绍如何基于dcmtk实现Radiant软件图像旋转和翻转操作。Radiant图像旋转和翻转有如下操作： Rotate 90°CCW是逆时针旋转90° Rotate 90°CW是顺时针旋转90° Rotate 180°是逆时针或顺时针旋转180° Flip horizontal是水平翻转 Flipvertical是垂直翻转图像旋转和翻转有两种方法实现：显示控件图像旋转和翻转操作可以借助显示控件提供的功能实现。这种方式是依靠改变最终的灰度值图像的像

2021-12-15 09:35:24 4160

原创 9. DICOM图像显示-DCMTK-窗宽窗位调整和源码分析

radiant的窗宽窗位操作有如下几种，Default window是dicom文件中默认的窗宽窗位Full dynamic是根据dicom文件中的最大CT值和最小CT值计算的窗宽窗位Negative是反片，即CT值越小，越亮CT Adbomen等条目根据不同设备类型，显示不同。CT图像则显示预设的各个器官的标准窗宽窗位，比如腹部CT，wl=60，ww=400，能更好的显示腹部组织。核磁相关超声相关...

2021-12-10 09:29:01 2798

原创 8. DICOM图像显示-DCMTK-图像显示和源码分析

上篇文章讲了dcmtk的dcmimgle模块的DicomImage类的像素数据的多个处理过程，最终通过DicomImage类的getOutputData()获取P values值，即最终显示的灰度值。 DicomImage类封装了丰富了的图像处理方法，是dcmtk推荐使用的图像处理外部接口类。获取灰度值 DicomImage提供了两个方法获取灰度值 bits是每个采样点的位数，灰度值是8bit frame是要获取的帧数，多帧图像可以选择具体第几帧的图像灰度值，单帧图像只能使用默认值

2021-12-09 09:39:00 3860 1

原创 7. DICOM图像显示-DCMTK-像素数据的三次转换和源码分析

要显示DICOM格式的医学图像必须将原始图像数据经过一系列的转换才能得到可直接在显示设备上显示的数据(称之为P Values)。DICOM医学图像显示需要经过Modality LUT、VOI LUT、Presentation LUT三个转换过程，最终输出的P Values才是可以直接显示的图像数据。![在这里插入图片描述](https://img-blog.csdnimg.cn/f7b522e0dcf941c88eb15ad3f110902c.png)1. Modality LUT　　通常不同生产厂

2021-12-06 07:34:04 3778

原创 6. DICOM图像显示-DCMTK-像素数据获取的三种方式和源码分析

本篇文章对应的DICOM原理部分，在专栏从零讲解DICOM协议-成像协议的文章DICOM图像CT值计算和DICOM图像CT值转RGB，建议先了解原理，有助于理清代码思路。要显示DICOM图像，首先要正确获取像素数据，DCMTK有三种方式获取像素数据：dcmdata模块的getUint8Array方法dcmimgle模块的getInterData方法dcmimgle模块的getOutputData方法原理部分讲过，要将12位灰阶的CT值转换为普通显示器能显示的8位灰阶的灰度值，要进行如下几步：

2021-11-25 09:36:52 4677

原创 20. DICOM图像层级分类-DCMTK-层级分类

本篇文章对应的DICOM原理部分，在专栏从零讲解DICOM协议-成像协议的文章DICOM层级关系，建议先了解原理，有助于理清代码思路。DICOM有四个从上到下层级关系，分别是Patient（病人），Study（检查），Series（序列），Sop（图像）。 Patient可以有多个Study，Study可以有多个Series，Series可以有多个Sop。实际的意义为一个人可以做多次检查，一个检查的图像按照层厚、窗宽窗位、动静脉期等不同可以有不同的序列，一个序列需要多张图像才能完整显示扫描的器官。根

2021-11-22 10:23:21 3490

原创 5. DICOM图像层级分类-DCMTK-压缩图像PixelData读取

上篇文章讲解了dcmtk读取元素方式，但有局限性，只满足如下情况：除PixelData外的元素非压缩的PixelData如果dicom图像是压缩格式，则string pixelData = dcmParse.GetElementValue(DCM_PixelData);会报错，需要先将PixelData解压再读取。dcmtk提供两种开源解压模块，每种模块均支持无损压缩和有损压缩。dcmjpeg是jpeg压缩格式的图像编解码器，dcmjpls是jpeg-ls压缩格式的图像编解码器。DJDe

2021-11-21 18:07:39 2358

原创 4. DICOM图像层级分类-DCMTK-元素读取

dcmtk的模块如下图所示，其中基础模块是dcmdata，其他的大部分模块依赖dcmdata。dcmtk官网 dcmdata主要功能为解析dicom图像，对dicom图像进行编码和解码。主要的几个类为要对检查图像进行按序列顺序分类，首先需要读取DICOM图像中的相应元素。dcmtk将dicom文件的元数据组和数据组使用不同的对象存储。 DcmMetaInfo对象存储元数据组，DcmDataset对象存储数据组。文件解析类的头文件：class _declspec(dllexport)

2021-11-21 15:01:28 2299

原创 3. DICOM图像层级分类-DCMTK-数据字典避坑

DICOM有4000多个元素，这些元素组成了DICOM数据字典。DCMTK需要用到数据字典来解析DICOM文件。 cmake编译后生成vs工程，vs工程编译后生成的目录中有dicom.dic文件，就是dcmtk的数据字典。其内容按照DcmElement格式存储在windows和linux上dcmtk加载数据字典方式不同。dcmtk官方说明datadict.txt默认，windows上使用内置字典，linux上使用外部字典。可通过cmake配置改变加载方式windows的cmake

2021-11-21 10:58:41 1447

原创 2. DICOM图像层级分类-DCMTK-工程搭建

DCMTK的编译过程请参考DCMTK3.6.3编译，安装[Windos10平台+VS2017+Cmake3.11]环境为win10 + dcmtk3.6.3 + vs2017本篇文章的基础理论部分见专栏从零讲解DICOM协议-成像协议的文章DICOM层级关系和序列图像排序vs2017新建c++项目修改解决方案为64位平台，解决方案上鼠标右键->属性确认修改成功，项目Classify上鼠标右键->属性配置管理器选择X64此时编译解决方案，解决方案文件夹中生成x64文件夹将

2021-11-20 19:55:35 723

原创 1. DICOM高级应用专栏介绍

专栏从零讲解DICOM协议-成像协议讲解了DICOM成像协议原理。专栏从零编程实现DICOM协议-代码实现讲解了DICOM成像协议的代码实现。本专栏在上面文章的基础上，讲解DICOM图像的高级应用和代码实现，即实际产品开发过程中的一些要点、问题和解决方法。基于单张DICOM图像从图像解析到图像显示，只是图像应用的基本功能。医生往往需要查看整个检查Study的图像去分析，并且需要对单张DICOM图像进行放大，调窗，测量等操作去更进一步观察图像。一些高级应用中会对序列图像进行一些后处理，比如

2021-11-20 11:25:05 489

原创 8 DICOM成像协议编码实现-保存BMP图像

以下链接是本系列文章，不足之处，可在评论区讨论：系列文章本篇文章对应专栏从零讲解DICOM协议-成像协议中的文章DICOM图像CT值转RGB，建议先看以上文章以了解DICOM底层协议，有助于理解代码实现。上篇文章DICOM成像协议编码实现-有损压缩和无损压缩解压讲解了DICOM解析引擎的实现思路和整体代码框架，并完成读取DICOM文件至内存中的代码实现。读取文件头按照元数据组特性读取元数据组中的各个DataElement按照数据组特性读取数据组中的各个DataElement如果Pi

2021-11-19 09:31:07 985

原创 7 DICOM成像协议编码实现-有损压缩和无损压缩解压

以下链接是本系列文章，不足之处，可在评论区讨论：系列文章本篇文章对应专栏从零讲解DICOM协议-成像协议中的文章DICOM成像协议剖析和DICOM成像协议实现思路，建议先看以上两篇文章以了解DICOM底层协议，有助于理解代码实现。上篇文章DICOM成像协议编码实现-读取元素讲解了DICOM解析引擎的实现思路和整体代码框架，并完成读取DICOM文件至内存中的代码实现。读取文件头按照元数据组特性读取元数据组中的各个DataElement按照数据组特性读取数据组中的各个DataElemen

2021-11-19 08:41:37 1435

原创 6 DICOM成像协议编码实现-读取元素

以下链接是本系列文章，不足之处，可在评论区讨论：系列文章本篇文章对应专栏从零讲解DICOM协议-成像协议中的文章DICOM成像协议剖析和DICOM成像协议实现思路，建议先看以上两篇文章以了解DICOM底层协议，有助于理解代码实现。上篇文章DICOM成像协议编码实现-数据组解析讲解了DICOM解析引擎的实现思路和整体代码框架，并完成读取DICOM文件至内存中的代码实现。读取文件头按照元数据组特性读取元数据组中的各个DataElement按照数据组特性读取数据组中的各个DataEleme

2021-11-18 09:25:57 133

原创 5 DICOM成像协议编码实现-数据组解析

以下链接是本系列文章，不足之处，可在评论区讨论：系列文章本篇文章对应专栏从零讲解DICOM协议-成像协议中的文章DICOM成像协议剖析和DICOM成像协议实现思路，建议先看以上两篇文章以了解DICOM底层协议，有助于理解代码实现。上篇文章DICOM成像协议编码实现-元数据组解析讲解了DICOM解析引擎的实现思路和整体代码框架，并完成读取DICOM文件至内存中的代码实现。读取文件头按照元数据组特性读取元数据组中的各个DataElement本篇文章将继续进行以下几部分的代码思路讲解和实

2021-11-18 08:39:35 187

原创 4 DICOM成像协议编码实现-元数据组解析

以下链接是本系列文章，不足之处，可在评论区讨论：系列文章本篇文章对应专栏从零讲解DICOM协议-成像协议中的文章DICOM成像协议剖析和DICOM成像协议实现思路，建议先看以上两篇文章以了解DICOM底层协议，有助于理解代码实现。上篇文章DICOM成像协议编码实现-文件头解析讲解了DICOM解析引擎的实现思路和整体代码框架，并完成读取DICOM文件至内存中的代码实现。读取文件头本篇文章将继续进行以下几部分的代码思路讲解和实现：按照元数据组特性读取元数据组中的各个DataEleme

2021-11-18 07:39:06 267

原创 3 DICOM成像协议编码实现-文件头解析

以下链接是本系列文章，不足之处，可在评论区讨论：系列文章本篇文章对应专栏从零讲解DICOM协议-成像协议中的文章DICOM成像协议剖析和DICOM成像协议实现思路，建议先看以上两篇文章以了解DICOM底层协议，有助于理解代码实现。上篇文章讲解了DICOM解析引擎的实现思路和整体代码框架，并完成读取DICOM文件至内存中的代码实现。本篇文章将继续进行以下几部分的代码思路讲解和实现：读取文件头到文件头对象中按照元数据组特性读取元数据组中的各个DataElement按照数据组特性读取

2021-11-17 09:31:47 450

原创 2 DICOM成像协议编码实现-主框架搭建

以下链接是本系列文章，不足之处，可在评论区讨论：系列文章此部分代码的开发工具：操作系统win10开发语言 C++开发工具vs2013本篇文章对应专栏从零讲解DICOM协议-成像协议中的文章DICOM成像协议剖析和DICOM成像协议实现思路，建议先看以上两篇文章以了解DICOM底层协议，有助于理解代码实现。协议剖析文章中阐述了，DICOM图像主要由以下几部分组成：文件头元数据组数据组除文件头外，元数据组和数据组都是由DICOM协议中的DataElement结构组成DataEl

2021-11-17 08:23:11 503

原创 1 专栏介绍

本专栏为DICOM协议-成像协议相关的代码实现，主要以本人自己写的DICOM解析引擎来讲解，后续也会加入一些开源框架的源码分析。 DICOM协议相关原理部分在专栏从零讲解DICOM协议-成像协议中，本专栏为相应的代码实现。有人可能疑惑已经有了不少开源框架，为什么还要造轮子呢？确实基于开源框架可以解决大部分问题，但可能就是因为不了解DICOM底层实现，导致对小部分问题无从下手。经济基础决定上层建筑，底层原理决定上层应用。个人认为造轮子有如下好处：了解协议底层原理后，再看上层应用，

2021-11-16 09:03:21 7080

原创 1.12 DICOM彩色图像

以下链接是本系列文章，不足之处，可在评论区讨论：系列文章一般CT图像存储的是CT值，转换为灰度值显示。一个序列CT图像三维重建后，通常使用不同的颜色来区分各器官，将三维图像旋转，可以在不同角度观察。按照旋转的方向，将三维图像保存为一个序列的DICOM格式的二维图像，便于和原始DICOM图像一同保存到PACS中，便于影像科医生和门诊医生查阅和对比。 RGB格式的CT图像，可以进行窗宽窗位调整，但长度测量只能以px（像素个数）为单位，无法获取mm为单位的长度。可以看到图像是RGB格式存储，

2021-11-12 09:18:49 2753

原创 1.11 DICOM带有overlay覆盖层图像显示（原始数据）

部分DICOM数据在原始图像上做了标记，便于直接查看标记结果。这种图像要先提取CT像素数据，然后提取overlay层数据，分别转成灰度值，然后叠加图像显示。要注意的是CT像素数据转换的灰度值R=G=B，overlay数据一般为彩色，便于同CT像素数据区分。CT像素转换灰度值见文章DICOM图像CT值计算DICOM图像CT值转RGBoverlay层数据转灰度值见文章DICOM带有overlay覆盖层图像显示（一层覆盖层）如有需要，可下载以下链中的DICOM图像DICOM图像

2021-11-12 07:31:13 1205

原创 1.10 DICOM带有overlay覆盖层图像显示（多层覆盖层）

多层overlay数据，相当于几个覆盖层叠加显示。如图，DICOM图像没有有意义的CT像素数据（全为0），有两层覆盖层，区别在于第一层和第二层相对于图像数据的像素坐标不同。图像解析思路如同一层覆盖层，只不过在图像像素数据上叠加覆盖层数据，最终呈现的是几层图像叠加后的数据。...

2021-11-11 19:19:53 1197

原创 1.9 DICOM带有overlay覆盖层图像显示（一层覆盖层）

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2021-11-11 08:53:32 1867 3

原创 1.8 序列图像排序

上篇文章介绍了图像的层级关系及分类方法，本篇文章介绍分类后的图像如何排序。Patient的多个Study一般按检查时间(0008,0020) Study Date来排序，医生可以对照前后的检查图像观察病情。Study的多个Series一般按序列号(0020,0011) Series Number来排序， Series Number是整形数字，一般Study的多个Series排序无意义。Series的多个sop一般按照实例号(0020,0013) Instance Number排序，图像按照扫描顺

2021-11-09 09:44:32 1082

原创 1.7 DICOM层级关系

上篇讲解了CT DICOM图像的一些基本操作，一张常见的图像从DataElement解析到图像显示和操作基本完成。但也存在较多较特殊的DICOM图像，图像显示和操作计算方式不同。在介绍这些图像之前，本篇文章先阐述一下DICOM的层级关系。打开一个检查的图像，左侧会分类显示，这就是按DICOM的层级关系分类的DICOM有四个从上到下层级关系，分别是Patient（病人），Study（检查），Series（序列），Sop（图像）。Patient可以有多个Study，Study可以有多个Series，Se

2021-11-09 09:11:09 907

原创 1.6 DICOM图像的基本操作

上篇文章讲解了DICOM图像CT值转RGB，图像显示出来就可以对图像进行一些操作。如图DICOM图像基本操作有窗宽窗位调节，移动，缩放，测量，旋转等操作。其中移动，缩放，旋转等操作是显示控件如Canvas，本身就可实现的功能。窗宽窗位和测量需要借助DICOM图像中的tag信息。上节已经讲了如何根据窗宽窗位调节实现CT值转灰度值，一般按下鼠标左键水平方向移动是改变窗宽的值，垂直移动是改变窗位的值，倾斜移动同时改变窗宽窗位的值。一般CT图像有512 * 512 个像素。鼠标水平移动经过一个像素，窗宽

2021-11-08 20:56:23 1625

原创 1.5 DICOM图像CT值转RGB

上篇文章介绍了如何手动实现CT值计算。获得CT图像的CT值后并不能直接显示，因为CT值一般是12bit灰阶，而一般的显示器是8bit灰阶，无法全部显示所有的像素。(0028,0004) Photometric InterpretationCT图像Photometric Interpretation有以下几种类型：Monochrome2 一般的灰度图像都采用这种，Pixel值越大，图像就越白。Monochrome1 只有部分CR, DR图像使用，Pixel值越大，图像就越黑。(0028,0

2021-11-07 18:13:05 1223

原创 1.4 DICOM图像CT值计算

上一篇文章分析了如何解析DICOM图像，将内存中的数据按照DataElement提取出来，再根据DICOM图像类型提取成像相关的DataElement进行计算，最后将数据按照普通的RGB方式展现。主要流程如图所示：不同设备产生的DICOM图像像素格式不同，比如CT图像保存的是Hu值，超声（US）图像保存的是RGB值。以最常见的CT图像举例：CT值的单位是Hounsfield，简称为Hu，范围是 -1024-3071，数据范围是4096。用于衡量人体组织对X射线的吸收率，设定水的吸收率为0Hu。C

2021-11-07 17:25:42 3064

原创 1.3 DICOM成像协议实现思路

DCMTK和Dcm4chee等框架已经实现了DICOM协议解析，可以方便的读取DICOM的Tag信息，从而显示DICOM图像。但这些框架底层实现逻辑复杂，遇到不规范DICOM图像，可能解析失败，需要深入底层源码查找问题。而如果对DICOM协议了解不够深入和全面，则定位问题、修改bug会比较费劲。因此手写一个简单的DICOM成像解析引擎，对理解DICOM协议底层实现会有很大的帮助。前面说过，DICOM 文件一般由一个DICOM 文件头和一个DICOM 数据集合组成。因此，DICOM成像协议实现

2021-11-07 11:31:17 533

原创 1.1 DICOM协议简介及应用

1. 协议简介DICOM（Digital Imaging and Communications in Medicine）即医学数字成像和通信，从名字可以看出DICOM协议包含两部分，即成像部分和通信部分。Dicom是个标准集，而不是单个标准DICOM标准中涵盖了医学数字图像的采集、归档、通信、显示及查询等几乎所有信息交换的协议；以开放互联的架构和面向对象的方法定义了一套包含各种类型的医学诊断图像及其相关的分析、报告等信息的对象集；定义了用于信息传递、交换的服务类与命令集，以及消息的标准响应；详述了

2021-11-07 09:53:23 3148

原创 1.2 DICOM成像协议剖析

1. 首先推荐几个DICOM工具DICOM查看软件Radiant，可以在windows和linux上安装。可以查看元数据，基本操作工具，mpr和三维图像。其体积很小，图像加载速度超快。https://radiantviewer.cn/。dicom tag查阅网站 https://dicom.innolitics.com/ciods，可以方便和查看DICOM协议规定的tag信息和释义。不同于普通的jpg图像，DICOM图像保存了大量的和图像成像无关的病人信息，如病人姓名、性别等信息，和成像相关的窗宽

2021-11-06 22:19:43 1099

原创我的DICOM学习之路

本人有近十年医疗行业技术开发经验，尤其在医学影像处理方面有一定的技术积累，开发过基于传统算法处理的三维重建系统和人工智能处理的辅助诊断系统。在刚开始接触DICOM图像时，由于历史原因使用了一个远古的框架，这个框架早就停止更新了，因此底层存在不少bug，对部分DICOM图像兼容性不好。当时公司内没有了解DICOM协议的，只能自己硬着头皮一边查资料看DICOM英文协议，一边看框架源码，对照协议修改框架源码。远古框架只有32位版本，没有64位版本，三维重建操作容易内存不足。随着对DICOM协议越来越熟悉，便想

2021-11-06 18:14:22 749 1

dcmtk，c++，四个从上到下层级关系分类，分别是Patient，Study，Series，Sop

C++，dcmtk，gdcm实现dicom图像解压缩，信息读取，支持jpeg，jpeg2000，jpeg-l

dicom成像程序.rar

DICOM超声图像，包括单帧图像和多帧图像

一个完整检查的MR核磁图像，6个序列

DICOM图像，DR和CR图像，可以查看DR和CR

DICOM图像，overlay层，包含只有一层overlay，两侧overlay，overlay加原始图像三种DICOM图像

各种压缩格式的CT图像

完整序列210张CT图像 DICOM薄层数据

fpga精粹 程序编程逻辑

空空如也

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