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原创 神器！Stork文献鸟：你的文献管家
Stork文献鸟是由斯坦福大学成员开发的文献追踪的小工具，只需注册并设置好关键词，就会收到相应的文章。不仅如此，还可以对期刊，影响因子等进行筛选，有的放矢得找到感兴趣的内容。Stork最新推出了翻译功能，文章标题下方注有翻译，这对英文不好的我来讲太方便了。以前使用Stork时，尽管每个关键字只推送了10多篇，但一篇篇读下去也需要时间，有时还要谷歌翻译一下。现在好啦，几秒钟的时...
2019-03-05 11:29:47
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原创 关于Freesurfer提取annotation分区结构特征的命令mri_segstats
Freesurfer提供了基于分区模板提取常规特征（area, volume, thickness,thicknessstd, meancurv, gauscurv, foldind, curvind）的指令mris_anatomical_stats+aparcstats2table还有可以提取从fMRI或DWI产生的结果以及一些特殊的结构特征（如LGI）的指令mri_segstats。常规特征的提取比较简单，将mris_anatomical_stats+aparcstats2table结合使用即可。.
2021-05-15 17:48:16
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原创 脑科学读物阅读笔记系列 - 拉马钱德兰《脑中魅影》- 3.追踪幻影
Part 1. 舞动的幻肢上一章内容我们对作者研究幻肢痛做了回顾，简单得讲大脑之中绝无无用之地，尽管肢体被截断，但是大脑中负责肢体感应的部分很快会开始执行其他功能，因此会产生截肢依然存在甚至感受到从截肢上传来的疼痛，这一过程叫做大脑的功能重组。但是是否只有我们的感觉会被欺骗？其余的五感是否也会如此呢？让我们把目光依然投射到幻肢病人身上。一位生来就没有双臂的患者（只有上臂的一小截），在与人谈...
2019-04-30 15:02:11
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原创 Diffusion MRI的纤维重建算法解析--DTI，ball-and-sticks model，CSD，DSI，QBI，GQI
一. 什么是纤维重建对结构MRI影像分析比较了解的话一定听过DTI，即DIffusion Tensor Image，初学时我以为DTI跟fMRI, T1类似，也是磁共振影像的一种，可以用来表征大脑内的神经纤维。但是这种认知是错误的，实际上应该是DWI（Diffusion Weighted Imaging），即扩散加权影像，它通过对水分子在多方向上的扩散程度进行成像，从而表征神经纤维的走向。...
2019-04-11 14:41:46
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原创 脑科学读物阅读笔记系列 - 拉马钱德兰《脑中魅影》- 2. 幻肢痛
Part 1. 彭菲尔德侏儒--大脑映射图我们已经知道，大脑是人体所有活动的中枢器官，我们的日常生活全部由大脑操控，那么理解大脑如何实现操控，就是脑科学研究的一个重要方面。关于大脑的操控方式有两种主流的观点，第一种是整体论，即执行某种功能时需要所有脑区的参与；第二种与之对立，则是功能分区论，一部分脑区对应一部分功能。现在我们知道并非所有的行动都需要整个大脑的参与，但也不仅仅是一个孤立的脑区就可...
2019-03-29 15:18:27
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原创 脑科学读物阅读笔记系列 - 拉马钱德兰《脑中魅影》- 1.初识大脑
Part 1. 他们是疯了么？一名男子从青春期开始患有颞叶癫痫，此后声称自己 “能够与上帝交谈”；一位运动员在一次事故中失去了一条臂膀，但是他感到自己仍然存在一条“幽灵臂膀”，他可以肆意挥舞这只隐形的手臂，触摸东西，甚至当他“握住”一个咖啡杯时，如果有人突然拿走这个杯子，他会痛得直叫“哎呀你拽到我的指头了！”；一名护士不仅视野中存在很大范围的盲点，而且还能看到卡通人物出现她的面前，“看...
2019-03-24 23:05:46
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原创 脑科学读物阅读笔记系列 - 拉马钱德兰《脑中魅影》- 0.前言
人作为万物之灵，区别于其他生物的最不同之处，在于人的思维、意识、语言等等方面，以前人们认为灵之所在是心脏，可能是由于心脏停止跳动之后人便死了，因此中文造词中都会将心字旁，树心旁带入到表征心理，心智的词汇上，这一点中外都是一致的，古希腊哲学家亚里士多德甚至认为脑是心脏的散热器！而医学之父，古希腊医生希波克拉底是第一位认识到脑的作用的人，他在专门讨论脑疾病的《论神奇的疾病》一文中写道：“人们应...
2019-03-04 13:15:18
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原创 追踪文献，查基金，找科研大神，stork全部帮你做到！
注册网址 http://www.storkapp.me/?ref=14500你有过不知如'z何及时获知最新领域内最h新科研进展的困扰么？Stork（文献鸟）可以帮到你。Stork（文献鸟）是一款由斯坦福大学成员开发的免费的文献追踪的软件。输入你的邮箱和关键词，Stork会定期将最新的相关文献推送给你，并且还标注出每篇文章的影响因子并按IF从高到低排序。Stork的高级搜索功能还支持从简...
2018-09-16 10:30:02
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原创 sMRI剥脑壳--基于FSL_BET
1.终端输入fsl后打开BET输入图像位置，生成图像位置，设置图像密度阈值f（f值越小，切割大脑轮廓设定越大）, 选择bet执行算法，点击Go运行2.参数选择（点击Advanced options）-f<f> fractional intensity threshold (0->1); default=0.5; smaller values give la...
2018-09-14 15:17:04
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原创 MRI图像转格式
1.数据来源及格式西门子/GE：DICOM飞利浦: PAR/REC根据主流仪器西门子和GE产生的数据格式，因此DICOM格式比较多，本文只作此介绍：如图示，原始类型DICOM以及转格式后的3D，4D文件由头文件和影像组成，其中4D是指一条时间轴上的所有3D影像2.从DICOM格式转NifTI格式(.nii) 根据转换后的维度分为多张3D文件和一张4D文件，张数为...
2018-09-14 15:01:36
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原创 详解MATLAB之freqz()函数
一 函数调用介绍MATLAB提供了专门用于求离散系统频响特性的函数freqz()，调用freqz()的格式有以下几种：(1)[H,w]=freqz(B,A,N); %N默认值为512(2)[H,w]=freqz(B,A,N,'whole');(3)[H,w]=freqz(B,A,[自定义区间]);上式中B和A分别对应离散系统的系统函数H(z)的分子、分母多项式的系数向量： B=[b1...
2018-03-05 12:54:50
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原创 SurfStat Toolbox 使用说明
SurfStat软件包画图使用说明 Nature最近有一篇研究婴儿时期大脑体积，表面积对幼儿自闭症预测的研究：Early brain development in infants at high risk for autism spectrum disorder。方法部分使用了多种主流机器学习方法，看完能对机器学习预测方法的流程有一个比较清晰的认识，可以联系我liu...
2017-05-17 10:52:06
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原创 FDR校正的程序实现及严格程度对比
FDR校正的程序实现及严格程度对比前言 做统计分析就离不开P value<0.05，而写过科研文章的人也都知道没有经过FDR校正的P值就像一盘散沙，不用风吹，走两步自个儿就散了。那么FDR校正这个让人又爱又恨的东西是什么呢？又是如何实现呢？ 原理是这样：设总共有m个候选基因，每个基因对应的p值从小到大排列分别是 p(1),p(2),...
2017-05-13 10:40:12
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原创 追踪文献好助手!stork文献鸟使用介绍
注册网址：http://www.storkapp.me/?ref=14500 作为一只科研狗，业界大牛的文章是我的好伙伴，不仅要掌握领域内的研究方向，还要及时追踪研究课题的新发现。但每天在Pubmed等网站逐一浏览相关文献，往往事半功倍。 后来，师兄向我推荐了神器Stork：Stork 文献鸟是由斯坦福大学成员开发的文献追踪的小工具，只需注册并设置好关键词，就会收到相应的文章。不仅如
2017-05-06 13:25:45
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原创 用R软件包ROCR画ROC曲线
ROC曲线可以简单、直观得观察分析方法的临床准确性，并可用肉眼作出判断。ROC以真阳性率（灵敏度FPR）为纵坐标，假阳性率（1-特异度TPR）为横坐标绘制的曲线，可准确反映某分析方法特异性和敏感性的关系，是试验准确性的综合代表。ROC曲线不固定分类界值，允许中间状态存在，利于使用者结合专业知识，权衡漏诊与误诊的影响，选择一更佳截断点作为诊断参考值。提供不同试验之间在共同标尺下的直观的比较，ROC曲
2017-04-19 16:56:42
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原创 ICA与双回归分析（Dual_Regression）
简单来讲，双回归分析是ICA的一个延伸分析，旨在将ICA的组成分结果映射回单个样本中，从而计算其组差异。许多针对大脑的功能影像数据研究的文章采用过这种方法，在此不赘述。下面进入实现部分：一. 软件准备1.Linux系统2.FSL：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation二.数据准...
2017-03-21 22:05:03
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原创 libsvm（MATLAB版本）安装与使用
一.下载libsvm1.libsvm - 3.22 : https://github.com/cjlin1/libsvm 配套使用MATLAB2013以上，VisualStudio2015以上2.libsvm - 3.17 : http://download.csdn.net/download/wzh_xwjh/5648969 配套使用MATLAB2012a，VisualStudio2
2017-03-09 11:31:42
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原创 详解MATLAB之MAX函数
一：MAX函数的几种形式 (1)max(a) (2)max(a,b) (3)max(a,[],dim) (4)[C,I]=max(a) (5)[C,I]=max(a,[],dim) 二：举例介绍用法(1)max(a) 若a为矩阵，max(a)就是找出矩阵每列的最大值如a=[1,2,3; 4,5,6]，返回值为 max(a)=[4,5,6] (
2017-03-08 17:45:19
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