RSS订阅原创 20230307 Mac M1 install open-source pymol-安装开源版本pymol
运行以下命令即可实际会遇到的问题：下载错误许多包都难以下载成功，报以下错误解决：修改hosts文件，追加DNS即使修改了hosts，也会下载失败，多下载几次可以成功ip可以在https://www.ipaddress.com 查询在控制台中输入pymol即可启动https://blog.csdn.net/weixin_45725149/article/details/123698134覆盖删掉dmg成功，缺陷就是只能从控制台启动pymolhttps://zhuanlan.zhihu.
2023-03-07 11:22:51
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原创 pycharm 无法显示matplotlib的绘图 - 查询显示绘图的backend - Agg -module://backend_interagg
结合前面的尝试发现，pycharm中plt无法显示图片是因为导入的其他包修改了绘图的backend，因此只需要新建一个python文件，以减少导入的其他包改变backend。在这个新建的文件夹中，查询默认的backend，然后在目标代码中将backend修改成查询到的backend即可。新建.py 文件查询backendmatplotlib . get_backend() # 输出： 'module://backend_interagg'在目标代码绘图之前设置backend。
2022-09-28 23:30:37
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原创 mendeley 安装Microsoft Word 插件 报错及解决
参考文献： https://blog.csdn.net/qq_43201403/article/details/107760798。
2022-08-31 15:30:35
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原创 20220609 leetcode 436 寻找最右区间
中等难度给你一个区间数组 intervals ，其中 intervals[i] = [starti, endi] ，且每个 starti 都 不同 。区间 i 的 右侧区间 可以记作区间 j ，并满足 startj >= endi ，且 startj 最小化 。返回一个由每个区间 i 的 右侧区间 在 intervals 中对应下标组成的数组。如果某个区间 i 不存在对应的 右侧区间 ，则下标 i 处的值设为 -1 。示例 1：输入：intervals = [[1,2]]输出：[-1]解释：集合中只有一
2022-06-09 23:38:28
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原创 LeetCode 829. 连续整数求和
问题： 给定一个正整数，返回连续正整数满足所有数字之和为的组数。若有连续正整数,,…,之和为，由等差数列的求和公式可知KaTeX parse error: No such environment: gather at position 8: \begin{̲g̲a̲t̲h̲e̲r̲}̲n = ka + k(k -…容易看出若有满足条件的和，则的值由决定。由于和相差一个奇数，只需算出有多少种分解，使得与的奇偶性不同。将写成n=2rt,n = 2^rt,n=2rt,则的每个因子都对应上述的一个分
2022-06-06 09:09:11
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原创 LeetCode 69. 牛顿法求平方根
LeetCode 69: 牛顿法求平方根题目来源：力扣（LeetCode）链接：https://leetcode-cn.com/problems供稿： 魏成设 x 是一个正数，牛顿法求 x 的平方根的迭代公式为r0=xrn+1=rn+x/rn2\begin{aligned}r_0 &= x\\r_{n + 1} &= \frac{r_n + x / r_n}{2}\end{aligned}r0rn+1=x=2rn+x/rn牛顿法收敛速度很快。粗略来说，
2022-04-22 23:07:12
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原创 20220419 matplotlib pyplot 绘图_线形
字符类型字符类型 '-' 实线'--'虚线'-.'虚点线':'点线'.'点','像素点'o'圆点'v'下三角点'^'上三角点'<'左三角点'>'右三角点'1'下三叉点'2'上三叉点'3'左三叉点'4'右三叉点's'正方点'p'五角点'*'星形点'h'六边形点1'H'六边形点2'+'加号点'x'乘号点'D'实心菱形点'd'瘦菱形点....
2022-04-19 23:23:17
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原创 20211221 - 可视化RNA二级结构-主要是arc diagram
文章目录成功 VARNA （基于Java的jar）失败的尝试 - RChie/R4RNA其他包 arc-diagrams成功 VARNA （基于Java的jar）官方下载VARNA 的jar包安装 java running，即 jre然后选这个文件夹下/bin/java.exe 打开jar上述jar包即可显示窗口GUI上只能显示这一种图，命令行不指定输出目录，即 -o 参数，则也可以打开GUI显示，但是指定算法的命令不起作用查看相关命令四种二级结构展示形式，直接输出到文件打开
2021-12-21 22:34:49
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原创 Keras：GPU利用率不高， 循环调用模型的时候内存溢出
问题：GPU利用率低下， 307MiB / 32510MiB尝试解决增加batch_size 也没有效果，超过某个数就内存溢出了==》 说明非batch_size 过小导致这个问题如果在一块卡上再启动一个进程来训练模型，只能再叠加一个305Mib，并且程序在运行中可能出现内存溢出问题五折交叉验证的时候，第一折跑完了，跑第二折的时候，内存溢出，是因为前面训练时占用的内存没有释放掉。可能是由于代码首部指定的使用GPU的方式引起的指定GPU训练模型这是组里祖传的代码，不修改代码的情况下，直接在
2021-11-22 20:06:05
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原创 Keras 在 fit 时候的 callback 函数，ModelCheckpoint ，EarlyStopping，TensorBoard
tensorboard = tf.keras.callbacks.TensorBoard(log_dir=self.log_dir, histogram_freq=1)callbacks = [ # This callback saves a SavedModel every epoch # We include the current epoch in the folder name. keras.callbacks.Model
2021-11-22 17:06:30
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原创 Keras 单机多卡，多机多卡的使用方式 笔记
单机多卡，多机多卡的使用方式官方教程 ：https://keras.io/guides/distributed_training/#singlehost-multidevice-synchronous-training教程主要内容分布式计算有两种，一种是数据并行，一种是模型并行数据并行只需要修改少量代码模型比较简单的话，并行数据即可数据并行原理和实现这里讨论数据并行实现原理一个batch_size的数据分配到多个设备上面每个设备独立计算，直到分配的数据计算完毕合并各个设备上的模型
2021-11-22 16:26:13
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原创 leetcode 373. 查找和最小的K对数字 - 不带visited数组的表格图遍历 - 字典嵌套初始化
文章目录思路方案1 基础代码 超时方案1 优化1 通过方案1 优化2 通过方案2 其他人的题解收获给定两个以升序排列的整数数组 nums1 和 nums2 , 以及一个整数 k 。定义一对值 (u,v)，其中第一个元素来自 nums1，第二个元素来自 nums2 。请找到和最小的 k 个数对 (u1,v1), (u2,v2) … (uk,vk) 。示例 1:输入: nums1 = [1,7,11], nums2 = [2,4,6], k = 3输出: [1,2],[1,4],[1,6]解
2021-10-28 15:57:59
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原创 leetcode - LCP 42. 玩具套圈 -二分 -坐标映射 -区间查找 - 坐标范围快速查找
LCP 42. 玩具套圈「力扣挑战赛」场地外，小力组织了一个套玩具的游戏。所有的玩具摆在平地上，toys[i] 以 [xi,yi,ri] 的形式记录了第 i 个玩具的坐标 (xi,yi) 和半径 ri。小扣试玩了一下，他扔了若干个半径均为 r 的圈，circles[j] 记录了第 j 个圈的坐标 (xj,yj)。套圈的规则如下：若一个玩具被某个圈完整覆盖了（即玩具的任意部分均在圈内或者圈上），则该玩具被套中。若一个玩具被多个圈同时套中，最终仅计算为套中一个玩具请帮助小扣计算，他成功套中了多少玩具。
2021-09-18 15:47:37
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原创 leetcode 218. 天际线问题 -困难题目- 矩形覆盖 -线段树 - 坐标离散
姊妹篇leetcode 223. 矩形面积 - 850. 矩形面积 II - 坐标投影 -线段覆盖 - 有效区间计算 -pow 指数计算 -含默认值的字典-有序列表-counter城市的天际线是从远处观看该城市中所有建筑物形成的轮廓的外部轮廓。给你所有建筑物的位置和高度，请返回由这些建筑物形成的 天际线 。每个建筑物的几何信息由数组 buildings 表示，其中三元组 buildings[i] = [lefti, righti, heighti] 表示：lefti 是第 i 座建筑物左边缘的 x
2021-09-15 15:21:09
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原创 leetcode 162. 寻找峰值 -迭代爬坡-非有序列表上的二分
峰值元素是指其值严格大于左右相邻值的元素。给你一个整数数组 nums，找到峰值元素并返回其索引。数组可能包含多个峰值，在这种情况下，返回 任何一个峰值 所在位置即可。你可以假设 nums[-1] = nums[n] = -∞ 。你必须实现时间复杂度为 O(log n) 的算法来解决此问题。示例 1：输入：nums = [1,2,3,1]输出：2解释：3 是峰值元素，你的函数应该返回其索引 2。来源：力扣（LeetCode）链接：https://leetcode-cn.com/problem
2021-09-15 13:29:53
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原创 leetcode 2002. 两个回文子序列长度的最大乘积 - 比特位 - 状态压缩
文章目录思路1 dfs 每个位置三种选择 - 超时思路1 dfs 根据回文串首尾字符串相等的特性优化思路2 dfs 短回文中插入字符或者回文 - 通过给你一个字符串 s ，请你找到 s 中两个 不相交回文子序列 ，使得它们长度的 乘积最大 。两个子序列在原字符串中如果没有任何相同下标的字符，则它们是 不相交 的。请你返回两个回文子序列长度可以达到的 最大乘积 。子序列 指的是从原字符串中删除若干个字符（可以一个也不删除）后，剩余字符不改变顺序而得到的结果。如果一个字符串从前往后读和从后往前读一模一样，
2021-09-14 17:31:52
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原创 leetcode 223. 矩形面积 - 850. 矩形面积 II - 坐标投影 -线段覆盖 - 有效区间计算 -pow 指数计算 -含默认值的字典-有序列表-counter
223. 矩形面积给你 二维 平面上两个 由直线构成的 矩形，请你计算并返回两个矩形覆盖的总面积。每个矩形由其 左下 顶点和 右上 顶点坐标表示：第一个矩形由其左下顶点 (ax1, ay1) 和右上顶点 (ax2, ay2) 定义。第二个矩形由其左下顶点 (bx1, by1) 和右上顶点 (bx2, by2) 定义。输入：ax1 = -3, ay1 = 0, ax2 = 3, ay2 = 4, bx1 = 0, by1 = -1, bx2 = 9, by2 = 2输出：45来源：力扣（Lee
2021-09-14 10:24:13
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原创 leetcode1894. 找到需要补充粉笔的学生编号 -增量数组-取余-二分查找
一个班级里有 n 个学生，编号为 0 到 n - 1 。每个学生会依次回答问题，编号为 0 的学生先回答，然后是编号为 1 的学生，以此类推，直到编号为 n - 1 的学生，然后老师会重复这个过程，重新从编号为 0 的学生开始回答问题。给你一个长度为 n 且下标从 0 开始的整数数组 chalk 和一个整数 k 。一开始粉笔盒里总共有 k 支粉笔。当编号为 i 的学生回答问题时，他会消耗 chalk[i] 支粉笔。如果剩余粉笔数量 严格小于 chalk[i] ，那么学生 i 需要 补充 粉笔。请你返回需
2021-09-10 11:00:02
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原创 2021-09-09 文献阅读 Predicting circRNA-disease associations based on autoencoder and graph embedding
Predicting circRNA-disease associations based on autoencoder and graph embedding文章链接 https://doi.org/10.1016/j.ins.2021.04.073摘要Circular RNAs (circRNAs) are a special kind of non-coding RNA.They play important regulatory role in diseases through intera
2021-09-09 15:20:27
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原创 leetcode 264. 丑数 II - 动态规划
给你一个整数 n ，请你找出并返回第 n 个 丑数 。丑数 就是只包含质因数 2、3 和/或 5 的正整数。示例 1：输入：n = 10输出：12解释：[1, 2, 3, 4, 5, 6, 8, 9, 10, 12] 是由前 10 个丑数组成的序列。示例 2：输入：n = 1输出：1解释：1 通常被视为丑数。提示：1 <= n <= 1690来源：力扣（LeetCode）链接：https://leetcode-cn.com/problems/ugly-number-ii
2021-09-09 14:10:37
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原创 leetcode 502. IPO困难-大根堆 - 小根堆-有序列表
假设 力扣（LeetCode）即将开始 IPO 。为了以更高的价格将股票卖给风险投资公司，力扣 希望在 IPO 之前开展一些项目以增加其资本。 由于资源有限，它只能在 IPO 之前完成最多 k 个不同的项目。帮助 力扣 设计完成最多 k 个不同项目后得到最大总资本的方式。给你 n 个项目。对于每个项目 i ，它都有一个纯利润 profits[i] ，和启动该项目需要的最小资本 capital[i] 。最初，你的资本为 w 。当你完成一个项目时，你将获得纯利润，且利润将被添加到你的总资本中。总而言之，从
2021-09-09 09:46:45
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原创 ncbi 关键字组合查询bioProjectID - 爬虫
问题有两种关键字，需要在ncbi上面进行查询，返回bioProjectID查询完发现网站地址如下：这就是我们需要请求的页面https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=(frontal%5BAll+Fields%5D+AND+ASD%5BAll+Fields%5D)+AND+%22org+human%22%5BFilter%5D点击查看此时的网页1 处是我们的筛选条件2 处是我们需要返回的bioProjectID请求地址是： 'https://w
2021-09-06 17:05:12
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原创 leetcode 470. 用 Rand7() 实现 Rand10() -拒绝采样法
文章目录方法1 - 失败 - 部分数字得不到方法2 - 失败 - 生成的随机数不均匀方法3- 官方题解 - 通过方法4 - 通过 - 在官方题解基础上，使拒绝采样的区域尽可能小已有方法 rand7 可生成 1 到 7 范围内的均匀随机整数，试写一个方法 rand10 生成 1 到 10 范围内的均匀随机整数。不要使用系统的 Math.random() 方法。示例 1:输入: 1输出: [7]示例 2:输入: 2输出: [8,4]示例 3:输入: 3输出: [8,1,10]来源：力扣（
2021-09-05 16:31:19
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原创 leetcode 剑指 Offer II 013. 二维子矩阵的和
给定一个二维矩阵 matrix，以下类型的多个请求：计算其子矩形范围内元素的总和，该子矩阵的左上角为 (row1, col1) ，右下角为 (row2, col2) 。实现 NumMatrix 类：NumMatrix(int[][] matrix) 给定整数矩阵 matrix 进行初始化int sumRegion(int row1, int col1, int row2, int col2) 返回左上角 (row1, col1) 、右下角 (row2, col2) 的子矩阵的元素总和。示例 1：
2021-09-05 15:42:41
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原创 leetcode 740. 删除并获得点数
给你一个整数数组 nums ，你可以对它进行一些操作。每次操作中，选择任意一个 nums[i] ，删除它并获得 nums[i] 的点数。之后，你必须删除 所有 等于 nums[i] - 1 和 nums[i] + 1 的元素。开始你拥有 0 个点数。返回你能通过这些操作获得的最大点数。示例 1：输入：nums = [3,4,2]输出：6解释：删除 4 获得 4 个点数，因此 3 也被删除。之后，删除 2 获得 2 个点数。总共获得 6 个点数来源：力扣（LeetCode）链接：https
2021-09-05 15:12:29
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原创 转录组分析 - 使用 sratoolkit docker镜像 - 目录挂载 - docker中的路径和linux中的路径
文章目录下载 sratoolkit docker镜像使用fastq-dump使用下载 sratoolkit docker镜像镜像地址，命令描述https://hub.docker.com/r/pegi3s/sratoolkit/下载命令docker pull pegi3s/sratoolkit使用fastq-dumpdocker run --rm -v /your/data/dir:/data pegi3s/sratoolkit fastq-dump SRR6175516 --outdir
2021-09-01 19:16:02
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原创 leetcode1109. 航班预订统计-前缀和-增量-公交车上下客
这里有 n 个航班，它们分别从 1 到 n 进行编号。有一份航班预订表 bookings ，表中第 i 条预订记录 bookings[i] = [firsti, lasti, seatsi] 意味着在从 firsti 到 lasti （包含 firsti 和 lasti ）的 每个航班 上预订了 seatsi 个座位。请你返回一个长度为 n 的数组 answer，其中 answer[i] 是航班 i 上预订的座位总数。示例 1：输入：bookings = [[1,2,10],[2,3,20],[2,
2021-09-01 17:13:33
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原创 leetcode 987. 二叉树的垂序遍历 - DFS -层次遍历 -测试用例 - 数组转二叉树
给你二叉树的根结点 root ，请你设计算法计算二叉树的 垂序遍历 序列。对位于 (row, col) 的每个结点而言，其左右子结点分别位于 (row + 1, col - 1) 和 (row + 1, col + 1) 。树的根结点位于 (0, 0) 。二叉树的 垂序遍历 从最左边的列开始直到最右边的列结束，按列索引每一列上的所有结点，形成一个按出现位置从上到下排序的有序列表。如果同行同列上有多个结点，则按结点的值从小到大进行排序。返回二叉树的 垂序遍历 序列。输入：root = [3,9,20
2021-08-28 19:02:01
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原创 leetcode 295. 数据流的中位数 - 大根堆 - 小根堆 - 有序列表 - B树 B+ 树
题目来源：力扣（LeetCode）链接：https://leetcode-cn.com/problems特别鸣谢：来自夸夸群的 醉笑陪公看落花@知乎，王不懂不懂@知乎感谢醉笑陪公看落花@知乎 倾囊相授，感谢小伙伴们督促学习，一起进步参考文章：python中heapq的用法（最小堆） https://blog.csdn.net/weixin_42317507/article/details/92801893文章目录题目分析方法1 - 草图方法1 大根堆 小根堆 - 代码 - 通过方法2 有.
2021-08-27 23:54:40
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原创 leetcode 1115. 交替打印FooBar - python 实现多进程通信 PV 操作
题目来源：力扣（LeetCode）链接：https://leetcode-cn.com/problems特别鸣谢：来自夸夸群的 醉笑陪公看落花@知乎，王不懂不懂@知乎感谢醉笑陪公看落花@知乎 倾囊相授，感谢小伙伴们督促学习，一起进步参考文章：python3 的多线程操作 https://www.runoob.com/python3/python3-multithreading.html文章目录题目分析题解 - 库函数调用信号量- 通过题解 - 手动实现信号量操作 - 超时我们提供一个类：.
2021-08-25 22:47:53
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原创 leetcode 787. K 站中转内最便宜的航班
题目来源：力扣（LeetCode）链接：https://leetcode-cn.com/problems特别鸣谢：来自夸夸群的 醉笑陪公看落花@知乎，王不懂不懂@知乎感谢醉笑陪公看落花@知乎 倾囊相授，感谢小伙伴们督促学习，一起进步文章目录DFS - 超时dp - src到中转到dst的最小花费- 通过有 n 个城市通过一些航班连接。给你一个数组 flights ，其中 flights[i] = [fromi, toi, pricei] ，表示该航班都从城市 fromi 开始，以价格 pric.
2021-08-25 00:06:22
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原创 leetcode 863. 二叉树中所有距离为 K 的结点 -结点向上调整
给定一个二叉树（具有根结点 root）， 一个目标结点 target ，和一个整数值 K 。返回到目标结点 target 距离为 K 的所有结点的值的列表。 答案可以以任何顺序返回。示例 1：输入：root = [3,5,1,6,2,0,8,null,null,7,4], target = 5, K = 2输出：[7,4,1]解释：所求结点为与目标结点（值为 5）距离为 2 的结点，值分别为 7，4，以及 1来源：力扣（LeetCode）链接：https://leetcode-cn.com
2021-08-24 23:02:39
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原创 leetcode 541. 反转字符串 II reversed小trick
题目来源：力扣（LeetCode）链接：https://leetcode-cn.com/problems特别鸣谢：来自夸夸群的 醉笑陪公看落花@知乎，王不懂不懂@知乎，QFIUNE@csdn感谢醉笑陪公看落花@知乎 倾囊相授，感谢小伙伴们督促学习，一起进步文章目录手动反转 - 通过用库函数，间隔2k进行反转 - 通过给定一个字符串 s 和一个整数 k，从字符串开头算起，每 2k 个字符反转前 k 个字符。如果剩余字符少于 k 个，则将剩余字符全部反转。如果剩余字符小于 2k 但大于或等于 .
2021-08-23 22:53:06
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原创 leetcode 789. 逃脱阻碍者 - 曼哈顿距离 - 欧式距离 - 明可夫斯基距离 Minkowski
题目来源：力扣（LeetCode）链接：https://leetcode-cn.com/problems特别鸣谢：来自夸夸群的 醉笑陪公看落花@知乎，王不懂不懂@知乎，QFIUNE@csdn感谢醉笑陪公看落花@知乎 倾囊相授，感谢小伙伴们督促学习，一起进步文章目录题目分析题解小知识点 曼哈顿距离 - 欧式距离 - 明可夫斯基距离你在进行一个简化版的吃豆人游戏。你从 [0, 0] 点开始出发，你的目的地是 target = [xtarget, ytarget] 。地图上有一些阻碍者，以数组 gh.
2021-08-23 21:57:25
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原创 leetcode 199. 二叉树的右视图 - RLH 遍历（先序遍历的倒序）- 层次遍历 - 初始化用例节点
题目来源：力扣（LeetCode）链接：https://leetcode-cn.com/problems特别鸣谢：来自夸夸群的 醉笑陪公看落花@知乎，王不懂不懂@知乎，QFIUNE@csdn感谢醉笑陪公看落花@知乎 倾囊相授，感谢小伙伴们督促学习，一起进步文章目录题目分析RLH 遍历（先序遍历的倒序）层次遍历 layer初始化用例节点给定一个二叉树的 根节点 root，想象自己站在它的右侧，按照从顶部到底部的顺序，返回从右侧所能看到的节点值。输入: [1,2,3,null,5,null,4.
2021-08-23 21:17:14
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原创 leetcode 236. 二叉树的最近公共祖先 -DFS
题目来源：力扣（LeetCode）链接：https://leetcode-cn.com/problems特别鸣谢：来自夸夸群的 醉笑陪公看落花@知乎，王不懂不懂@知乎，QFIUNE@csdn感谢醉笑陪公看落花@知乎 倾囊相授，感谢小伙伴们督促学习，一起进步文章目录路径法标记法 - 记录每一个节点是不是p,q的公共节点给定一个二叉树, 找到该树中两个指定节点的最近公共祖先。百度百科中最近公共祖先的定义为：“对于有根树 T 的两个节点 p、q，最近公共祖先表示为一个节点 x，满足 x 是 p、q.
2021-08-23 16:16:12
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原创 leetcode 96. 不同的二叉搜索树 -树的种数 -动态规划 -卡塔兰数
给你一个整数 n ，求恰由 n 个节点组成且节点值从 1 到 n 互不相同的 二叉搜索树 有多少种？返回满足题意的二叉搜索树的种数。输入：n = 3输出：5输入：n = 3输出：5题目分析二叉搜索树性质：给定一串序列，生成唯一的一种二叉树总节点数目为i的时候，给定一个结点j 则j的左子树有j-1个结点，都比j小，有j-1种排列；右子树中有i-j 个结点，有i-j个结点，都比j大，有i-j种排列题解 - 通过class Solution: def numTrees(self, n:
2021-08-23 10:22:10
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原创 leetcode LCP 19. 秋叶收藏集 - 动态规划
题目来源：力扣（LeetCode）链接：https://leetcode-cn.com/problems特别鸣谢：来自夸夸群的 醉笑陪公看落花@知乎，王不懂不懂@知乎感谢醉笑陪公看落花@知乎 倾囊相授，感谢小伙伴们督促学习，一起进步文章目录带条件的动态规划题解 - 通过小扣出去秋游，途中收集了一些红叶和黄叶，他利用这些叶子初步整理了一份秋叶收藏集 leaves， 字符串 leaves 仅包含小写字符 r 和 y， 其中字符 r 表示一片红叶，字符 y 表示一片黄叶。出于美观整齐的考虑，小扣想.
2021-08-19 21:01:23
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原创 leetcode 552. 学生出勤记录 II - DFS - DP数组-转移函数-矩阵快速幂
题目来源：力扣（LeetCode）链接：https://leetcode-cn.com/problems特别鸣谢：来自夸夸群的 醉笑陪公看落花@知乎，王不懂不懂@知乎感谢醉笑陪公看落花@知乎 倾囊相授，感谢小伙伴们督促学习，一起进步可以用字符串表示一个学生的出勤记录，其中的每个字符用来标记当天的出勤情况（缺勤、迟到、到场）。记录中只含下面三种字符：‘A’：Absent，缺勤‘L’：Late，迟到‘P’：Present，到场如果学生能够 同时 满足下面两个条件，则可以获得出勤奖励：按 总.
2021-08-18 22:05:22
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