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RSS订阅原创 merge all exonic regions for each gene
merge all exonic regions for each gene该问题源同biostars中的一个问题类似：Question: How To Merge Isoforms For A Gene(https://www.biostars.org/p/70927/)简言之，将每个基因对应的所有转录本中有overlap的exon位置信息进行合并，即merge all exonic reg...
2019-10-16 22:21:52
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原创 OrthoMCL Pipeline 安装
文章目录安装OrthoMCL Pipeline安装perl模块安装其依赖软件数据库设置忘记mysql 密码的解决方案测试运行安装OrthoMCL Pipeline# 下载安装包wget -c https://github.com/apetkau/orthomcl-pipeline/archive/master.zip安装perl模块# 如果如果安装成功，需要单独安装cpanm Bio...
2019-09-12 23:16:37
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翻译 datamash 教程
热爱美食的朋友们，安利我朋友目前正在运营的一个美食餐厅公众号：douke_home也非常欢迎大伙儿前来我朋友餐厅探索美味，这是豆壳餐厅地址：苏州市姑苏区学士街418号(距苏州地铁1号线养育巷站3号口390m)文章目录GNU Datamash 1.3简介安装参数详解获取帮助信息参数解释参数选项操作注释实例1. Summary Statistics2. Header Lines and Colum...
2019-07-26 10:53:07
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原创 R---不同长度向量合并为data.frame
不同长度向量合并为data.frame># 构造列表> (a_list = list(+ c(1, 1, 2, 5, 14, 42), + month.abb,+ c(1, 1, 2, 5, 14, 42, 22,88, 0)))# [[1]]# [1] 1 1 2 5 14 42# # [[2]]# [1] "Jan" &am
2019-07-07 08:22:06
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翻译 记录---Rosalind之problems&Solutions__0002
斐波那契数列费波那契数列由0和1开始，之后的费波那契系数就是由之前的两数相加而得出。首几个费波那契系数是：0, 1, 1, 2, 3, 5, 8, 13, 21, 34, 55, 89, 144, 233……起源于 Leonardo Fibonacci 描述兔子生长的数目时用上了这数列，假设： 第一个月初有一对刚诞生的兔子第二个月之后（第三个月初）它们可以生育每月每对可生...
2018-04-13 21:53:04
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原创 记录---Rosalind之problems&Solutions__0001
Rosalind is a platform for learning bioinformatics and programming through problem solving. http://rosalind.info/problems/list-view/DNA：Counting DNA Nucleotides（对DNA的每一类碱基计数）方式一dic={} wit...
2018-04-11 11:09:59
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翻译 Salmon之Fragment Library Types
library类型library类型可以分解为三个部分：reads的相对方向，library的链型和reads的方向性。如下图所示： reads的相对方向I = inwardO = outwardM = matchinglibrary的链型S = strandedU = unstrandedreads的方向性注意：此项的应用前提是：建库时采用的是stra...
2018-03-22 10:00:57
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翻译 with(), within() 和 transform()的简单比较
with(), within() 和 transform()的简单比较在R中，初次了解学习data.frame时，你会发现，为构造一个列向量，你需要多次重复输入数据框的名称，如下所示：library(MASS)anorexia$wtDiff <- anorexia$Postwt - anorexia$Prewt #多次重复键入数据框名称事实上，无论何时，当你看到一遍又一遍重...
2018-03-09 15:47:15
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翻译 Salmon---a tool for wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data
Salmon 概述该软件采用新的双阶段（dual-phase）统计推断程序，以及针对每个样本存在sequence-specific, fragment GC-content, 和 positional biases而应用的sample-specific bias models。该软件由三个部分组成： 一个轻量级的 mapping model, 一个估计初始表达水平的在线阶段（ an on...
2018-01-25 22:00:37
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翻译 Per tile sequence quality
Per tile sequence quality —Position specific failures of flowcells介绍当Per tile sequence quality显示fail或者warning，表明测序的lane或某个run中出现出现了部分故障，从而影响一些特定的区域和循环，进而使测序数据的质量下降。另外，如果read的3’端的质量是好的，就意味着存在瞬时质量损失(Tran
2017-12-15 13:17:33
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翻译 stranded 和 non-stranded RNA-seq
stranded 和 non-stranded RNA-seq 的表达谱分析和基因overlap研究的比较原文链接：Comparison of stranded and non-stranded RNA-seq transcriptome profiling and investigation of gene overlap背景non-stranded RNA-seq的建库存在的问题：不能确定每个转
2017-12-13 17:05:32
2237
翻译 StringTie
StringTie参考链接：https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input参数简介
2017-12-04 15:38:46
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原创 centos6.x 升级gcc到4.9
升级gcc的原因报错信息>>> import tensorflowTraceback (most recent call last):....ImportError: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.7' not found (required by ...)During handling of the abo
2017-11-14 22:11:16
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原创 CentOS 6.x 如何升级 glibc 2.17
CentOS 6.x 如何升级 glibc 2.17ldd --versionrpm -qa | grep glibc#查看glibc的版本strings /lib64/libc.so.6 |grep GLIBC_sudo yum install zlib-devel bzip2-devel openssl-devel ncurses-devel sqlite-devel readline-de
2017-11-14 19:22:58
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原创 Conda Install Package Error
问题：conda无法安装更新，报错内容如下： 参考链接：conda httperror http none none for url none Anaconda更新失败$ conda create -n tensorflow python=3.5Fetching package metadata .......CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED
2017-11-14 13:59:53
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翻译 python3 RuntimeError: dictionary changed size during iteration
python3 RuntimeError: dictionary changed size during iterationpython2 keys 先对字典进行 copy，从而在修改字典时，也能进行迭代headerTable = {}minSup = 1 for k in headerTable.keys(): if headerTable[k] < minSup:
2017-11-02 22:51:25
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翻译 AttributeError: 'dict' object has no attribute 'has_key'
AttributeError: ‘dict’ object has no attribute ‘has_key’Python 3 已弃用 has_key 这一方法错误代码：ssCnt = {}if not ssCnt.has_key(can): ssCnt[can]=1else: ssCnt[can] += 1修正后：ssCnt = {}if can not in ssCnt: ssCnt[c
2017-11-01 18:34:29
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原创 sort data using Python3
list.sort() 与 sorted() 的比较Python列表具有内置的list.sort()方法，可以原位修改列表。 python的内置函数sorted() 则可将一个可迭代对象(iterable)构建成一个新的排序列表。 通常较多的使用sorted() ，但是如果用户不需要原始列表，那么则可以考虑使用list.sort()，因为它的效率稍微高于sorted() 。iterable主要包
2017-11-01 14:40:09
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原创 markdown编辑器
markdown编辑器之快捷键加粗 Ctrl + B 斜体 Ctrl + I 引用 Ctrl + Q插入链接 Ctrl + L插入代码 Ctrl + K插入图片 Ctrl + G提升标题 Ctrl + H有序列表 Ctrl + O无序列表 Ctrl + U横线 Ctrl + R撤销 Ctrl + Z重做
2017-11-01 13:18:16
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原创 python3.x 异常之TypeError & UnicodeDecodeError
TypeError: only length-1 arrays can be converted to Python scalars while trying to exponentially fit data 问题代码：p1Vect = math.log(p1Num/p1Denom)#TypeError: only length-1 arrays can be converted to Pyt
2017-09-29 20:49:15
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原创 python2.x 与python3.x之d.keys()返回类型的区别
问题：python2.x 与python3.x之d.keys()返回类型的区别 TypeError: ‘dict_keys’ object does not support indexingtype(myTree)#dict#python2.x when d.keys() 返回list类型，可直接使用索引获取其元素myTree.keys()[0]#python3.x dict.keys() 返
2017-09-21 19:55:08
5103
翻译 linux 进阶命令___0002
#列出重复文件，首先检查文件大小，再检查md5sumfind -not -empty -type f -printf "%s\n" | sort -rn | uniq -d | xargs -I{} -n1 find -type f -size {}c -print0 | xargs -0 md5sum | sort | uniq -w32 --all-repeated=separate#
2017-09-05 19:18:27
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翻译 linux 进阶命令___0001
查看指定目录下最大的文件#查看/var目录下前10个最大的文件#Find top 10 largest files in /var directory (subdirectories and hidden files included )tree -isafF /var | grep -v "/$" | tr '[]' ' ' | sort -k1nr | head #先不以阶梯状列出所有文件
2017-09-01 16:55:53
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原创 linux centos6.5 R&RStudio Server安装/升级
R&amp;amp;amp;amp;amp;amp;RStudio安装/升级#R的更新/安装#参考链接：https://cran.r-project.org/sudo yum install Rsudo yum update Ryum list R-\*which R#/usr/bin/RR --version# R version 3.4.1 (2017-06-30) -- &amp;amp;amp;amp;amp;quot;Single Candle&a
2017-08-21 15:29:19
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翻译 sublime text3 快捷键小结 & 插件SFTP/SVN
SUBLIME TEXT 3（Windows版）快捷键小结编辑列选择/垂直选区通用快捷键查找/替换Tabs拆分窗口文本操作Bookmarkssublime text 插件SFTP/SVNsublime text 包管理器常用命令:插件STFP万能密钥：插件SVN万能密钥：SUBLIME TEXT 3（Windows版）快捷键小结...
2017-08-15 14:46:50
746
原创 TeamViewer---Linux远程控制利器
TeamViewer中国官网 参考链接一 参考链接二安装# linux版本 Description: CentOS release 6.5 (Final)# 1. 下载RPM包wget -c https://download.teamviewer.com/download/teamviewer.i686.rpm?_ga=2.37436704.105731568.1502677349-439
2017-08-14 11:15:24
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原创 Circos 教程___001
安装篇官方安装指导资料 寂寞先生___Circos教程系列由于官方文档基于 Ubuntu和windows给出安装指导，而我平时使用的系统CentOS6.5，所以不得不进行如下操作：perl -v### This is perl, v5.10.1 (*) which perl### /usr/bin/perlsudo yum install gd gd-devel#查看哪些模块需要被安装
2017-07-25 14:55:10
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原创 linux 基本命令___0003 字符串处理和yum安装软件的路径
参考链接：SHELL字符串处理技巧字符串变量的处理计算字符串的字符数量: ${#str}str="xxx-Lane1_S2_L001_R1_trim.fastq"echo $str### xxx-Lane1_S2_L001_R1_trim.fastqecho ${#str}### 31删除VALUE字符串中以分隔符“.”匹配的右边字符，保留左边字符: ${str%.*}或${str%%.*}st
2017-07-24 22:08:10
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原创 韦恩图绘制的常用工具
var1 var2 var3 var4 var5 var6 col1 col1 txx moive xx col5 col2 s col1 n col5 music col3 n s col1 love ada s ada col3 col10 chri n col5 love
2017-07-13 15:52:24
3833
翻译 ggplot2 specific command
# By default, the same scales are used for all panels. You can allow# scales to vary across the panels with the `scales` argument.# Free scales make it easier to see patterns within each panel, but#
2017-07-06 19:51:12
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原创 NCBI
RefSeq: NCBI Reference Sequences GeneBank序列注释说明利用NCBI查找基因信息NCBI中RefSeq各种accession说明(一）NCBI中RefSeq各种accession说明(二）
2017-06-22 23:09:29
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原创 Fatal error: cannot create 'R_TempDir'
[user@mgmt dir]$ RFatal error: cannot create 'R_TempDir'[user@mgmt dir]$ ll -ad /tmpdrwxrwxrwt. 2 root root 135168 Jun 20 19:12 /tmp[user@mgmt dir]$ df -lh /tmpFilesystem Size Used Avail Use%
2017-06-20 20:28:46
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转载 Linux 使用技巧——0001
来源：https://mp.weixin.qq.com/s/DmfpDfWpWRV3EDItDdYgXQ#配置vim#http://www.cnblogs.com/ma6174/archive/2011/12/10/2283393.html#查看当前系统版本rpm -qi centos-releaselsb_release -a#查看系统磁盘dflsblk#快速跳转命令 --- z#z 的源
2017-06-19 10:30:23
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转载 xshell的快捷键
xshell中现有的快捷键 快捷方式键 说明 Alt + N 与文件菜单的新建相同 Alt + O 与文件菜单的打开相同 Alt + C 与文件菜单的断开相同 Alt + Enter 切换到全屏模式 Alt + D 把键盘焦点移动到地址栏 Alt + L 更改布局（布局设置，可以参考：xshell布局管理） Alt + 1~9 移动会话选
2017-06-15 21:53:21
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原创 Variation calling and annotation
Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean本文摘自《Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to dome
2017-05-26 10:53:19
468
原创 shell脚本：批量修改文件名
参考链接1：shell脚本：批量修改文件名(删除文件名中字符) 参考链接2：linux shell 字符串操作详解 （长度，读取，替换，截取，连接，对比，删除，位置 ） 参考链接3：每天一个linux命令（21）：find命令之xargs 参考链接4：SED 简明教程 参考链接5：shell 学习第十天—sed 查找与替换#批量改名，增加字符ls | xargs -t -i mv {} x
2017-03-27 11:13:29
689
原创 linux 基本命令___0002
参考公众号：生信媛 参考链接：每天一个linux命令（61）：wget命令 参考链接：《sort帮你排序》-linux命令五分钟系列之二十六 参考链接：每天一个linux命令（34）：du 命令 参考链接：shell后台进程 fg bg wait等用法 参考链接：Shell脚本之：EVAL and EXEC command文件下载： wget or curl#wget [OP
2017-03-23 19:26:03
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翻译 STAR manual
来源：STARmanual.pdf 来源：Calling variants in RNAseqPART0 准备工作 #STAR 安装前的依赖的工具 #Red Hat, CentOS, Fedora. sudo yum update sudo yum install make sudo yum install gcc-c++ sudo yum i
2017-03-16 10:33:03
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原创 DESeq2 install 如何安装R包 RcppArmadillo
安装R包（ ‘RcppArmadillo’）失败，导致依赖该包的DESeq2 无法使用；首先对gcc,g++升级至4.7， 但依然报错，还是安装不了RcppArmadillo；报错如下：$ R> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")Bioconductor version 3.2 (BiocInstaller 1.20.3), ?biocLi
2017-02-16 13:15:35
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